Podjęły działalność ok. 1583. Pierwszym pisarzem miejskim został Stanisław Kraśnicki. Organizacja władz miejskich ustaliła się ok. 1590. W okresie staropolskim magistrat składał się z 4 rajców (pierwsi mianowani dożywotnio) - każdy kolejno co miesiąc (kwartał) pełnił urząd burmistrza, ponadto wójta i 7 ławników, dziesiętników (nadzór nad częściami miasta) oraz pisarzy (wpisy rozporządzeń), ekspedytorów (pieczęcie), a także stróżów nocnych, stróża wieży, pachołków do robót porządkowych.
Oznakami władzy burmistrza były: pieczęcie złota i żelazna, klucze od skrzyń z dokumentami i od więzień oraz dzwonek i klucze miasta. Wobec licznych nadużyć w 1621 ordynat ustanowił urząd eksaktora (spisywał dochody i wydatki miejskie). Kadencja władz trwała rok. W 1697 przykładowo budżet stanowił dochód 8041,20 zł, wydatki 7960 zł. W gestii rady była również waga (weryfikowano ją okresowo z wagą wrocławską). W 2 poł. XVII w. co najmniej 13 razy burmistrzem lub wójtem był Sebastian Łyszkiewicz, 12 - Jakub Wenton, 10 - Mateusz Bielenkiewicz.
W zaborze austriackim. Od 1772 Rada z 4 wybieranych co roku osób, na przemian co miesiąc przewodniczących Radzie jako prezydenci (zw. też I burmistrzem lub I rajcą), przejmując akcesoria władzy: klucze od miasta i skrzyni z dokumentami, pieczęć złotą i żelazną. Częściowo nadal byli jeszcze zależni od ordynata. Cesarz Franciszek II potwierdzając przywileje pozwolił używać pieczęci z napisem "Wolne Miasto Zamość". W ciągu pierwszych 14 lat aż 7 razy wybierano Jana Szyca.
Oprócz Rady do składu magistratu należała  Ława (Sądownictwo). Ponadto wybierano 6 koekwatorów (szacowali majątki i podatki), 7 deputatów (ściągali podatki), rewizorów wagi miar, następnie dożywotnio dziesiętników (pomocnicy poborców), a w miarę potrzeb też instygatora (porządek, aresztowania, dozór nad więźniami). Na etacie był także kat zw. mistrzem lub biczem i mieczem sprawiedliwości, strażnicy nocni (Policja), dzwonnik (ogłaszający z ratusza ciszę nocną), zegarmistrz ratuszowy i dobosze do ogłaszania zarządzeń.
Po reorganizacji w 1786 magistrat tworzyli: burmistrz, który podporządkowany został cyrkułowi (był równocześnie sędzią), 2 asesorów (konsulów), syndyk, kasjer, kancelista, protokólista, policja (8 etatów) oraz sługa miejski (woźny). Kadencja trwała 4 lata i jeśli nie było zastrzeżeń, to przedłużano ją bez wyborów, jeśli brak kandydata - konkurs. Cyrkuł kontrolował realności miejskie i wydatki pow. 25 zł reńskich.
W Księstwie Warszawskim. Początkowo pozostał stary burmistrz Bartłomiej Zienkowski, wkrótce zastąpiony przez Macieja Krzyżanowskiego. Radę Miejską (9 mieszczan) mianował prefekt Urzędu Powiatowego (umieli czytać i pisać, głównie zamożni kupcy, rzemieślnicy, oberżyści) wspólnie z burmistrzem ustalali budżet, płatności. Magistrat tworzyli: burmistrz, 2 radcy (ławnicy), pisarz RM nazywany żurnalistą, pisarz magistratu i podpisarz (zastąpili protokolistę i 2 kancelistów), oraz kasjer, łącznie 12 policjantów, akuszerka, woźny, 4 stróże nocni, stróż do pieców magistrackich, zegarmistrz ratuszowy oraz sprawca miejski (rakarz) - razem 29 urzędników w Ratuszu (sublokatorem był Urząd Powiat.). W 1810 zredukowano o połowę policję, a akuszerkę zastąpił kominiarz. Obniżono pensje (burmistrzowi z 2400 do 1800). W 1810 z 17 tys. zł dochodów - aż 13 tys. z czopowego. Nastąpiło ich zmniejszenie z 1808 o połowę (poza czopowym, głównie czynsze i opłaty targowe, upadł zysk z wagi). Wydatki pochłaniały koszty związane z wojskiem (m.in. zakup wołów, kwatery i utrzymanie oficerów francuskich) i zniszczeniami.

 * Wybory władz wójtowskich 28 X 1584 - wójt Wojciech Wnuk, podwójci Jan Sykstus, ławnicy: Józef Gościcki, Grzegorz Gladiakor (miecznik), Wojciech Węcławkowic, Łukasz Sejfeks (ślusarz), Laurencjusz Pelio (kuśnierz), Bartłomiej Laniator (rzeźnik), Jan Piwko.
 * Proconsul - burmistrz, consul - rajca, adwocat - wójt, scabibus - ławnik, cives - obywatel, arcifcesex - rzemieślnik, contuberni - cech, negatiator - kupiec.
 * Radę  w XVIII w. utożsamiano potocznie z magistratem (w późniejszych czasach utożsamiany z organem wykonawczym władz miasta). W prognostyku kalendarzowym w 1721 dla Zamościa czytamy o śmierci w ciągu roku czterech rajców - Acz Magistratu nie dawno na Karki / Kosa trafił nienawistnej Parki, / Gdy czterech Radnych nie długo po sobie, / lak w iednym roku) położyła w grobie. / Czem? trudno zgadnąć.
 * W 1696 wydatkowano na berdysze i latarnie (gwiazdy) dla stróżów miejskich.
 * Z Prognostyku (Kalendarz, 1721) do Rady miasta:
Pięknie gdy Radny literat wotuje,
Nie Medinę lecz Saxona smakuie,
Nie żal takiemu mowić, Sędzia Mości,
O sprawiedliwość upraszam Waszmości.
Niż gdy w Ławicy siedzi gruby rura,
Co iak żyw nie wie Cuius Partis Iura:
Lub Włoch, lub Niemiec, siedzisz w Magistracie,
Siedź, sądź, strzeż Praw, strzeż Przywileiow Bracie,
Żyi w poczciwości, tak gdy się chcesz sprawić,
Będą cię y wszech Nieba błogosławić.