Powstały wraz z miastem, w wyniku usypania na terenie bagnistej doliny Toprnicy i Łabuńki grobli: "żdanowskiej" i "ku Płoskiemu" (Groble). Utworzony w 1582-83 "zalew wielki" (południowy) miał ok. 336 morgów (200 ha) powierzchni, podchodził pod sam bastion III i tworzył naturalną  ochronę miasta.
Już w l. 90. XVI w. pływały po nim łodzie z materiałami budowlanymi, a także dworska żaglówka zwana "Batem" (używał jej młody Tomasz Zamoyski), hodowano w nich ryby (Fauna). Porośnięty trzciną (zbierana na poszycia dachów, na opał), dość płytki sprawiał kłopoty, słabe źródła wykluczały spuszczenie i szybkie napełnienie od nowa (przez kilka miesięcy błoto). Historycznie znane jako Zalewa Wielka i Zalewa Mała.
Podróżnik francuski pisał - Jest staw w bliskości miasta, z którego wodę do foss sprawiają. Dwie rzeki wpadają do niego tak dalece, że zawsze będzie jej pod dostatkiem do napełnienia tychże fos mieyskich. W innym, włoskim rękopisie z 1669 czytamy, że Zamość jest dość mocno obwarowany z pięknym około murów jeziorem. Dzierżawiony przez ordynatów (przeważnie Żydom) przynosił dochód głównie z połowu ryb. W IV 1729 odnotowano - Staw zamojski urwała woda. Od 1806 hodowano karpie, pieczę nad nim sprawował wówczas stawniczy z 2 stróżami.
W 1809 pod murami zalewy przypominały bagniska poprzecinane strumieniami i ścieżkami. Wodę w stawie południowym przeznaczono wówczas do zalewania fos. Wojsko przy pomocy grobli i śluz obniżało lub podnosiło poziom wody. Staw zarośnięty trzciną gnijącą od spodu i zanieczyszczony śniętą rybą stał się utrapieniem dla ludzi. Zbiornik próbowano uporządkować. Słabe źródła wykluczały spuszczenie wody i szybkie napełnienie, na co potrzebowano do kilku miesięcy, w czasie którym błoto i pogrzebane w nim ryby zatruwały w mieście powietrze. Skuteczniejsze było ich wyławianie i spalanie na brzegu przez rybaków i żołnierzy.
Po sprzedaniu miasta Zamoyscy nadal dzierżawili staw. Gdy nie pomagało wycinanie bujnych i stale gnijących trzcin, w 1836 ze względów zdrowotnych (szkodliwe wyziewy) zlikwidowano zalew (tu nazwany Jeziorem Szczebrzeskim), przekopując w nim nowe koryto rzeki, pozostały małe rozlewiska przy grobli płoskiej. Nie był praktycznie wykorzystywany "zalew mały" (zachodni, za pałacem), mając raczej walory widokowe. W XVIII w. przy leżącym nad nim folwarczku kolegiackim urządzono sadzawkę rybną (ponad 1 m głębokości). Z końcem XVIII w. zamienił się w podmokłą łąkę.

 * Na szkodliwe wyziewy z gnijących stawów zwrócił uwagę namiestnik Paskiewicz (1832), nakazując uprzątnięcie trzciny.
 * Z "Kuriera Warszawskiego" (1842) - Zamość otaczały bagna zatrważające dla zdrowia. Rząd wielkimi nakładami osuszył bagna okoliczne i nie masz nic przyjemniejszego, jak spacery poza okopami.