Zamość wymieniany był jako jedna z ich stacji misyjnych. W 1608 nawrócili kilku protestantów. W 1633 w testamencie Tomasz Zamoyski zapisał aż 70 tys. zł na prowadzenie przez jezuitów misyjnej akcji na włościach, aby tylko nie otwierali konkurencyjnego dla Akademii Zamojskiej kolegium.
Na przełomie XVII/XVIII w. przebywali na dworze Michała i Tomasza Józefa Zamoyskich, Anny Zamoyskiej, ich spowiednikami i kapelanami byli o.o. Hieronim Etruin, Jan Krakowiecki, Jan Delamars  (zm. 1708 w Zamościu) chętnie oddawali się też pracy duszpasterskiej w Kolegiacie. Delamars, kandydat na stałego kaznodzieję kolegiackiego, spowiednik Anny zniechęcony przez Kapitułę przeniósł się z posługą do kościoła ormiańskiego. W Zamościu Etruin wydał 400-stronicową książkę do nabożeństwa (zm. tu również), a Paweł Giżycki (architekt) wykonał zamówienie (1726).
Na cmentarzu leży jezuita Ignacy Nipocki (zm. 1914 w szpitalu epidemicznym), a w l. 30. uczył w gimnazjum Feliks Bytomski.