Powstał za zgodą Jana Zamoyskiego, który uznał, że niewiele nabożeństwo ormiańskie od katolickiego różne i nie trzeba się obawiać, by się katolicy ich religią gorszyć mieli, naznaczył księdzu 60 zł rocznie, dodał na wieczność łąki, dom i ogród do kościoła. Przybyły ze Lwowa ks. Łukasz wzniósł drewniany kościółek i osadził przy nim ks. Krzysztofa Kałasta. Jego następca ks. Jakub Ałtunowicz zebrał wśród miejscowych Ormian 2966 zł (ogromna większość tej sumy pochodziła od kupca Warterysa Kirkorowicza, co upamiętniła łac. tablica nad bramą w ogrodzeniu, druga ormiańska nad wejściem do kościoła).
Kamień węgielny pod kościół p.w. Wniebowzięcia Bogarodzicy Marii Panny kładł 25 V 1626 legat patriarchy ormiańskiego z Eczmiadzyna ks. Melchisedeka w asyście 2 biskupów, osobnym funduszem budowę w 1628 wspomógł ordynat, a uroczyście konsekrował kościół 14 IX 1645 ks. bp Jędrzej.
W 1665 nie bez szemrania i oporu ze strony ludu kościół przystąpił do unii z katolikami. W tym czasie było przy kościele 2 księży, proboszczem ks. Jan Kistostorowicz (l. 47), znakomity rozumem, cnotą i władający łaciną i ormiańskim językiem książkowym  w którym pisuje uczone rozprawy, jest przy tem o wiarę  św. gorliwy, czego dowodem wzorowy porządek w kościele, oraz lud w rzeczach religijnych dobrze oświecony przez jego nauki i kazania. Królowa chciała go nawet wynieść na godność sufragana ormiańskiego we Lwowie. Miał już wcześniej domagać się unii, zostając już przedtem potajemnie katolikiem, natomiast podburzać przeciw niej (zapis - kacerstwo zaprowadzono w Zamościu) wyświęconego w Armenii, acz rodem z Zamościa mnich Szymon, którego biskup zabrał do Lwowa (wrócił jednak, sprzyjał tajemnie błędom, posądzony o magię, aż uwięziono go i wypędzono z kraju).
Znane są nazwiska czterech XVIII-wiecznych Proboszczów: ks. Piotr Dawidowicz (1710), ks. Zahariasz Krzysztof Steckowicz (1725), ks. Kajetan Kossa (zm. 1774), po nim ks. Deodat Szadbej. 16 VII 1781 papież Pius VI nadał odpust zupełny nawiedzającym go w Zwiastowanie, Wniebowzięcie, w św. Grzegorza, Antoniego i Kajetana, a w inne uroczystości NMP 7 lat odpustu. Jednak już w 1784, gdy prawie nie było Ormian, kościół wraz z jurydyką 15 poddanych przyłączono do tzw. funduszu religijnego. Kasatę opuszczonego kościoła zarządzono w 1802.
Przy kościele był cmentarz, stała plebania (od płd.) i szpital z cmentarzem (od płn.) oraz 5 kamienic z fundacji Warterysowicza, z dochodem przeznaczonym na kościół (ob. ul. Grodzka 2).

 * W Bibliotece OZ przechowywana jest Historia kościoła zamojskiego ormiańskiego, z wyrażeniem przywilejów, przepisów, transakcji do kościoła tegoż należących sum i obligacjów od roku 1585 do roku 1700.