Opustoszały w 1809 pałac Zamoyskich  zajęło wojsko, lecz najbardziej zdewastowany po oblężeniu w 1813 gmach główny nadal stał pusty (w 1816 Julianowi Niemcewiczowi pokazano oficynę z malutkimi izbami - 7 na 3 stopy - w której miał umrzeć Jan Zamoyski), z poniszczonymi posadzkami, piecami, schodami, oknami. Trochę oficyn zajęło wojsko, w piwnicach składy, ulokowano też w zabudowaniach piekarnie garnizonowe. Jeszcze z 1818 zachowała się wiadomość o zupełnie zdezolowanym pałacu, z którego mogą być koszary artylerii na 1200 żołnierzy. Jako zdezolowane określono pawilony (dla wyższych oficerów mogą być), zupełnie zdezolowane oficyny, a dawne vis a vis arsenału - do rozbiórki. Po kolejnym powierzchownym remoncie środek gmach zajmował magazyny Dyrekcji Inżynierii, pawilon południowy skład broni i komora ubiorcza, północny zw. "cesarskim" apartamenty do w dyspozycji cara oddany po wsze czasy, gdy okresowo wizytował twierdzę, oficyny - 50 oficerów, mieszkanie komendanta, także rzemieślnicy wojskowi, infirmeria chorych na świerzb, poczta. Dopiero w 1830 napisano, że d. zamek zupełnie wyporządzono na mieszkania dla oficerów.
Po gruntownym remoncie, w pozbawionym dawnego wystroju, oschle klasycystycznym, bez mansardowego dachu, z ujednoliconym niczym wielka kamienica II piętrem, pałacu urządzono wojskowy szpital. Do wybudowania koszar, oprócz mieszkań oficerskich mieściło się tam również dowództwo garnizonu, w pawilonie płn. rezydował dowódca. W  pawilonie płd. była cerkiew, prawdopodobnie wcześniej kaplica katolicka (Cerkiew p.w. Przemienienia).
Wg planu z l. 70. XIX w. w pałacu znajdował się szpital oficerski w obu skrzydłach oficyn kwatery oficerskie, w skrzydle na przeciw kolegiaty - stajnie. W opisie z 1913 P. Krasnow nie wspomina o szpitalu, natomiast wymienia na parterze głównego budynku sztab dywizji kozackiej, nad nim kwaterę jej dowódcy. Przed pałacem powstał opasany biało-czerwonymi barierkami plac musztry, a następnie ogród spacerowy, zamieniony potem na elitarny park ("Ogród Adrianowski"). W 1929 zasadzono przed pałacem nowe drzewa.
Wojsko zajmowało pałac do 1918 (żandarmeria  jeszcze w 1922). W głównym budynku mieszczą się od 1920 sądy, ob. w całym budynku, tylko w wozowni mieści się od lat "Gracja" i "Elmet". W bocznym skrzydle były biura Sejmiku, później drukarnia (do 2002) - w przeciwległym (płd.) Sąd Pokoju. W  głównym gmachu na parterze (d. Resursa) kancelarię notarialną miał B. Leśmian. W 1936 pałac był w mieście najdrożej oszacowanym obiektem zabytkowym (835.356 zł). 5 VIII 1944 jeszcze raz urządzono szpital na żądanie władz sowieckich. Armia Czerwona zajmowała pałac jeszcze do 1946, w 1958 przeprowadzono remont kapitalny.
Z czasów dawnej świetności zachowała się Sala Kolumnowa i niewielka ilość detali architektonicznych. Cały zespół pałacowy posiada ok. 180 pomieszczeń, w czasach współczesnych tylko doraźnie remontowany, oczekuje na lepsze czasy. Prowadzone były natomiast badania w różnych okresach, m.in. odnoszące się do jego architektury i wystroju. W 1996 w pawilonie płn. w jednej z sal (wydz. karny) odkryto polichromie z przeł. XVIII/XIX w. (klasycystyczne podziały ramowe, fragment niebieskich kolumn) zachowane w ok. 50% (głębsze warstwy szczątkowo).
W pałacu, głównie oficynie tylnej wegetowało w 1984 - 38 rodzin (114 lokatorów), 2008 - nadal mieszkania socjalne dla 20 rodzin. Cały obiekt jest w bardzo złym stanie i nie zanosi się w najbliższym czasie na jego renowację, przywracającą mu historyczny (który?) kształt. Wśród propozycji użytkowych dla pałacu, były m.in. w 1972 w programie rozwoju kultury do 1980 na pałac kultury, równoległy pomysł - Centrum Szkolenia Architektów UNESCO (1974), ośrodek kultury, lokum dla Orkiestry włościańskiej (l. 80.), w 1980 był plan zagospodarowania dla Akademii Rolniczej (przeprowadzono nawet rozmowy z rektorem), w 1987 wyszedł pomysł Centrum Kultury i Sztuki. W 2016 władze miejskie zaproponowały nową funkcję: Zamojskie Eksperymentatorium Energetyczne.


 * J.U.Niemcewicz (1816) - sama architektura w guście saskim (...). Zaczęto go przerabiać, gdy zawieruchy krajowe przerwały dzieło i zostawiły w stanie spustoszenia z którego ciężko by kiedy już powstał.
 * Dziedziniec pałacowy
nierównie obszerniejszy (od Rynku), ze trzech stron otoczony iest ruinami niegdyś wspaniałego Zamoyskich zamku, właśnie go restaurowano, lecz choć zdaniem moiem zyska na ozdobie, straci na starożytności. Plac koło zamku używany bywa do ćwiczeń woyskowych i dlatego opasany iest baryerą białym i czerwonym kolorem obciągniętą. ("Rozmaitości", 1825, nr 36).
 * Na krawędzi wzgórza, na skraju miasta i przed nim stał długi, stary, w Rastrielliewskim stylu, blado-różowy pałac Zamoyskich. W nim mieściły się – z prawej – wielka garnizonowa sala przyjęć i nad nią garnizonowa cerkiew, w części środkowej, na dole – sztab 1-ej Dońskiej Kozackiej Dywizji i dowództwo Dońskiego Dywizjonu Artylerii; nad nim, w „biel-etażu” kwatera dowódcy dywizji. Na trzeciej kondygnacji i w bocznych oficynach były koszary Dywizyjnej Konnej Saperskiej sotni, dywizyjnych pisarzy sztabowych i kwatery oficerów sztabowych. Z lewej strony, poprzecznie do pałacu, stał długi biały budynek – dawna stajnia hrabiów Zamoyskich, obecnie przerobiona na przytulne oficerskie kasyno 10 Dońskiego Kozackiego Pułku. (Piotr Krasnow, wspomnienia z 1913, tłum. J. Kuśnierz)
* Perec we Wspomnieniach o pałacu, siedzibie dowódcy garnizonu pisze "zamek" i dodaje - "Dom faraona".
 * Pomalowane obecnie na ceglisty kolor mury starego Zamojskich pałacu w srebrnych promieniach księżyca, zdały się spowite żałoby całunem. ("Kurier Poranny" 1913)
 * Wg programu rozwoju kultury Zamościa (1972) w Pałacu Kultury miały znaleźć się:  salony wystawowe, ogniska plastyczne
(tj. upowszechnianie sztuki), gabinety i pracownie artystów plastyków, muzyków, literatów, twórców ludowych (czyli dom pracy twórczej), kluby zainteresowań,określoną dziedziną wiedzy i techniką, czytelnie, poradnie specjalistyczne, nauką j. obcych, uniwersytety powszechne, sale telewizyjne, projekcja filmów oświatowych (jako działalność oświatowa), sale gier towarzyskich i sportowych, sale rozrywkowe z kawiarnią, dansingiem, występami kabaretu (ta część nazwana została działalnością artystyczną?!), a także palmiarnia połączona z kawiarnią, komnaty gościnne, sale konferencji, Archiwum Powiatowe, drukarnia zamojska, ZTPN, redakcja gazety.
 * Obecna siedziba Sądu
przekształcona być może w centrum kulturalne dla miasta i regionu. Miałby to być kombinat kulturalny. W nim pomieszczenia dla szkół artystycznych, sala kinowa, biblioteka. Kosztować by to cudo kombinatowe miało sporo, ok. 26 milionów, ale całość kosztów centrum wkalkulowany jest z góry w koszt renowacji. ("Kierunki" 1973 nr 14)
 * W sali kolumnowej, największej w pałacu, gdzie ordynaci gościli królów i arcyksiążąt, mieści się główna sala rozpraw, wypełniona od brzegu do brzegu poszczerbionymi ławkami dla publiczności. Nierówne podłogi wyłożone zabłoconym linoleum, uginają się pod każdym krokiem, jakby chodziło się po próchnie. Schody prowadzące na piętro są wąskie brudne i po prostu zaplute. W powietrzu unosi się zapach pleśni. ("Tu i Teraz" z 1983)
 * Pałacowe oficyny - Fetor brudu i grzyba. Wysokie okno na klatce schodowej niegdyś uszczelnione folią. Dziś jej strzępy i pajęczyny tworzą scenerię godną filmu grozy. W szczycie schodów stoi wysoka szafa a węgiel i drzewo. Na niej blaszana wanna. Zbiera wodę z przeciekającego dachu. Na korytarzu umywalki z przeciekającymi kranami, w rogu wspólny sedes, cały korytarz usłany resztkami niemiłosiernie brudnych dywaników i chodniczków, które takimi  pozostały już tylko z nazwy. ("Kronika Tygodnia" z 2002).