W IX 2004 zadłużony Szpital Miejski (Szpital św. Mikołaja, Szpital Miejski) znalazł się w likwidacji, a Rada Miejska z 2004 przekształciła go w szpital niepubliczny - 100% udziałów miasto. 1 I 2005 rozpoczął działalność medyczną jako Zamojski Szpital Niepubliczny sp. z o.o. z 10 oddziałami, specjalistyczne: gruźlicy i chorób płuc (w 2013 zrezygnowano z leczenia gruźlicy prątkującej), chirurgii dziecięcej, chirurgii urazowo-ortopedyczny (w 2017 5-ty z 18 w wojew.) oraz ogólne: wewnętrzny, pediatryczny, ginekologiczny, paliatywny, przewlekle chorych, zakład opiekuńczo-leczniczy (zlikwidowano tylko oddz. położniczy). 24 V 2005 otwarto oddział hematologii z 15 łóżkami (dotąd najbliżej w Lublinie), w 2014 przez chorych oceniony jako II w kraju (ordynator Sławomir Górnik, ob. Renata Kasza), a w 2023 został "Ośrodkiem onkologicznym 10-lecia woj. lubelskiego". Posiada stację dializ - najlepiej wyposażoną w regionie. Przeszedł gruntowną modernizację i nawet przynosi zysk (2014 - 156 tys. zł). Od 2024 przy szpitalu przychodnie geriatryczna i leczenia bólu.
W 2006 miał 11 tys. pacjentów, wykonano 5,5 tys. operacji, udzielono 19,5 tys. porad specjalistycznych. W 2007 uzyskał certyfikat ISO - 370 prac., 258 łóżek, w 2015 - 406 prac., w tym 40 lekarzy i 180 pielęgniarek, 221 łóżek (w tym opieki długoterminowej 55 - średnia pacjentów pow. 70 lat).
W ciągu 10 lat przyjął 100 tys. pacjentów. Prezesi: 2004-2011 Krzysztof Tuczapski, 2011-2022 Mariusz Paszko, od 2023 Damian Miechowicz.


 * w 2015 oddziały i ordynatorzy: pediatryczny - Teresa Fedorowicz (20 łóżek), hematologiczny - Sławomir Górnik (34), paliatywny - Marzena Sachajko (15), chirurgia urazowo-ortopedyczna - dr Szczepan Krupa (30), chorób płuc - Krzysztof Skrzypek (23), wewnętrzny - dr Piotr Szymański (49), ginekologiczny - dr Cezary Ziółkowski (10), chirurgii dla dzieci jednego dnia (4) oraz Zakład Opiekuńczo-Leczniczy.
 * Oddział hematologiczny zajmuje się leczeniem chorób krwi, szpiku kostnego i układu chłonnego, pocz. jako pododdział z 8 łóżkami, w 2015 - 34 łóżka (3 łóżka intensywnej opieki medycznej), z jednodniowej chemioterapii może skorzystać jednocześnie 15 chorych, zatrudnia 43 osoby (5 lekarzy). Posiada m.in. od 2009 separator komórkowy.
W 2014 przyjął już 2,2 tys. chorych. W 2016 podczas VII Zamojskich Spotkań Hematologicznych (udział prof. K. Warzochy, dyr. Instytutu Hematologii w Warszawie) oddział jako jeden z nielicznych w Polsce wyróżniony certyfikatem "W trosce o pacjenta". W 2022 oddział przyjął ok. 900 pacjentów (2/3 onkologicznych).
 * Na oddziale ortopedycznym (30 łóżek, ordynator dr Szczepan Krupa) w 2017 dokonano ponad 2,1 tys. operacji, od 2018 jako jeden z nielicznych kraju trudne zabiegi protezoplastyczne .
 * W I 2014 stawka żywieniowa 5,50 zł, w szpitalu "starym" 5 zł (w szpitalach hrubieszowskim 10,50, biłgorajskim 12,50, tomaszowskim 14,21).
 * W 2019 brakuje lekarzy na internie, gdzie 55 łóżek obsługuje 6 lekarzy, na hematologii (tylko 4), pulmunologii, pediatrii, na oddziale paliatywnym (1), tylko ortopedia ma pełną obsadę.