Pod władzą cara znalazł się Zamość w 1813 - Oblężenie 1813 i pozostawał w zaborze rosyjskim przez niespełna 102 lata, wyłączając powstanie 1831 i kilkanaście dni w 1914. Był to najgorszy czas w dziejach miasta. Dzielił się na dwa mniej więcej równe okresy - do i po kasacie twierdzy (1866).
W pierwszym półwieczu ograniczenia spowodowane wojskowymi przepisami całkowicie zahamowały rozwój miasta. Jeśli w 1809 Zamość prawie nie ustępował Lublinowi (7 tys., a Zamość 6,5 tys. ludności), to w 1865 Zamość miał nawet nieco mniej ludności, a Lublin był już 3-krotnie większy (21 tys.)! Pod bokiem silnego garnizonu również później nie znalazło miasto silniejszych bodźców rozwoju. Wojsko było mniej kreatywnym jego czynnikiem niż np. aparat urzędniczy, a zwłaszcza kolej. Zdystansowany został więc również przez Chełm (m.in. siedziba biskupstwa i guberni). Z końcem wieku rząd umieścił tu jednak 2 duże zakłady przemysłowe (klinkiernia i "monopol"). Nie zdążył spełnić swej rusyfikacyjnej roli akt wyłączenia Zamościa z Królestwa Polskiego (w ramach guberni chełmskiej, 1912). W gronie Rosjan byli np. uczący w progimnazjum znani rusofil ks. Marceli Delikat i z sympatią wspominany Iwan Pietrow. Pod koniec l. 80. komisarzem powiatowym w Zamościu był radca dworu, książe Trubieckoj w 1886-87 wielokrotnie nocował w lubelskiej "Victorii").
Zamość znalazł miejsce w historii powstania listopadowego. Już po jego zakończeniu lekarz wojskowy Tomasz Krauze za zawiązanie z innym oficerem w twierdzy Klubu Patriotycznego został usunięty ze służby i ułaskawiony dopiero w 1838. Fakty oporu antyrosyjskiego odnotowano w powstaniu styczniowym. Są też ślady działalności spiskowej braci Czernerów (koniec l. 60. XIX w.). Na przełomie XIX i XX w. w mieszkaniu wikariusza kolegiackiego ks. Aleksandra Fijałkowskiego znajdował ważny punkt przerzutowy tajnej bibuły niepodległościowej ze Lwowa, w walizach do Warszawy na całą Polskę.
W 1902 uczniowie progimnazjum jako pierwsi w zaborze zaprotestowali przeciw nauce religii po rosyjsku - Strajki szkolne.
Wydarzenia rewolucyjne w Rosji z 1905 znalazły oddźwięk w Zamościu, który należał do silniejszych na Lubelszczyźnie ognisk wystąpień antycarskich - Antycarskie wystąpienia 1905-1907. Na podniesienie nastrojów patriotycznych miała wpływ wizytacja biskupa Fr. Jaczewskiego (V 1905). Zorganizowano 21 X 1905 pierwszą od dziejach miasta manifestację (Demonstracje...), a jej uczestnicy wyznawali również odległe od rewolucyjnych, a także niemożliwe dotąd do wyrażania - poglądy narodowo-niepodległościowe. Po tym okresie przyzwolono na organizowania polskich stowarzyszeń (PMS, kasy zapomogowo-pożyczkowe). 15 VII 1910 w rocznicę grunwaldzką skromną mszę odprawił inf. Władysław Szymoński, odśpiewano Te Deum. W 1912 Władysław Godziszewski założył w gimnazjum tajne kółko samokształceniowe "Promieniści".
Do dramatycznych zdarzeń doszło w ostatnich tygodniach zaboru. W odwecie za zastrzelenie jadącego dorożką oficera rosyjskiego Rosjanie zgarnęli kilkunastu mężczyzn i 25 VII 1914 rozstrzelali za miastem. Wraz z wybuchem wojny, 2 VIII 1914 wrócił z letnich manewrów stacjonujący tu pułk. 21 VIII z rana nie było już władz, poczty, kasy, w popłochu opuszczone zostały mieszkania rosyjskie. Z końcem miesiąca Zamość znalazł się w centrum działań wojennych - Bitwa pod Zamościem.
Rosjanie powrócili 8 IX, stanęła znowu dywizja kozacka, a w ramach represji dokonali egzekucji Żydów w 1914. 29 VI 1915 Zamość ostatecznie opuściły wojska rosyjskie wraz z ostatnim burmistrzem Szajnowiczem, aktami miejskimi (do Kazania), ewakuowano też gimnazja (Kijów i Bardiańsk), przestała działać poczta, transport, doszło do wypadków wandalizmu, okradania sklepów, ludność przystąpiła do rabowania m.in. spirytusu. Za dziennikami austriackimi podawano jakoby wojska rosyjskie doszczętnie zniszczyły Zamosć (zburzenie Zamościa), a wszystkich mężczyzn uprowadzono!  Okupacja austriacka 1915-18.

 !!! Wg rosyjskiego czasopisma  (1883) Zamość do 1245 (!!!) był jednym z pogranicznych miast ruskich, został spolonizowany przez Iwana Zamoyskiego i w czasie zaboru odzyskał swój czysto ruski charakter.
 * Ze wspomnień Jana Szczepańskiego (1925) - Bibuła ze Lwowa dostawała się do Zamościa, gdzie przechowywał ją w swym lokalu ks. Aleksander Fijałkowski, od którego zabieraliśmy transporty w walizach do Warszawy (…). Pewnego dnia ks. Fijałkowski daje znać, że bibuła oczekuje zabrania. Biorę dwie puste walizy i jadę. Od najbliższej stacji kolejowej do Zamościa 9 mil jazdy dyliżansem pocztowym. Przez całą noc kiwam się, obijając głową swoich  współtowarzyszów podróży i twardą ścianę karetki. Około południa jestem w Zamościu. Zacny księżyk serdecznie gości, a potem ładuje mi parę tysięcy „Polaka”, całą masę odezw, broszur, książeczek, słowem całą najstraszliwszą antypaństwową bibliotekę, życzy szczęśliwej podróży i wyprawia znów na noc dyliżansem pocztowym. Walizy są tak ciężkie, zwłaszcza większa, że doprawdy trudno unieść. Pocztyljon i stróż pocztowy ładują walizy na dach, a ja  tymczasem zawieram już przy wsiadaniu ogromnie miłą znajomość z młodą „popadią”. Prócz więcej amatorów do jazdy nie ma.
 * Biskupa Jaczewskiego wjeżdżającego do Zamościa witała konna eskorta włościańska z górą 1000 jeźdźców, robiących wrażenie hufca średniowiecznego. Witał go Maurycy Zamoyski i włościanin Łazorczyk, baldachim nieśli inż Zborowski, Świdziński, Kabas i Łazorczyk. Na dzień przed wizytą żeby zniechęcić mieszkańców rozpuszczono wiadomość o ładunku wybuchowym, który miał eksplodować w czasie wjazdu biskupa. Bomba nie wybuchła.
 * 5 minut przed rozpoczęciem koncertu Namysłowiaków w Zamościu, na który uzyskano pozwolenie wszystkich szczebli drabiny biurokratycznej rosyjskiej, zjawia się nagle w sali teatralnej komisarz policyi z pomocnikami rozmaitym i rozkazuje Namysłowczykom zdjąć szaraczki włościańskie, a przybrać „formę europejską". Na perswazje dyrektora, wobec czekającej na rozpoczęcie koncertu publiczności powiada komisarz, iż żadną miarą nie pozwoli na ukazanie się orkiestry na scenie i żąda, by grano w parkiecie, w wązkim miejscu, przeznaczonem dla operetkowej orkiestry. Po długich targach wobec przywykłej do podobnych niespodzianek polskiej publiczności zgodził się komisarz na to, iż publiczność opróżniła balkon I. p., na którym usadowiła się orkiestra Namysłowskiego. I zasiedli na balkonie wśród lóż lubelscy chłopcy, urżnęli oberka, aż trzaski z podłogi leciały i iskry prosto w oczy ogłupiałego przedstawiciela programu istinno-rosyjskiej polityki - walki z wrogiem wewnętrznym. (za "Gazetą Wieczorną" z 1911) 
 * Egzekucję z 25 VII 1914 wspomina za przekazem rodzinnym Maria Meysztowicz - Do jadącego dorożką oficera rosyjskiego ktoś strzelił. W odwecie Rosjanie "zgarnęli" z ulicy kilkunastu mężczyzn, wyprowadzili za miasto i rozstrzelali. W rodzinie mówiło się, że świadkiem tego mordu był mój ojciec, wówczas 10-letni chłopiec, który szedł ze swoim ojcem do miasta i wrócił do domu z wiadomością, "że tatusia zabili". Dziadek pochowany został na cmentarzu, treść tabliczki "Józef Stanko, żył l. 66, został zamordowany przez Rosjan 25 VII 1914. W tej egzekucji zginął, przypuszczam, Stanisław Gibulski.
* Po powrocie Rosjanie zorganizowali w Zamościu manifestację podczas, której profesor gimnazjum rządowego Wasylenko podniósł waleczność wojsk rosyjskich.