Pierwsi zakonnicy pojawili się w 1589 i byli to  franciszkanie. Po nich kolejno osiadali bazylianie, bonifratrzy, reformaci. Przez ponad sto lat było tu jednocześnie - z żeńskim - 5 zakonów. Do Zamościa przyjeżdżali również najbardziej ekspansywni  jezuici. Andrzej Zamoyski sprowadził do wychowania synów pijara Dominika Chojnackiego (uczony - historyk). W Akademii w l. 60-80. XVII w. wykładali teologię tomistyczną dominikanie. Najwybitniejszy z nich Kazimierz Leżeński w 1682 reprezentował uczelnię przed królem w toczonym sporze. Wykładał też Wincenty Kulesza z Krakowa, którego pobyt miał zapoczątkować osiedlenie się dominikanów w Zamościu, do czego jednak nie doszło wskutek przedwczesnej śmierci Marcina Zamoyskiego.
W 1772 było w Zamościu 32 franciszkanów, 25 reformatów, 17 bazylianów, a w 1806 już tylko 11 bazylianów, 9 franciszkanów i 2 reformatów. pod koniec XVIII w. w Kolegiacie obok miejscowych zakonników pracował bernardyn z Radecznicy. Po Insurekcji więziony był tu przez Austriaków znany uczony pijarski, późniejszy biskup Alojzy Osiński. W 1861 Rosjanie przetrzymywali w twierdzy 5 lubelskich zakonników - patriotów. W okresie 1864-1924 Zamość pozostawał bez klasztorów. 16 III 1831 płomienne kazanie wygłosił w Zamościu o. Józef Gacki, pijar, mgr sztuk pięknych.
W  1934 przy szkolnym kościele św. Stanisława (ob. św. Mikołaja) osiedli redemptoryści.
Działają też obecnie Misjonarze  Krwi Chrystusa  (1999 - 2 braci), a przy kościele św. Katarzyny tercjarze - Franciszkański Zakon Świecki (III Zakon św. Franciszka).
Łącznie w dziejach miasta istniało 11 klasztorów i domów zakonnych (w tym 6 żeńskich). Obecnie po powrocie franciszkanów pracują tu dwa zakony  męskie). W 2010 powstała Rada Zakonu Rycerzy Kolumba.

Zakony męskie w Zamościu, 1772

_
 !!! Wg raportu dziekana zamojskiego z 1820 bili się między sobą bazylianie, m.in. Epifaniusz Wertelecki został uderzony aż do rozlania krwi   z nadwyrężeniem zębów i nieprzyzwoicie zelżony przez superiora Bartosiewicza.
 * W 1921 późniejszy poseł Wnuk spod Zamościa, podczas obrad Sejmiku - zwracał uwagę na zamiar otwarcia w Zamościu klasztorów i dalszych kościołów. Z powodu, że istniejące wystarczają na zaspokojenie potrzeb religijnych, klasztory zaś i zakony nie mają racji bytu, wnosząc o odniesienie się  do Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia publicznego by nie tworzyły w Zamościu klasztorów i dalszych kościołów (...). Pan Wyszyński wniósł by odnieść się do przeznaczenia budynków pokościelnych w Zamościu na cele kulturalne powiatu (...). P. Wnuk po wyjaśnieniach przewodniczącego wniosku swego nie podtrzymał a przyłączył się do wniosku Wyszyńskiego, który uchwalono.