Relikwie patrona miasta i kolegiaty znajdują się w Zamościu od  1581 dzięki kardynałowi Possevino, innym razem dowiadujemy się, że sprowadzona została przez Jana Zamoyskiego w 1589 (podarował ją papież Sykstus V). Zaliczane są do relikwii pierwszego rzędu - fragmencik kości (nie ustalono jaki), w dwu jubilerskich medalionach z karteczkami inskrypcyjnymi i  lakowymi pieczęciami.
Znajdują się w kulistej puszce z kryształu górskiego, w złotej oprawie ufundowanego po 1618 przez Tomasza Zamoyskiego. Opasana płaską taśmą z inskrypcją  PAN MOY BOG MOY (słowa św. Tomasza, Ewangelia), zwieńczona figurką Dzieciątka Jezus w typie "Salvator Mundi". Z kryształu także gruszkowaty nodus, a złota stopa z ornamentem roślinnym, dekorowana rubinami.
We wcześniejszym relikwiarzu znalazły się relikwie apostołów Piotra i Jakuba. Ob. w „Skarbcu”.