Wśród blisko pół tysiąca roślin naczyniowych (osobne hasło: Flora) na terenie Zamościa stwierdzono 9 gatunków rzadkich. 
W kilku sztukach wystąpiły:
 - babka piaskowa (rodzima, letnia, środowisko piaszczyste) o rozgałęzionej, szorstko owłosionej łodydze, wąskich liściach z gęstymi kłosami w ich kątach i brunatnobiaławymi koronami (15-30 cm), lecznicza;
 - dziurawiec czteroboczny (rodzimy, letni, środ. łąkowe i leśne) o nieco rozgałęzionej górą łodydze i rzadkich złocistożółtych, kropkowanych kwiatach (30-50 cm), leczniczy;
 - rzepnik wonny (rodzimy, letni, środ. leśne - świetliste) o owłosionej łodydze, przerywano pierzastych listkach, żółtych dzwonkowatych kwiatach w kłosowatych gronach (40-120 cm), leczniczy;
 - lulecznica kraińska (obca, wiosenna, środow. leśne) o nagiej łodydze, podłużnych, dużych liściach, zwisłych brunatnolśniących, wewnątrz oliwkowozielonych kwiatach (20-50 cm), trująca;
w kilkudziesięciu sztukach: 
 - barwinek pospolity (rodzimy, wczesnowiosenny, środ. leśne) krzewinka o pełzających łodygach, skórzasto połyskujących liściach i jasnoniebieskich kwiatach (ok. 20 cm), lecznicy, trujący;
 - ożędka groniasta (zadomowiona, wczesnoletnia, środ. polne - zbożowy chwast) o łodydze szarawej, gałęzistej, szorstko owłosionej, lancetowatych liściach i bardzo drobnych złocistożółtych kwiatach (25-40 cm); 
 - zamokrzyca ryżowa (rodzima, późnoletnia, środ. nadwodne) - trawa o jednokwiatowym kłosie i pogiętej wężykowato, żółtozielonej wiesze (ponad 1 m);
na powierzchni łącznej ok. 1 ara:
 - miłek letni zw. zajęczym maczkiem (zadomowiony, wczesnoletni, środ. gliniaste i wapienne) o pojedynczych łodygach, pierzastodzielnych liściach i ceglasto-czerwonych kwiatach (10-25 cm), leczniczy, trujący;
 - groszek bulwiasty (zadomowiony, letni, środ. polne, zarośla - suche) o bulwiastych (bulwy jadalne) korzeniach, sinawej nagiej łodydze i różowych lub purpurowych drobnych kwiatach (40-70 cm), wonny.
W Zamościu rośnie bardzo rzadki w Polsce (9 stanowisk) jesion wyniosły odmiany jednolistnej (39 szt., z tego połowę przy szkole nr 7). Przy stacji kolejowej rosła w l. 60. Tsabra - opuncja figowa.