Ok. poł. XVII w. pojawiły się w mieście franciszkanki. Pierwsza wzmianka o nich w księgach miejskich pochodzi z 1662. W 1676 przybyła ze Starego Sącza klaryska s. Katarzyna Zielińska, która nakłoniła siedem zakonnic do przyjęcia drugiej reguły zakonnej i została pierwsza ksienią. W 1678-80 zakupiły na klasztor kilka drewnianych domów. Przy końcu XVII w. stanął ufundowany przez ordynatową Annę kościółek p.w. św. Anny, w tym czasie przeoryszą była Salomea Chmielówna (w 1696 dopraszała się u ordynatowej ukończenia budowy kościoła). Przez wiele lat mieszkały obok w dwóch lichych chatach (razem trzy izby).
W 1757 Jan Jakub Zamoyski ufundował dobudowany do kościoła przestronny, piętrowy klasztor (proj. Jerzy de Kawe). Zakonnice zamieszkały w nim w 1768 (budowę zakończono w 1775). Przełożoną była wówczas Elżbieta Budzyńska, później Teresa Pielecka. Nie tworzył zamkniętego czworoboku. W skrzydle przykościelnym było 12 cel (zwykle mieszkało nie więcej niż 8 zakonnic), we wsch. 13 rezydencji, w parterowym (płd.) pomieszczenia gospodarcze, murowana stajnia i wozownia, kuchnia i spiżarnia a także murowany browarek i chlewiki pod gontem, stodółka, studnia z mur. cembrowiną. W 1778 było 10 zakonnic, gdy w Nowym Sączu ponad 60, a Krakowie ponad 40.
Klaryski, nazywane też bernardynkami, zajmowały się prowadzeniem nowicjatu i kształceniem dziewcząt szlacheckich, będącym podstawą ich utrzymania. Najwyższe funkcje obok przeoryszy, sprawowała jej zastępczyni (wikaria) i 3 mistrzynie (panien duchownych, świeckich i zakonnych). W klasztorze osiadały też na starość dostatnie rezydentki, przeważnie wdowy. Do klasztoru skierowano wyrokiem sądu Annę Ossolińską gdzie oddana skrusze i ćwiczeniom duchowym pozostać miał do końca żywota, nie opuszczając pod żadnym pozorem choćby na chwilę klasztornych murów pod rygorem bezzwłocznego wykonania kary śmierci, ponieważ winna była śmierci w 1663 tyranizującego ją męża. Zdarzało się w 1688 wstąpić do zakonu bez wiedzy rodziców, najpierw wiarę katolicką przyjmując, podczaszance Helenie Dyamentowskiej. Jeszcze innym razem klaryski dały schronienie odbieżanej przez ojca podczas mszy małej kasztelance, która w łagodnym obłędzie doczekała w klasztorze późnych lat życia.
Klaryski posiadały jeszcze Jatutów i ok. 11 ha na przedmieściu (dzierżawiły). Zakon należał jednak do ubogich, co zmuszało do odstępowania zakonnych reguł (nieprzestrzeganie klauzury), podczas wizytacji odnotowano nieporozumienia, zaniedbania, złe zwyczaje. Zdarzały się lata, że nie przyjmowano żadnej nowicjuszki (6 lat), oprócz szlachcianek, przyjmowano kandydatki z małym posagiem, lub go nieposiadające (córki mieszczan i chłopów). Osobno zajmowały się nowicjuszkami mistrzyni panien duchownych (ostatnią Elżbieta Budzyńska), świeckich (ostatnią Agata Kotowska) i zakonnych. Ostatnią ksienią była przez 6 lat s. Róża Korzeniowska i za jej czasów zakonowi wiodło się dostatniej.
3 II 1782 Austriacy zamknęli klasztor. Trzy zakonnice udały się za kordon, do Rzeczypospolitej, 5 przywdziało suknie świeckie. mogły jeszcze w klasztorze przebywać przebywać 5 miesięcy (dostały na każdy dzień 2 zł i pieniądze na odzież świecką). Prawdopodobnie po Klaryskach, w kościele św. Katarzyny w Szczebrzeszynie znajduje się obraz św. Rodzina ze św. Teresą z Avila (1693), a niektóre rzeczy w zamojskim kościółku na przedmieściu pod tym wezwaniem. Do Lwowa zabrano bibliotekę, Klasztor użytkowali krótko franciszkanie (1784-91), po nich do 1812 Siostry Miłosierdzia. W 1995 klaryski (5 sióstr) osiadły w pobliskim Sitańcu.
W 1817 zespół klasztorny przejęło wojsko na skład zboża, stajnie oficerskie, piekarnię (na dwa tysiące racji chleba), kuchnię, koszary (100 żołnierzy), a następnie największy w Królestwie prowincjonalny lazaret (Szpitale). Ok. poł. XIX w. były tam koszary artylerii (100 żołnierzy), potem również koszary oficerskie, a w ostatniej ćw. XIX w. resursa, a przed I wojną pół klub miejski, pół klub wojskowy. Odnotowano też w zabudowaniach klasztornych znajdujący się oddział pługów motorowych (?). W 1918 wojsko, także z policją wojskową, zastąpiła policja (również ochronka św. Franciszka, a także kantor PKO), po 1944 milicja i od 1947 dom dziecka. W 1985 PKZ rozpoczęły restaurację zespołu, zajmując w 1990 część odnowionych pomieszczeń. Rozważano przeznaczenie budynku dla Akademii Rolniczej i PLSP. W 1994 budynki podzielono między dwie firmy pekazetowskie i najcenniejsza część: kościół i skrzydło płn. znalazło się w stanie ...dewastacji! W 2003-2009 przeprowadzono renowację z przeznaczeniem na szkołę muzyczną (proj. B. Skórzyńska, Cz. Kostykiewicz).


 * W Muzeum Zamojskim znajduje się obraz wg dr P. Kondraciuka pochodzący z kościoła Klarysek - jest to Święta Rodzina z ukazaną św. Teresą z Avila, obraz fundacyjny z 26 VII 1693 z nazwiskiem składającej śluby zakonnicy Teresy Anny Plichcianki (zbieżność imion, dat). 
 * Oprócz trzech sióstr, które opuściły Galicję, Róży Korzeniowskiej i Katarzyny Tchórzewskiej, które zatrzymały się w Puszczy Solskiej, do świeckiego życia wróciły: Elżbieta Budzyńska, Julianna Baczyńska, Ludwika Żłobianka, Teresa Pielecka, Benedykta Kobylińska, Tekla Czajkowska i Salomea Borzęcka.
 * Ok. 2000 w trakcie renowacji w piwnicach natrafiono na ludzkie szczątki. Nie udało się ustalić z jakiego okresu pochodzą, prawdopodobnie są to szczątki zmarłej mniszki. Kości przekazano klaryskom z Sitańca.