Po bezpotomnej śmierci III ordynata pretensje do majątku zgłosili: żona Maria Kazimiera z drugim mężem Janem Sobieskim, wyznaczeni statutem ordynacji Zdzisław Zamoyski z synami i powołując się na zwykłe zasady dziedziczenia, siostra zmarłego, księżna Gryzelda Wiśniowiecka z synem Michałem i siostrzeńcem Stanisławem Koniecpolskim. Pozyskawszy poparcie oficjalistów dworu zamojskiego, Wiśniowiecka uzyskała kontrolę nad większością majątków już w V 1665. W tym samym czasie odprawiła z niczym posłańców Marii Kazimiery, a wkrótce również ją samą. Sprawa z Sobieskimi zakończyła się ugodą i ich odstąpieniem od sporu o spadek.
W VI 1665 o ordynację upomnieli się Zamoyscy z młodszej linii, ale magistrat zamojski nie przyjął od nich przysięgi powołując się na wolę księżnej. Obie strony przystąpiły do negocjacji, które jednak na tyle zniecierpliwiły Marcina Zamoyskiego, że w X 1665 najechał (600 szabel) dobra ordynackie, paląc je i grabiąc. Po początkowych sukcesach został jednak pokonany przez wojska księżnej i sam ledwie uszedł z życiem. Wiśniowiecka wniosła tę sprawę do Trybunału Koronnego, którą potem wygrała. Sprawę ordynacji zaś miał rozstrzygnąć sąd sejmowy. W związku z tym księżna obesłała większość sejmików listami, które spotkały się z pozytywnym odzewem. Tym poparciem Wiśniowiecka cieszyła się aż do śmierci w 1672. Sprawa była odkładana przez kolejne sejmy. Księżna przez ten czas, mimo że nie chciała ustąpić z ordynacji, deklarowała chęć porozumienia (1666, 1669), jednak Zamoyscy nie byli zainteresowani kompromisem i grozili nawet zerwaniem sejmu elekcyjnego Michała Korybuta, jeśli ich postulaty nie zostaną rozstrzygnięte na ich korzyść. Nie przysporzyło im to zwolenników wśród i tak niechętnej im z powodu zajazdu szlachty. Sytuacja uległa zmianie dopiero po śmierci Wiśniowieckiej i króla Michała, który testamentem zrzekł się pretensji do ordynacji na rzecz Marcina Zamoyskiego. W tym czasie ordynację przejął drugi pretendent,  syn młodszej z sióstr Sobiepana, Stanisław Koniecpolski.
Wolę króla zatwierdził sejm 15 I 1674. Nie zgadzał się z tym postanowieniem Koniecpolski, i przeciągał oddanie dóbr przez następne trzy lata. W 1672-76 ordynacja podupadła, Zamość niszczyły pożary, a dobra ordynackie złupiły najpierw stacjonujące wojska kozackie, a potem zadłużał je sam Koniecpolski, chcąc uzyskać jak najwięcej korzyści przed zdaniem ich Zamoyskim.


 * Koniecpolski wynosząc się z Ordynacji  dopuścił się wielu zniszczeń, zabrał znaczną część nader szacownych pamiątek i dokumentów tak historycznych jako i familijnych, przewiózł je po kryjomu do Koniecpola, gdzie przeszło półtora wieku w okryciu zostawały, i zaledwie częściowo już za naszej pamięci, odzyskać się udało Stanisławowi Kostce Zamoyskiemu i jego synowi. ("Gazeta Warszawska" z 1856)