Pod władzą cara znalazł się Zamość w 1813 - Oblężenie 1813 i pozostawał w zaborze rosyjskim przez niespełna 102 lata, wyłączając powstanie 1831 i kilkanaście dni w 1914. Był to najgorszy czas w dziejach miasta. Dzielił się na dwa mniej więcej równe okresy - do i po kasacie twierdzy (1866).
W pierwszym półwieczu ograniczenia spowodowane wojskowymi przepisami całkowicie zahamowały rozwój miasta. Jeśli w 1809 Zamość prawie nie ustępował Lublinowi (7 tys., a Zamość 6,5 tys. ludności), to w 1865 Zamość miał nawet nieco mniej ludności, a Lublin był już 3-krotnie większy (21 tys.)! Pod bokiem silnego garnizonu również później nie znalazło miasto silniejszych bodźców rozwoju. Wojsko było mniej kreatywnym jego czynnikiem niż np. aparat urzędniczy, a zwłaszcza kolej. Zdystansowany został więc również przez Chełm (m.in. siedziba biskupstwa i guberni). Z końcem wieku rząd umieścił tu jednak 2 duże zakłady przemysłowe (klinkiernia i "monopol"). Nie zdążył spełnić swej rusyfikacyjnej roli akt wyłączenia Zamościa z Królestwa Polskiego (w ramach guberni chełmskiej, 1912). W gronie Rosjan byli np. uczący w progimnazjum znani rusofil ks. Marceli Delikat i z sympatią wspominany Iwan Pietrow. Pod koniec l. 80. komisarzem powiatowym w Zamościu był radca dworu, książe Trubieckoj w 1886-87 wielokrotnie nocował w lubelskiej "Victorii").
Zamość znalazł miejsce w historii powstania listopadowego. Już po jego zakończeniu lekarz wojskowy Tomasz Krauze za zawiązanie z innym oficerem w twierdzy Klubu Patriotycznego został usunięty ze służby i ułaskawiony dopiero w 1838. Fakty oporu antyrosyjskiego odnotowano w powstaniu styczniowym. Są też ślady działalności spiskowej braci Czernerów (koniec l. 60. XIX w.). Na przełomie XIX i XX w. w mieszkaniu wikariusza kolegiackiego ks. Aleksandra Fijałkowskiego znajdował ważny punkt przerzutowy tajnej bibuły niepodległościowej ze Lwowa, w walizach do Warszawy na całą Polskę.
W 1902 uczniowie progimnazjum jako pierwsi w zaborze zaprotestowali przeciw nauce religii po rosyjsku - Strajki szkolne.
Wydarzenia rewolucyjne w Rosji z 1905 znalazły oddźwięk w Zamościu, który należał do silniejszych na Lubelszczyźnie ognisk wystąpień antycarskich - Antycarskie wystąpienia 1905-1907. Na podniesienie nastrojów patriotycznych miała wpływ wizytacja biskupa Fr. Jaczewskiego (V 1905). Zorganizowano 21 X 1905 pierwszą od dziejach miasta manifestację (Demonstracje...), a jej uczestnicy wyznawali również odległe od rewolucyjnych, a także niemożliwe dotąd do wyrażania - poglądy narodowo-niepodległościowe. Po tym okresie przyzwolono na organizowania polskich stowarzyszeń (PMS, kasy zapomogowo-pożyczkowe). 15 VII 1910 w rocznicę grunwaldzką skromną mszę odprawił inf. Władysław Szymoński, odśpiewano Te Deum. W 1912 Władysław Godziszewski założył w gimnazjum tajne kółko samokształceniowe "Promieniści".
Do dramatycznych zdarzeń doszło w ostatnich tygodniach zaboru. W odwecie za zastrzelenie jadącego dorożką oficera rosyjskiego Rosjanie zgarnęli kilkunastu mężczyzn i 25 VII 1914 rozstrzelali za miastem. Wraz z wybuchem wojny, 2 VIII 1914 wrócił z letnich manewrów stacjonujący tu pułk. 21 VIII z rana nie było już władz, poczty, kasy, w popłochu opuszczone zostały mieszkania rosyjskie. Z końcem miesiąca Zamość znalazł się w centrum działań wojennych - Bitwa pod Zamościem.
Rosjanie powrócili 8 IX, stanęła znowu dywizja kozacka, a w ramach represji dokonali egzekucji Żydów w 1914. 29 VI 1915 Zamość ostatecznie opuściły wojska rosyjskie wraz z ostatnim burmistrzem Szajnowiczem, aktami miejskimi (do Kazania), ewakuowano też gimnazja (Kijów i Bardiańsk), przestała działać, poczta, transport, doszło do wypadków wandalizmu, okradania sklepów, ludność przystąpiła do rabowania m.in. spirytusu. Okupacja austriacka 1915-18.

 !!! Wg rosyjskiego czasopisma  (1883) Zamość do 1245 (!!!) był jednym z pogranicznych miast ruskich, został spolonizowany przez Iwana Zamoyskiego i w czasie zaboru odzyskał swój czysto ruski charakter.
 * Ze wspomnień Jana Szczepańskiego (1925) - Bibuła ze Lwowa dostawała się do Zamościa, gdzie przechowywał ją w swym lokalu ks. Aleksander Fijałkowski, od którego zabieraliśmy transporty w walizach do Warszawy (…). Pewnego dnia ks. Fijałkowski daje znać, że bibuła oczekuje zabrania. Biorę dwie puste walizy i jadę. Od najbliższej stacji kolejowej do Zamościa 9 mil jazdy dyliżansem pocztowym. Przez całą noc kiwam się, obijając głową swoich  współtowarzyszów podróży i twardą ścianę karetki. Około południa jestem w Zamościu. Zacny księżyk serdecznie gości, a potem ładuje mi parę tysięcy „Polaka”, całą masę odezw, broszur, książeczek, słowem całą najstraszliwszą antypaństwową bibliotekę, życzy szczęśliwej podróży i wyprawia znów na noc dyliżansem pocztowym. Walizy są tak ciężkie, zwłaszcza większa, że doprawdy trudno unieść. Pocztyljon i stróż pocztowy ładują walizy na dach, a ja  tymczasem zawieram już przy wsiadaniu ogromnie miłą znajomość z młodą „popadią”. Prócz więcej amatorów do jazdy nie ma.
 * Biskupa Jaczewskiego wjeżdżającego do Zamościa witała konna eskorta włościańska z górą 1000 jeźdźców, robiących wrażenie hufca średniowiecznego. Witał go Maurycy Zamoyski i włościanin Łazorczyk, baldachim nieśli inż Zborowski, Świdziński, Kabas i Łazorczyk. Na dzień przed wizytą żeby zniechęcić mieszkańców rozpuszczono wiadomość o ładunku wybuchowym, który miał eksplodować w czasie wjazdu biskupa. Bomba nie wybuchła.
 * Egzekucję z 25 VII 1914 wspomina za przekazem rodzinnym Maria Meysztowicz - Do jadącego dorożką oficera rosyjskiego ktoś strzelił. W odwecie Rosjanie "zgarnęli" z ulicy kilkunastu mężczyzn, wyprowadzili za miasto i rozstrzelali. W rodzinie mówiło się, że świadkiem tego mordu był mój ojciec, wówczas 10-letni chłopiec, który szedł ze swoim ojcem do miasta i wrócił do domu z wiadomością, "że tatusia zabili". Dziadek pochowany został na cmentarzu, treść tabliczki "Józef Stanko, żył l. 66, został zamordowany przez Rosjan 25 VII 1914. W tej egzekucji zginął, przypuszczam, Stanisław Gibulski.
* Po powrocie Rosjanie zorganizowali w Zamościu manifestację podczas, której profesor gimnazjum rządowego Wasylenko podniósł waleczność wojsk rosyjskich.