Wojnę (Zagłada) przetrwało ok. 30 Żydów. Powróciło też ponad 250 Żydów z ZSRR. 28 IX 1944 na zebraniu Żydów zamieszkałych w Zamościu przewodniczącym Komitetu Pomocy Żydom w Zamościu wybrano Moszko Pelca. Powstał też w Zamościu Żydowski Komitet (Rynek Wielki 8, później w narożnej kamienicy przy ul. Bazyliańskiej i Zamenhofa), z którego inicjatywy 19 II 1945 powołano Żydowskie Zrzeszenie Religijne. Na czele obu stanął Eljasz Epsztajn (w 11-osobowym zarządzie był też Mordko Mandelbaum, od XI 1944 rabin zamojski). Nie istniała gmina.
W 1945 w Rynku Wielkim pobito grupę Żydów, sprawcy wykrzykiwali, że wszystkich należy wygnać, zamordować, bo wysługiwali się Sowietom (pobitym był przew. Komitetu Żydowskiego, który przeżył zamojskie getto), kilkakrotnie pobili ich batami dorożkarze, sprawców aresztowano. W I 1949 ekshumowano ze zidentyfikowanych mogił  96 Żydów i urządzono im pogrzeby.
W V 1945 wg Centralnego Komitet Żydów w Polsce było w mieście 224 Żydów (w tym 25 dzieci), w VIII 1946 - 152 (w tym 62 kobiety). Większość z nich w następnych latach wyjechało z kraju. W VI 1948 urzędowo odnotowało 8 Żydów - nie stałych mieszkańców miasta, w 1952 - 3. W 1963 narodowość żydowską władze przypisały 11 osobom.
Do Zamościa wrócił i zmarł tutaj Eljasz Epsztajn, obok niego (skład apteczny) sklep otworzył jeszcze tylko Frejdełe Fink (żelazo). Po wojnie mieszał tu niejaki Habuś v. Abuś Zylbering (Rynek Wielki 8, potem ul. Ormiańska 8) poświadczający imieniem Żydów z poza Zamościa akty notarialne nieruchomości (jeszcze w 1957), grzebienie produkował Zycer i Szpindel, w 1947 skup jaj przy ul. Ormiańskiej miał Mordko Zylbering z Grodzkiej 4, biuro pisania podań przy ul. Moranda 2 Mojżesz Feldman, a w sklepiku Malinowskiej pracowała niejako "Marysia", handlowało też kilka Żydówek na targu. Ostatnim znanym w Zamościu Żydem był szklarz Adam Feldman. Wróciło po wojnie kilku pod zmienionymi nazwiskami, dzielnicowy z Nowego Miasta,  był szatniarz z Centralki (Efroim Fitelberger), ostatnio portier w starym szpitalu. Zmarły mieszkające na  Plantach w 1970 Hana Blausztejn a w 1983 Krystyna Bronicka. Współcześnie mieszkał m.in. członek gminy wyznaniowej w Krakowie i prawdopodobnie ok. 10 osób pochodzenia żydowskiego. Kilku wróciło po wojnie pod zmienionymi nazwiskami, paru pracowało w MO.
Wielu zamojskich Żydów osiadło na Dolnym Śląsku, w Szczecinie, Łodzi. W 1948 istniało Koło Zamościan - mieszkających tu przed 1939 Żydów. W 1950 na terenie nieistniejącego cmentarza powstał pomnik poświęcony martyrologii Żydów zamojskich, a na terenie szkoły rolniczej tablica (Tablice, płyty...). W 1945 w Tel-Awiw powstała Organizacja Żydów Zamojskich. W 1957 ukazała się w języku hebrajskim monumentalna księga pamięci Żydów z Zamościa (Pinkas Zamosc).
Pod koniec. l. 90. miasto oddało synagogę oraz zapłaciło 900 tys. za mykwę, synagogę przy Reja i gimnazjum przy Żdanowskiej.
Coraz częściej odwiedza Zamość młodzież z Izraela (2000 - 26 grup), w 2008 i 2009 ok. 300 młodych Izraelczyków gościło w I LO. W 2005 do Zamościa przybyło ok. 2 tys. Żydów. Zamość promował m.in. mieszkający w przeszłości przy ul. Ormiańskiej filmowiec Yoram Golan. Był tu m.in. szef policji izraelskiej Shlomo Aharoniskhy, którego rodzina mieszkała również przy ul. Ormiańskiej. W 2011 powstał film dokumentalny o zamojskich Żydach Tam kiedyś był mój dom. W 2016 zamojskie Archiwum odwiedziła żona premiera Izraela.
W 2001 w jednym z rozbieranych domów na Nowym Mieście odnaleziono tarczę na pokrowiec z Torą (1761). W 2007 odbył się "Wieczór kultury żydowskiej" z udziałem rabina z USA. Też osobne hasła Żydowskie szkoły, Żydowscy pisarze, artyści, uczeni. 3 VII 2014 odbyła się w synagodze pierwsza od przeszło 70 lat uroczystość religijna - bar micwa 13-letniego Jake Wisnika z Nowego jorku (dziadek Abram Szlak mieszkał przy ul. Ogrodowej w Zamościu).


 * 19 II 1945 na walnym zgromadzeniu Żydowskiego Zrzeszenia Religijnego przewodniczącym został Eljasz Epsztajn, wiceprzew. Natan Rajch, skarbnik Lejba Edelsztajn, czł. Jankiel Grynszpan, Szloma Gotlieb, Dawid Lewin, Icek Sztybel, Froim Zycer, Mojżesz Fiszel, Szymon Bajczman oraz rabin Mordko Mandelbaum, komisja rewizyjna: Srul Dolcher, Dawid Rok, Norbert Kligiel.
 * Najbardziej niezwykłe spotkanie miałam w Zamościu, w wielkiej renesansowej synagodze. Zapadł zmrok wnętrze oświetlały migocące świece. Było zimno, było uroczyście. Czułam ciężar i siłę żydowskiej obecności w tym gmachu. W podobnych się modlili przodkowie mojej mamy. Stali teraz za mną. Mówiłam o nich i do nich. Ja córka żydowskiej matki i polskiego ojca, w żydowskiej bóżnicy, przed polska publicznością, która przyszła do tego miejsca dobrowolnie na spotkanie ze mną. Na sali byli młodzi i starsi, chłop z pobliskiej wsi pamiętający żydowskich sąsiadów przed wojną. Wasze ulice, nasze kamienice, mówili – przypomniał. I on siedział i słuchał, i był przyjazny. Przyszli uczniowie i ich nauczyciele. Znalazł się też Izraelczyk ze swoją dziewczyną, która właśnie odkryła w rodzinnym milczeniu żydowskie ślady. I kiedy pewien dziennikarz z lokalnej gazety zakwestionował istnienie antysemityzmu w Polsce, sala spontanicznie ruszyła do walki. Usłyszałam zdania, jakich nie spodziewałam się usłyszeć w niewielkim miasteczku na Lubelszczyźnie. O tym, że ich antysemityzm boli, że wstydzą się czasami własnej polskości, kiedy zdarza im się konfrontacja z agresywną antyżydowską wypowiedzią. Niedaleko zamojskiej synagogi stoi dom Bolesława Leśmiana. Musiał nas słyszeć. (Agata Tuszyńska, 2006).