Z 1601 pochodzi wzmianka o pierwszym dozorcy więzienia (na zamku, w piwnicy), następnego roku już w ratuszu. Miejskie więzienie podlegało wójtowi, kryminalne znajdowało się na dole, cywilne - w wieży ratuszowej zamojskiej.
Zachowała się informacja o Żydzie świętokradcy, który wyłamawszy kratę uciekł z podziemnego więzienia (1661). Można do niego było trafić nawet gdy się unikało przez lata ...spowiedzi (za dwa lata 2 tygodnie). Istnieje wzmianka o więzieniu zamkowym. W więzieniu w Zamościu trzymany był w 1715 posądzony o zdradę płk Wetz, gdy weszli Sasi uwolniony.
Od poł. XVIII w. w powstałym odwachu ratuszowym czynne było więzienie specjalne, też nazywane domem pracy przymusowej z 28 kajdanami. W piwnicy znajdowała się tzw. ciemnica, gdzie trzymano przestępców do rozprawy, przykutych do ścian i izba tortur. Po zajęciu miasta w 1772 Austriacy przeznaczyli część ratusza na więzienie. Później jeszcze na więzienie cywilne zajęto dalsze pomieszczenia ratuszowego parteru. W 1779 w odwachu siedziało 21 więźniów z różnych miejscowości. Używani byli do prac fizycznych.  Musiało być wielu więźniów, skoro używani byli do dużych robót przy fortyfikacjach.
W 1787 austriackie władze przejęły więzienie miejskie na więzienie karne, podległe sądowi kryminalnemu w Zamościu (sędzia Johan von Hussagh, od 1807 Onufrius von Grykoleski), z 6 umundurowanymi strażnikami (1809 - 10 ).
    Od 1787 też istniał posterunek wojskowej straży policyjnej (kapral i 6 żołnierzy). Znajdował się w odwachu, ze swoim niezależnym od więzienia aresztem. W 1794 byli tu więzieni uczestnicy Insurekcji Alojzy Osiński pijar, uczony (osobne hasło) i Józef Gąsianowski, pułkownik, pamiętnikarz.
W czasach Księstwa Warszawskiego więzienie było również w Bramie Szczebrzeskiej (oprócz miejsc dla kryminalistów, na parterze 2 "lochy" bez okien, a nad przejazdem "wieża"). 1 VIII 1810 utworzono  Cywilne Więzienie Kryminalne przeznaczone dla zbrodniarzy, nadzorowane przez Wydział Policji Poprawczej w Zamościu (inspektor Jan Makarewicz, od 1811 Antoni Mikulski). Z końcem 1810 było osadzonych w nim 44 mężczyzn i 4 kobiety, wszyscy okuci w kajdany i wykorzystywani do ciężkich prac zewnętrznych.
Po oblężeniu, w 1814 utworzono w ratuszu Dom Poprawy i Areszt publiczny. Osadzano w nich na okres od 8 dni do 3 lat, w pierwszym lekkie kajdany, posłanie z siennikiem, ubranie jednolite, wykorzystywani do prac zewnętrznych i wewnętrznych. W drugim nie byli zakuwani. Mogli się utrzymywać na własny koszt, posiadać własnych służących lub domowników, za zgodą sądu w celi przyjmować i rozmawiać (Utrzymywani w areszcie z pieniędzy publicznych byli wykorzystywani do prac). W 1817 (1825?) cywilnych więźniów z ratusza odesłano do Janowa, urządzając w nim więzienie wojskowe (osobne hasło).
Po kasacie twierdzy w VIII 1866 zniesiona została cywilna rota aresztancka, przez zamościan nazywana kaźniami (więźniów odesłano do Dęblina. Więzienie miejskie powróciło do odwachu (5 izb, m.in. żeńska policyjka), aż do wzniesienia więzienia przy ul. Okrzei. (osobne hasło)

* Wspomnienie z 1906 Małgorzaty Szpringerowej, działaczki socjalistycznej, z ratuszowego więzienia. Przesiedziała w przepełnionym więzieniu pod ratuszem 2,5 miesiąca, dużo było politycznych, złodziei, prostytutek (niektóre okropne). Mrocznym i brudnym korytarzem, dozorca zaprowadził ją do tzw. żeńskiej policyjki, szło się przez kilka cel męskich. Tam zastała trzy towarzyszki Różę Bronsztajn, Bekarman i Zofię Dziubówną (dwie pierwsze z socjal-syjonu). W ciemnej, wilgotnej celi szczury, judasz do celi męskiej, trzy tapczany, śmierdzące wiadro, później rodzina dostarczyła żelazne lóżko, w stróżówce gotowana woda, wyżywienie u dozorcy 9 kop. za dobę. W długie noce światła nie było. (za „Sztandarem Ludu” z 27 X 1965)