Wydział filozofii był wg bulli papieskiej jednym z trzech w Akademii Zamojskiej (później cztery). Charakter akademicki posiadała katedra filozofii moralnej. Po reformie w 1746 wydział filozoficzny składał się z czterech katedr 1. matematyki, 2. fizyki, 3. logiki i metafizyki, 4. wymowy i dialektyki. Wg W. Maciejowskiego (Piśmiennictwo... 1852) - filozofię wykładano tu z większym smakiem i z głębszą nauką niż w Krakowie. Jej najwybitniejszym przedstawicielem, a Akademii w ogólności był profesor Adam Burski, autor Dialectica Ciceronis najwybitniejszego dzieła w dziejach zamojskiej uczelni. Wśród co najmniej 247 ustalonych doktoratów w Akademii Zamojskiej najwięcej nadano ich z filozofii.