Ur. w Sopocie, syn Jana, ukończył LO w Warszawie, studiował początkowo na Uniwersytecie Warszawskim, potem historię na KUL (4 lata), w 1966-69 zarabiał w Kanadzie jako kierowca (tam prawo jazdy), w 1972-90 był operatorem filmowym (WFO "Czołówka", "Interpress", telewizja niemiecka, pracował też przy filmach fabularnych). Kręcił nie zawsze wówczas legalne solidarnościowe manifestacje, przyjaźnił się np. z Ks. Popiełuszką (udzielał ślubu, chrzcił córkę, a żona Marcina była "nadwornym lekarzem jego psa).
Głosami 23:12 został prezydentem Zamościa (1990-92), później przez 18 m-cy wojewodą zamojskim (1992-94, mianowany przez J. Olszewskiego, odwołał go W. Pawlak) i przewodniczącym RM (1994-98), w 2002-2014 ponownie prezydentem (trzy kadencje). Jego pracę ocenili wyborcy w 2006 gdy zdobył 3-krotnie więcej głosów niż kontrkandydat. W wyborach o IV kadencję  w drugiej turze przegrał różnicą 0,7% głosów. Niezwykłość sytuacji włodarza miasta z tego samego rodu co i założyciel miasta, jest światowym ewenementem i przyczyniała miastu dodatkowej popularności. Za jego sprawą z Lublina do Zamościa (depozyt) przeniesiono odzyskany księgozbiór z biblioteki Zamoyskich.
Był także prezydentem Rady Fundacji Młodej Polski (od 1992), pełnił funkcję prezesa Aeroklubu, w 1995 został zastępcą przewodniczącego Rady Programowej TV Lublin. Od 1995 gospodarzy w zakupionym (2,8 mln zł kredytu) d. PGR Michalów, wcześniej rodzinnej posiadłości (520 ha), zatrudnia na stałe kilkanaście osób. W 1997 został I-szym prezesem Zamojskiego Tow. Rolniczego. Jest czł. Rady Polskiego Klubu Wyścigów Konnych, prezesem Koła Łowieckiego nr 21. Był prezesem powołanej w 2004 Ligi Polskich Miast i Miejsc UNESCO (w 2011 trzecia kadencja, ob. honorowy prezes). Uhonorowany nagrodą MORANDO Osobowość roku 2014 oraz Srebrnym Medalem Zasłużony Kulturze Gloria Artis (2015).
Mieszka w Rynku Wielkim w Zamościu. Żona Aleksandra z d. Sentek (ur. Kraków), z mieszczańskiej rodziny lwowskiej pochodzenia węgierskiego, jest lekarzem weterynarii, była m.in. pracownikiem naukowym SGGW, poznali się w lecznicy, gdy przyszedł z chorym psem; w 1998 stanęła na czele zamojskiego Tow. Opieki nad Zwierzętami. Dzieci: Róża (1982, ochrzczona przez ks. Popiełuszkę) i Andrzej (1986). Jest właścicielem m.in. 6 obrazów z kościoła franciszkańskiego (odzyskane w 1995 z archidiecezji lubelskiej), sztandaru jazdy ordynackiej, akwareli widok Zamościa F. Brudera, (depozyty w muzeum).

Marcin Zamoyski w wyborach prezydenta miasta Zamościa