Występują w dwu piętrach: czwartorzędowym i kredowym. Wody gruntowe (czwartorzędowe) występują na głębokości 3 - 2 m, a na podmokłych i okresowo zalewanych do 0,5 m. Woda głębinowa pojawia się w warstwie kredowej na głębokości kilkunastu metrów (eksploatacja na głębokości 50-100 m).
W poł. XVIII w. odkryto w Zamościu wody mineralne (osobne hasło). Woda w Zamościu zawiera duże ilości rozpuszczonych minerałów, jest dość użelaziona (najbardziej 3-7 mg/l w okolicy ul. Szwedzkiej i Powiatowej, Lipskiej i Ogrodowej). Zawiera natomiast związki azotowe najwyższej jakości. Dużo dwuwartościowego żelaza zawiera woda ze studni przy ul. Kruczej (złoże w kredowej niecce) i musi być uzdatniana (zmiana na trójwartościowe żelazo, aby wytrąciło się), potem przepuszczona przez żwirki filtracyjne. Po wyjściu z filtra woda zawiera do 0,25 mg żelaza w litrze. W Zamościu można bez obaw pić wodę bezpośrednio z kranu, mankamentem jest tylko jej twardość (nawet 3 razy twardsza niż w źródełku w Krasnobrodzie), chociaż dla zdrowia jest to lepiej (więcej mikroelementów). Na Majdanie znajduje się źródło "Kryniczanka" (w 1956 obudowane).
Uważa się, że w Zamościu woda nie może być przezroczysta, lecz o żółto-zielonym lub sinozielonym odcieniu (od flory). Za to szybciej likwidują się w niej zanieczyszczenia. Jakość wody dostarczanej obecnie mieszkańcom jest bardzo dobra, posiada parametry lepsze od norm unijnych, tak pod względem organoleptycznym jak i zawartości zanieczyszczeń.
W 1969 nadzorowano 23 ujęcia wód podziemnych,  dot. 18 zakł pracy. W 1983 w ramach ujęcia Łabuńka I i częściowo II eksploatuje się 5 studni o wydajności 500 m3 na godzinę każda i awaryjnej studni na Słonecznym Stoku 938 m3). W 1984 zasoby dobowe tych wód wynosił 63,3 tys. m3 na dobę, z tego pobierano na potrzeby komunalne 10,3 tys., przemysł 5 tys. (osobne hasło: Wodociągi).
Od 2009 obok ujęcia Łabuńka, czynna studnia wodociągowa Majdan (głęb. 100 m) - godzinowa wydajność 186 m3 - lepsza jakość wody, nie wymagająca uzdatniania (redukcja żelaza). Wcześniej bardziej miękką mieli na północy miasta, teraz  dzięki 2,5 km ujęcia do ul. Legionów również wschodnia). Teraz wodę o niższej twardości (355 mg/l. wapnia - 38 proc. mieszkańców (większość 483 mg/l.) stare źródła będą stopniowo wygaszane.