Za życia był adresatem dziesiątek panegiryków, ale też pamfletów i niewybrednych paszkwili komentujących jego sukcesy wojenne, działalność polityczną, wydarzenia osobiste. Wielu autorów uczciło też jego śmierć. Jedyna współczesna mu biografia wyszła spod pióra R. Heidensteina. Nie doczekał się dotąd rzetelnej biografii naukowej, a jedynie trzech większych opracowań A. Śliwińskiego Jan Zamoyski kanclerz i hetman wielki koronny (1947), S. Grzybowskiego Jan Zamoyski (1994) i D. Wójcik-Góralskiej W służbie czterech monarchów (1978) oraz ok. 10 mniejszych lub niewielkiej objętości książeczek (ostatnia: Sławomira Leśniewskiego Jan Zamoyski hetman i polityk 2008).
Szereg prac naukowych poświęcili mu: S. Łempicki Mecenat Wielkiego Hetmana 1980), W. Sobieski, A. Tarnawski Działalność gospodarza... (1935) i J. Kowalczyk W kręgu kultury i dworu Jana Zamoyskiego (1980). Tylko do 1588 doprowadzona została edycja archiwum J. Zamoyskiego (4 tomy, ostatni w 1948). Jego postać zogniskowała obrady słynnej sesji jubileuszowej (1980). Rok 2005 (czterechsetlecie śmierci) ogłoszony został rokiem Jana Zamoyskiego, w ramach którego odbyły się dwie konferencje.
Przywoływany był przez publicystów, historyków, poetów i pisarzy takich, jak A. Naruszewicz, S. Staszic, H. Kołłątaj, S. Jezierski, I. Krasicki, J. Jasiński, J. U. Niemcewicz Jan Zamoyski w Śpiewach Historycznych), A. Mickiewicz, J. Słowacki, H. Rzewuski, J. I. Kraszewski (Bajbuza). 
Był bohaterem opowieści i powieści historycznych: Marii Łopuszańskiej Bezkrólewie (1899), Jana Ogińskiego-Kontrymowicza W promieniach sławy (1909, Chicago), Jadwigi Papi Obrona Stolicy i inne opowiadania (1919),  Emiliana Jezierskiego Stefan Batory (1934), współcześnie powieści J. Dybowski (Wojenny Pan 1972), B. Sujkowski (Trzy czarne włócznie 1957), Z. Safjan (Kanclerz 1987), oraz poematu J. Harasymowicza (Elekcja pod Byczyną).
Był również bohaterem serialu telewizyjnego Kanclerz (1990), wg książki Z. Safjana (zagrany przez Marcina Trońskiego). Pojawia się też w filmie Klejnot wolnego sumienia B. Królikiewicza (1983), w jego roli Józef Nalberczak. Powstał też film fabularyzowany Gra o koronę (2021).  Uczczony został również skomponowanym przez J. Nowickiego Polonezem (1930).


 * Wg Stanisława Grzybowskiego - Zamoyski wyrósł w  kalendarzu Duńczewskiego na centralną, największą postać dziejów Rzeczypospolitej, głównie na wielkiego wodza, lecz również na męża stanu, który położył podwaliny ustrojowe we wszystkich dziedzinach życia państwowego, na człowieka i polityka bez skazy, nieomylnego i niedoścignionego. Wg Duńczewskiego Zamoyski to - wielki rycerz i statysta, własnemu narodowi sprzyjający i praw polskich obserwator i obroniciel.