Najstarsze i największe jest w Zamościu Muzeum Zamojskie, w ramach którego czynna jest ekspozycja w Arsenale i na Rotundzie. W 1987 powstało z inicjatywy Jana Zamoyskiego Muzeum Sakralne Kolegiaty Zamojskiej. Po utworzeniu diecezji zamojsko-lubaczowskiej otwarto Muzeum Diecezjalne. Wyspecjalizowane zbiory można obejrzeć w powstałych staraniem pasjonatów: Muzeum Techniki Drogowej i Mostowej, Muzeum Fotografii i Muzeum Szachów. W 2015 powstało w Bramie Lubelskiej Nowej muzeum "Klub Wspomnienie PRL" Socjalnej Spółdzielni  "Sami Swoi" (prezes Barbara Farjon, 12 pomieszczeń, 5 tys. eksponatów). W 2018 powstało siódme muzeum w mieście - Muzeum 3 Dywizji Piechoty Legionów ((Klub Batalionowy w koszarach), na które składa się kilkaset militariów Macieja Podgórskiego (przedsiębiorca, kolekcjoner).
1 VII przy ul. Weteranów otwarte zostało w starym drewnianym domu Muzeum Roztoczańskie PRL założone przez Tomasza Pakułę (zwiedzanie z audioprzewodnikiem - słynny polski lektor Tomasz Knapik), z 5 gabinetami i 12 wystawami tematycznymi.