Starania o ich sprowadzenie podjął w 1635 Tomasz Zamoyski. Przybyli do dopiero w 1674 za sprawą Hieronima Żaboklickiego chorążego bracławskiego, który oddał im swój dworek, przy wsparciu Marcina Zamoyskiego (dał pozwolenie na budowę i plac, zapisał 10 tys. zł). Tego roku prowincja zatwierdziła fundację. Do fundacji przyczyniło się szereg innych osób. Również w 1674, w drugą niedzielę po Zielonych Świątkach, przy ul. Szewskiej bp. Świrski poświęcił tymczasową kaplicę, w 1680 poświęcono kamień węgielny.
W przeciwieństwie do innych zakonów otrzymali od razu murowane zabudowania proj. J. M. Linka, w 1683-86 niewielki kościół p.w. św. Piotra z Alkantary i przyległy od zach. budowany od 1683 trójskrzydłowy, piętrowy klasztor. Obie budowle tworzyły zwarty, oskarpowany w narożach czworobok w środku z prostokątnym wirydarzem ze studnią. Już po powstaniu  zabudowań zakonnicy nabywali kolejne parcele. Klasztor przeznaczony był dla 12 zakonników, ale przebywało ich często ponad 30. Posiadał 31 cel, niewielki refektarz w płn.-zach. części (6,5x10,5 m, 6 okien), kuchnię, celę gwardiana, infirmerię, pokoje gościnne, łatalnię habitów, karcer. Prostota i skromność urządzeń odpowiadała ewangelicznej surowości głoszonej przez reformatów (zakaz używania szat jedwabnych, marmurów, muzyki itp.).
Znani byli w mieście z gorliwości i żarliwości apostolskiej w opowiadaniu Słowa Bożego ludowi. Od 1723 zastępowali kaznodziejów kolegiackich, ciesząc się sporym autorytetem. Za ich wstawiennictwem darowano życie przestępcom  (np. w 1727 katu, który zastrzelił swoja żonę). Pobożnością wyróżniał się gwardian, "Świątobliwy" o. Sebastian Wolicki - podziwiany przez goszczącego w Zamościu Piotra Wielkiego dla ostrego życia i chrześcijańskiej pokory (pochowany u krakowskich reformatów, tam jego portret). Podobnymi przymiotami cieszyli się Michał Michowski, wuj ordynatowej, w zakonie o. Kazimierz (dokończył wielce świątobliwego życia w Zamościu w 1751), o. Jan Żelikowski, któremu ordynat dziękował za wpływ głoszonymi kazaniami na obyczaje mieszkańców miasta, czy o. Beniamin Pankiewicz, wymieniony w Hagiografii Polskiej (1719) wśród słynących świątobliwością Polaków (znaleźli się tam również Jan i Tomasz Zamoyscy). W 1722-23 przebywał w klasztorze znany zakonny skryptor i iluminator Symeon Rybkiewicz. W 1742-43 wykłady w klasztorze z filozofii przyrody prowadził o. Ludwik Hoffman (zachowane w Krakowie notatki).
Pracowali tu i inni znani zakonnicy, jak Kazimierz Arakiełowicz, Feliks Białecki. W Zamościu urodził się reformat ormiańskiej nacji Cyprian Kierkorowicz. Osobno wymienić trzeba Wojciecha Męcińskiego - potem najwybitniejszy reformacki kaznodzieja i pisarz religijny swego czasu (jedna z pierwszych ofiar rozbioru - za krytykę poczynań władz w kazaniu pasterkowym otrzymał w 1775 nakaz opuszczenia granic cesarstwa). Kaznodzieją przez 20 lat o darze opowiadania Słowa Bożego był Walerian Rzeszowski – niezwykłej pokory i posłuszeństwa, kochany i szanowany w zakonie.
W 1749-81 opublikowali w Zamościu ponad 20 dysertacji do odbywanych w klasztorze dysput filozoficznych i teologicznych. Posiadali sporą bibliotekę (osobne hasło: Biblioteka reformacka) z księgozbiorem ofiarowanym przez biskupa Jana Szaniawskiego (pochowany został w podziemiach kościoła).
W 1772 w Zamościu przebywało 25 reformatów. Kasata instytucji kościelnych początkowo ich ominęła, prawdopodobnie z braku uposażeń i kapitałów. Jeden z zakonników był wikariuszem kolegiackim. W 1802 przeniesiono tu nowicjat z Wieliczki (20 zostało tu zakonnikami). W 1804 było 5 zakonników, w 1806 przyszła decyzja o likwidacji i dwu ostatnich reformatów przeniesiono do Chełma. Ostatnim gwardianem był o. Krescenty Kasprzycki. Inne nazwiska gwardianów w Zamościu: Ildefons Żelaszkiewicz, Euzebi Tomza, Władysław Maliszewski, Stefan Gidlewski, Alojzy Wydżga, .
21 VIII 1807 Urząd Cyrkularny zlicytował rzeczy kościelne i klasztorne (m.in. 2 marmurowe nagrobki), a sprzęty liturgiczne do innych konwentów. Kościół i klasztor zajęło wojsko. Budynek klasztorny został jednak rozebrany (jesień 1820 - wiosna 1821), materiały zużyto do budowy fortyfikacji, a w jego miejscu powstał niewielki plac musztry.


 * W II 1635 ordynat Tomasz Zamoyski podczas pobytu w Warszawie ciężko zachorował. O północy, gdy wydawało się że jest bliski skonania, usłyszał dźwięki sygnaturki. Chory dowiedziawszy się, że jest to wezwanie na Jutrznię w pobliskim klasztorze reformatów, poprosił o modlitwę w swojej intencji. Nastąpiła szybka poprawa, a gdy zupełnie wrócił do zdrowia, przyrzekł w podzięce za modlitewne wstawiennictwo m.in. zobowiązał się sprowadzić reformatów do rodzinnego miasta.
  * Oprócz Hieronima Żaboklickiego chorążego bracławskiego, do fundacji przyczynił się również Mikołaj Bieganowski kasztelan kamieniecki (fundował  konwenty reformatów w Lublinie, Lwowie i Kazimierzu, lubo też i do zamojskiego znacznie się przyłożył) oraz Stefan Stanisław Czarniecki marszałek Sejmu, pisarz polny koronny (Niesiecki - do fundacji reformatów w Zamościu najwięcej się przyczynił, dlatego tamto miejsce za swego czci go fundatora), a także Tobiasza Żaboklickiego kanonika krakowskiego. Kolejne posesje pod budowę zakupili zakonnicy od Więckowskich (1676) i Jana Chmiela łowczego bełskiego (1679), dworki w mieście zapisali im w 1679 Stefan Zamoyski i Łukasz Prusinowski starosta czerkawski.
 * W podziemiach kościoła pochowani byli reformaci znani z ascezy:  Kasper Luboński
kochał się w ubóstwie, Mikołaj Gąsiorowskiumartwiał ciało wymyślnymi sposobami: „zażywał pasa z grubych skór przeszytego. szerokiego na dwie piędzi, grubego na dwa palce, którym się mocno ściskał, y zawsze nosił na gołym ciele, ten zaś za czasem potem, y zażywaniem, tak stwardniał, że twardością żelaznemu się równał, tego do samey śmierci z siebie nie zdjął”, Alojzy Wydżga dodawał sobie innych umartwień; przedłużał modlitwy i skracał godziny odpoczynku, unikał wszelkiej styczności z osobami świeckimi. Pokornie jednak służył ubogim i chorym, Eustachy Truszkowskiusługiwał chorym, konającym, nie wzdrygając się „żadnego smrodu, niewygody, albo zarazy (…) Wiele tedy pobożnie przy jego pomocy umierało”. Zaraził się od umierających i sam śmiercią prawie męczeńską zgasł, Eryk Moreckiumartwiał ciało: nie dosypiał, biczował się.
 * W 1808  wyłączone z licytacji rzeczy rozdysponowano po 14 konwentach (Kraków, Przemyśl, Sandomierz, Jarosław, Kęty, Wieliczka, Pińczów, Chełm, Kazimierz, Rawa, Zakliczyn, Stopnica, Solec, Radecznica). Były wśród nich: monstrancja srebrna pozłacana, 7 kielichów srebrnych, 2 pacyfikały pozłacany (jeden z relikwiami - do Kazimierza), 4 ołtarze małe z kości słoniowej, krzyżyk na ołtarz drewniany, dzwonki na kopułę mniejszy i większy, figury Pana Jezusa Ukrzyżowanego, puszka maleńka na olej srebrna, lichtarze drewniane, lawaterz miedziany, pozytyw mały, pixys srebrna pozłacana z zwierzchem (?), żelazo do pieczenia opłatków, zegary z refektarza i korytarza, ponadto szaty liturgiczne i bielizna ołtarzowa, z klasztoru - garniec miedziany, kociołek do grzania wody, półmiski i kociołki, kociołki do browaru, łyżki cynowe, koce do łóżek, 107 ksiąg.
 * U krakowskich reformatów znajduje się m.in. jeden ze starszych - zamojski mszał z 1698, dwa tomy Kroniki klasztornej z 1674-1805 (638 stron) .