Druga po stronie płn., pierwotnie, od 1 ćw. XVII w. była to kaplica akademicka p.w. Pana Jezusa między Doktorami i św. Katarzyny między pogańskimi filozofami dysputującymi (zapis Sebastiana Siekanowicza 4 tys. zł), z ołtarzem fundowanym przez Katarzynę Zamoyską. W 2 ćw. XVIII w. w kaplicy całej malowanej wybudowano nowy ołtarz p.w. św. Jana Kantego (dotychczas wezwanie to nosił mały ołtarzyk przy sąsiednim filarze). Po kasacie Akademii w kaplicy umieszczono nowy ołtarz, być może przeniesiony w całości z ostatecznie zamkniętej kaplicy św. Krzyża.
Na wystrój tego barokowego, utrzymanego w poważnej tonacji ołtarza składa się 6 płaskorzeźbionych, polichromowanych scen pasyjnych. Dopełnia je równie oryginalne Ukrzyżowanie, wstrząsające w swym naturalizmie znakomite dzieło anonimowego rzeźbiarza. Wg Potockiego krzyż hebanowy, Chrystus w kości słoniowej, w podstawie krzyża za szkłem relikwiarz oraz 3 urny miedziane z wnętrznościami - ob. w kryptach. W 2005-2006 konserwowany.

 * Wizerunek Zbawiciela ukrzyżowanego z kości słoniowej, rozpięty na krzyżu hebanowym, prawdziwe arcydzieło sztuki rzeźbiarskiej, dar nie wyśledzonej dotąd osoby. ("Kronika Wydarzeń Krajowych" 1859 nr 42)