W 1959 otwarto nowy kierunek (Kraków), jednakże w l. 60. i 70. w ciągu doby odjeżdżało stąd niewiele ponad 10 pociągów osobowych.
W 1961 w Zamościu wykupiło bilety jednorazowe 224 tys. osób (najwięcej w XII 27 tys. i w VII 23 tys., najmniej w II, V X i XI), z biletami miesięcznymi podróżowało 202 tys. osób (najwięcej w V i X ok. 22 tys., najmniej w VII 5 tys.).  W tamtym czasie z zamojskiego dworca w ciągu doby korzystało przeciętnie ok. 1000-1500 osób. W ciągu następnych 5 lat przyrost liczby podróżnych wyniósł 35%.
W 1985 ruszył z Zamościa pierwszy pociąg pośpieszny - do Warszawy - "Roztocze", w 1987 następny - "Hetman" przez Kraków do Katowic. Później przybyły dalekobieżne połączenia z Gdynią, Kędzierzynem-Koźle, a także Kielcami, Lublinem, Stalową Wolą, Dęblinem i Chełmem. W sąsiedztwie, nieużytkowanego biurowca LHS uruchomiono prowizoryczną stację Zamość Płn., z którego od 23 VI 1990 kursowały pociągi po szerokim torze do Moskwy, Brześcia i Olkusza, wprowadzono też dwa nowe połączenia z Warszawą. Łącznie z obu stacji odchodziły dziennie 24 pociągi pasażerskie (do Warszawy 4, do Krakowa 3, do Katowic 2, ponadto m.in. do Hrubieszowa 4).
W 1992 ruszył nowy pociąg do Lwowa i Częstochowy, w 1994 do Wrocławia, a dzięki połączeniu "bus" (do Lublina autokar) z ekspresem "Bystrzyca", od 19 VII 1993 podróż do Warszawy skrócono do 4 godz. (do Poznania 7,5). 25 IX 1994 z Zamościa pierwszy raz można było wyjechać na miejscu leżącym (Wrocław). W 1995 reaktywowano pociągi do Gdyni (3 ...rocznie!) i Częstochowy (tylko przez 6 dni w VIII). W 1996 do pociągów do Wrocławia (21.37 p. Kraków, Katowice), Katowic (4.45 p. Kraków) i Częstochowy (1,46), doszły nowe do Łodzi (5.39 p. Warszawę) i Zakopanego (21.01 p. Kraków); a nadal najwięcej połączeń miał Zamość z Zawadą (13), następnie ze Stalową Wolą (5), Lublinem, Hrubieszowem, Rejowcem (po 4), Warszawą, Krakowem, Przeworskiem i Bełżcem (po 3). Z Zamościa można było wybrać się na kilka godzin w góry - pociąg w Zakopanem był o 9.57, z Zakopanego wyjeżdżał o 18.01 i rano był w Zamościu! W 1995 dobowy ruch pasażerów w obie strony wynosił w stronę Zawady 2800, w stronę Hrubieszowa 700.
Przystanek Zamość Płn. był w rozkładzie do 1996 - linie Zamość - Lwów (przez Hrubieszów, w ostatnim roku nawet trzy w tyg.) i Olkusz - Moskwa. W 1998 zabrakło w rozkładzie "Zakopanego" i z Zamościa odjeżdżało 21 pociągów, m.in. do Zawady (skomunikowany z pociągiem Warszawa - Rawa Ruska). W 1999 zlikwidowano popularny niegdyś nocny pociąg do Warszawy (polityka eliminowania kursów nocnych, niebezpiecznych dla podróżnych) i pociągi do Lublina, a kurs do Rawy trwał z Zamościa niespełna 4 godziny. Od I 2000 odjeżdżało już tylko 17 pociągów - docelowo do Wrocławia, Katowic (obydwa przez Kraków), Łodzi (p. Warszawę), Częstochowy, Stalowej Woli, Rejowca, Chełma, Bełżca (zamiast - jak kilkanaście dni wcześniej - do Rawy Ruskiej) i Zawady, po 2 do Przeworska i Rzeszowa, oraz 4 do Hrubieszowa. Pół roku później zlikwidowano kursy do Chełma, Rawy Ruskiej, Łodzi i Rzeszowa, ograniczono kursy do Hrubieszowa (średnio 43 osoby, przychody tylko 12% kosztów) i Stalowej Woli, a pociąg do Łodzi zastąpił pociąg do Bydgoszczy. Z początkiem 2004 pociąg wrocławski przedłużony został do Zielonej Góry (ponad 14 godz.).
Od V 2001 odjeżdżało już tylko 8 pociągów, w tym jeżdżący kilka dni w roku (Częstochowa), po dwa do Zawady (skomunikowane z pociągiem osob. Rawa - Warszawa) i Hrubieszowa, do Kostrzynia (o 6.04 przez W-wę i Bydgoszcz, ale do Rejowca jako zwykły)  oraz dwa pośp. do Wrocławia (przez Kraków i Katowice, jeden o 4.58 przez Biłgoraj, drugi o 21.18 przez Bełżec). Wiosną 2002 ograniczono pociągi do Hrubieszowa z 4 do 2 (66, 72 minuty jazdy), a 15 X 2004 zlikwidowano ostatni pociąg Zamość - Hrubieszów (2-7 podróżnych). Od 12 XII 2004 były już tylko 3 pociągi - "Chełmianin" pośpiesznym na całej trasie (nawet do Rejowca) a "Roztocze" przestało jeździć do Rawy Ruskiej. 10 XII 2006 zniknął pociąg nocny do Wrocławia (w zamian "Roztocze", z Zamościa 10.38, we Wrocławiu 22.03), trasę do Kostrzynia dotychczasowy "San" zastąpił "Chełmianin", pozostał "Hetman" (Katowice) i "Solina" (W-wa Zach.).
W 1992 dworzec obsłużył 744 tys. pasażerów, w tym 43,3 tys. do Lwowa (od VII 1992). W 1993 Stacja Rejonowa w Zamościu sprzedawała 1200 biletów dziennie, a miesięcznie także kilkanaście biletów do ...Europy Zach. Do pracy dojeżdżało dziennie 700 osób od strony Hrubieszowa i 800 od Bełżca. Pociągiem do Lwowa (3 razy w tyg.) odjeżdżało 100-140 i przyjeżdżało 200-220 pasażerów. W 1999 sprzedawano 60 tys. biletów miesięcznie (w Chełmie 110 tys.), a do Lublina i z powrotem podróżowało tylko ok. 600 osób dziennie.
Zarządzający 72 dworcami podmiot Dworce Kolejowe PKP w 2005 zaliczył Zamość pod względem liczby pasażerów do kat. D - z Warszawą Stadionem i Powiślem - do trzech najmniejszych dworców. 
W 2009 spółka Intercity zawiesiła wszystkie kursy pociągów do Zamościa i zamknięto dworzec. Po interwencjach, petycjach 1 III 2011 połączenia wznowiono (m.in. szynobusy z Lublina cztery razy dziennie). Szynobusy zyskały popularność Od 9 XII 2013 jeżdżą też do Chełma, Dęblina i Łukowa. Z końcem 2013 pociąg z Zamościa znowu jeździł do Poznania (4.24 - 20.08, powrót do Zamościa o 22.06).
14 XII 2014 PKP Intercity (wyższy komfort) wznowiła dalekobieżny pociąg z/do Zamościa (w miejsce "Hetmana" autobusowa komunikacja zastępcza, dowożąca pasażerów do dworca  w Rzeszowie). Pociąg  Codziennie o godz. 5.17 z Zamościa  wyjeżdża "Kossak", powrotny "Światowid", przyjeżdża  o  21.20 - bez przesiadki dojazd do Krakowa, Opola, Wrocławia, Poznania i Szczecina (16,5 godziny). 9 VI 2019 powrócił IC "Hetman" (do Wrocławia). 
W 2015 powstały przystanki Zamość Starówka i Zamość Wschód (dł. po 100 m, od 2023 - 200 m), do których docierały tylko 2 pary szynobusów, średnio w ciągu pierwszych miesięcy korzystały z nich 2-3 osoby dziennie, gdy ze stacji ok. 100 osób dziennie. Od XII 2020 można z Zamościa pociągiem "Zamoyski" dojechać do Kołobrzegu (7.33 - 20.27, powrót 8.02 - 20.39), a po zmianie rozkładu "Hetmanem" do Wrocławia 6.25 (dojazd 15.29).