Szkoła prywatna, powstała decyzją ministerstwa z 13 VIII 1997 z przekształcenia czynnej od X 1996 filii Wyższej Szkoły Informatyki i Zarządzania w Rzeszowie (571 studentów), która jest jej głównym udziałowcem. Pierwszy rok zainaugurowano 6 XII 1997. Studia są płatne 3-letnie licencjackie i od 26 II 2000 magisterskie (fizjoterapia). Miała początkowo strukturę 1-wydziałową (zarządzania i administracji) z 3 katedrami: nauk prawnych, nauk ekonomicznych oraz informatyki i inżynierii wiedzy. później także Wydział Fizjoterapii i Pedagogiki. W 2010 wydział fizjoterapii jako jedyny z uczelni niepaństwowych na Lubelszczyźnie otrzymał kategorię naukową (w kraju tylko 28 uczelni niepublicznych). W 2013 były 3 kierunki: finanse i rachunkowość, fizjoterapia oraz informatyka. W 2016 rozpoczęto studia tylko na dwu kierunkach - fizjoterapii i administracji.
W 1997/98 na I rok przyjęto 478 osób na ekonomię (3 specjalności), 144 na informatykę i ekonometrię (2 specjalności) oraz 393 na administrację - zaoczne kierunki, a w trybie dziennym 141 na ekonomię i łącznie studiowało 1650 osób (1/3 z Zamościa). Na 1998/99 przyjęto 1879 osoby, 1999/2000 - 1582 (248 na dzienne) i łącznie indeksy miało 4300 studentów (ok. 600 dziennych), z których 80% to kobiety. W 2004 ponad 450 osób studiowało fizjoterapię. W 2002/2003 studiowało 2700 osób, w tym 495 na dziennych, 2003/2004 - 3600, 2009/10 - 2600 (dodatkowo 700 na podyplomowych), 2010/11 - ok. 3500, w tym ponad 800 nowych. W 2010 studiowało ok. 200 studentów z Ukrainy, następnego 120. Pierwsza studentka stamtąd ukończyła studia w 2007 (w 2009 student z Kenii). W 2012 przyjęto prawie 500 (razem 2500), ok. 100 z zagranicy, w 2013 - 350. W 2000/2001 było 154 nauczycieli akademickich, w tym 11 prof. tytularnych i 16 dr hab. z wielu renomowanych uczelni (m.in. SGH, UJ, KUL).
W 1999 szkołę opuścili pierwsi absolwenci zaoczni (255 w wieku 21-46 lat), Do 2000 studia licencjackie ukończyło blisko 1300 osób, a do 2010 - 9,5 tys. absolwentów. Pierwszym w historii mgr fizjoterapii została 1 VII 2006 Iwona Ćwiek z Nałęczowa (obroniło prace 65 osób), jednocześnie pierwszy magister zamojskiej uczelni w dziejach miasta. Prowadzone są też studia podyplomowe (do 750 osób), wykłady otwarte, a od 1999 wydawane są " Zamojskie Studia i Materiały" (red. naczelny był prof. Władysław Ćwik), w ciągu 5 lat ok. 60 publikacji.
Od 5 VI 2002 posiada certyfikat ISO 9001 w zakresie studiów zawodowych i podyplomowych oraz prowadzenia badań naukowych (jedyna niepaństwowa). Od 2000 przy szkole Regionalne Centrum Informacji Europejskiej (33 w kraju). Szkoła realizuje misję na rzecz rozwoju regionu, angażuje się przedsięwzięcia kulturalne (np. "Sacrofilm"), patronuje Uniwersytetowi Trzeciego Wieku. Od 19 V 1999 władze uczelni mieszczą się w nowej siedzibie (d. Seminarium, ul. Akademicka 4), szkoła posiada pawilon dydaktyczny (ul. Szczebrzeska 102) i od 26 X 2000 gmach z 13 salami (ul. Sienkiewicza - d. elektrownia), z rozbud. w 2002 skrzydłem północnym, od 2004 Centrum Praktyk Studenckich. 22 VI 2007 otwarto przy Szpitalu Niepublicznym Akademickie Centrum Rehabilitacji dla kierunku fizjoterapia, (ćwiczenia, praktyki, dział. naukowo-badawcza, usługi).
Rektorzy: 1997-98 Stefan Pastuszka (b. sekretarz stanu MEN), 1998-2003 Ryszard Orłowski, 2003-2013 Jan Andreasik, 2013-2015 Krzysztof Pancerz, 2015-2019 Stanisław Wieczorek, od 2019 Rafał Sapuła. Podobnie jak i godność rektora, w osobie dr Andreasika wrócił również do Zamościa po przeszło dwu wiekach urząd kanclerza, kolejnym 2003-2005 Janusz Różycki, 2005-2008 Bogusław Klimczuk, 2008-2013 Andrzej Łygas, od 2013 Elżbieta Antończak.


 * WSZiA w rankingach - "Wprost" wśród szkół prywatnych niebiznesowych w 2001-2012 - 36, 33, 37, 40, 41, 40, 43, - , - , 31, 20, 9 m;
 - "Perspektyw" i "Rzeczpospolitej" wśród magisterskich niepublicznych w 2001-2009 - 88, 67, 11 (tylko licencjackie), b.d., 53, 41, 40, 37, 62 m. (najwyżej oceniono kontakt z lokalnym środowiskiem i system wspierania absolwentów), 2012 - 47;
 - "Home&Market" najlepszych pryw. uczelni biznesu w rankingu głównym w 2002 - IX, 2007 - XVII, 2008 - XVII m., tylko  z licencjatem 2006 - I, 2007 - III, 2008 - I m.; H&M przyznała w 2007 Szkole, jako jedynej w skali kraju uczelni wyższej statuetkę "najlepszy Partner w biznesie"; 
 - "Polityki" wśród wydziałów ekonomicznych w 2003 - 56 m. (niepaństwowe - 12).
 * Pierwszymi Medalami Scholae Amicis wyróżniono w 1999 następujące osoby - Ojciec Święty Jan Paweł II, Marek Ciastoch, Marek Grzelaczyk, Prof. dr hab. Stefan Pastuszka,
Prof. dr hab. Tadeusz Pomianek, Mgr inż. Urszula Pomianek, Dr Edward Przychodaj prof. WSZiA, Ks. Bp prof. dr hab. Jan Śrutwa, Dr Stanisław Wieczorek prof. WSZiA, w 2000-2004 kolejnych 14 wyróżnień (m.in. ks. bp Mariusz Leszczyński i lek. med. Andrzej Mielcarek)
 * W 2016 dr Rafał Sapuła kierujący Kliniką Rehabilitacji WSZiA został wiceprezesem Pol. Towarzystwa Rehabilitacji.