I-szym komendantem wojennym miasta został mjr U. P. Leszczow (pochodził z Tuły, poległ 12 VIII 1944 w walce z niedobitkami SS, grób na Rotundzie). Jego następcą był mjr Zasuchin (urzędowali w gmachu NBP). Zasuchin uczestniczył w miejskich wydarzeniach (poświęcenie Domu Żołnierza, Dożynki), z jego polecenia powstał w parku pomnik Rządziło jednak wszechwładne NKWD, które z końcem VII 1944 przejęło po gestapo Gmach Czerskiego (wraz z UB), oprócz tego posiadające drużyny w gmachu NBP, "Kropli mleka" (w piwnicach obu areszty), Domu Centralnym, drewnianym domu przy ul. Radzieckiej (więźniów trzymano w piwnicy w ogrodzie) i koszarach (z Trybunałem Wojskowym NKWD VI Armii Powietrznej na Ukrainie).
W X 1944 przybył w celach represyjnych batalion 98 pułku pogranicznego dywizji NKWD. Trybunał Wojskowy NKWD przy VI Armii osądził kilkudziesięciu AK-owców. 13 XI 1944 wyrokiem sowieckiego rozstrzelano i pochowano w parku nad stawem 4 partyzantów AK (do pocz. l. 60. mogiły znajdowały się w pobliżu "Kropli mleka"), a wcześniej 11-tu wywieziono do łagrów. Egzekucji dokonywano też w koszarach i lasku sitanieckim. W II 1945 aresztowano 12 przybyłych więźniów Oświęcimia. 8 V - 30 VI 1945 rozstrzelano 17 więźniów w więzieniu. Przez zamojskie więzienia przeszło wtedy kilkaset osób. W ciągu 2 lat sowieccy żołnierze popełnili kilkadziesiąt przestępstw (m.in. 24 X 1945 napadli na wagon z cukrem i powiesili 7 osób).


 * Dom przy ul. Radzieckiej 5 należał do rzeźnika Szymańskiego, Późną jesienią 1944 NKWD prowadziło w nim przesłuchania. Kilka metrów za domem znajdował się głęboki na 4 m murowany loch mieszczący chłodnię na mięso. Mógł pomieścić 50 osób. Bity i przesłuchiwany był tam m.in. Teofil Niemczuk, Zbigniew Kruk, Zbigniew Steller.
 * W poł. IX 1945 wyjechał z Zamościa do Rosji sowiecki generał, zabierając na 24 samochodach rzeczy zrabowanych w w Niemczech, m.in. meble po marszałku Rzeszy Goeringu (zamojski wywiad AK)