Pierwsze relikwie pochodziły z 1581, od Possevina. Katedra posiada relikwię patrona św. Tomasza, zaliczaną do relikwii pierwszego rzędu - fragmencik kości (nie ustalono jaki), sprowadzoną w 1589 przez Jana Zamoyskiego (podarował papież Sykstus V). Zaraz potem Jan Zamoyski sprowadził do fundowanej świątyni rąbek szaty Najświętszej Maryi Panny. Obie przechowywane w cennych relikwiarzach z kryształu górskiego (Muzeum Sakralne Kolegiaty Zamojskiej). Po przeniesieniu relikwii św. Tomasza z kulistej szklanej puszki do ufundowanego przez Tomasza Zamoyskiego pacyfikału, w dotychczasowym znalazły się relikwie apostołów Piotra i Jakuba.
Początkowo relikwie przechowywano w pałacu ordynackim, w 1622 przeniesiono 71 relikwii do Kolegiaty (Kaplica Relikwii p.w. Marii Magdaleny). W 1817 notowano 81 relikwii, wśród których znajdowało się: Drzewo Krzyża Św. - o autentyczności zaświadczała watykańska pieczęć, oprawny w kryształ, złoto i rubiny cierń z Korony Chrystusa. Wśród relikwii świętych były relikwie: Piotra Ap. z okruszkami kolumny przy której był biczowany (pacyfikał 34,5 cm, srebr. pozłacany, ornamentyka regencyjna, ok. 1740, autor Nawarra).
Kolejni święci, których relikwie były w Kolegiacie (w nawiasie oznaczono późniejszy ich brak) to: Alan (b), Barnaba - wątpliwe (b), Bartłomiej, Beatrici (b), Celestyn (b), Donat (b), Euzebia, Felicjan, Filip - wątpliwe, Fortunat (b), Franciszek (fragment jego włosiennicy wymieniano w 1765), Gaucjoli (b), Gaudenty (b), Jan Kanty, Jan Nepomucen, Jan z Dukli, Jakub (b), Hiacynt, Józef z Kopertynu, Jukundyn (b), Just, Justyn, Kajetan, Karol Boromeusz, Kazimierz, Klemens, Konkordia (b), Konstanty (b), Leontyn (b), Łucja, Łukasz, Maciej, Małgorzata, Marceli (b), Modest, Pius Męczennik (b), Polikaj (b), Princycjan (b), Prudencjan, Prysyliat (b), Respiniusz (b), Restitut (b), Saturnin, Symplicjusz (b), Teresa, Tekla, Walenty, Wincenty, Witalis.
Dwa relikwiarze związane z Męką Pańską (Drzewo Krzyża i Cierń z Korony) fundował w 1738 infułat Jakub Arakiełowicz. Był niegdyś pacyfikał (ok. 1749, autor Nawarra) z relikwiami św. Tomasza i Teresy. W kaplicy Bractwa Różańcowego, był ofiarowany przez Gryzeldę Wiśniowiecką wielki relikwiarz, u którego we środku biskup jakiś święty.
B. Rudomicz wspomina tradycyjnie uroczyste procesje ku czci relikwii Krzyża św., kolca korony cierniowej, welonu NMP z zamku do kolegiaty, a następnie także z innymi relikwiami dookoła kościoła (1662). 4 X 1703 sprowadzono z Krakowa z wielkimi ceremoniami szczątki św. Jana Kantego, umieszczone w okazałym, szkatułowym relikwiarzu, dziele złotników krakowskich - teraz przyjmuje się - dzieło złotnika zamojskiego Wentona z ok. 1710 (ob. w Muzeum Sakralnym). W Kaplicy Akademickiej, obok umieszczono wówczas także relikwie św. św. Gracjana, Germana, Gelazego i Milariusza (skrzynkę na nie wykonał złotnik Wenton). 
Od 1715 obchodzono doroczną uroczystość Relikwii, przez sobotę i niedzielę wystawiając je w ołtarzu głównym i obnosząc w procesji. Wiele z nich uległo rozproszeniu, zostało zrabowane dla kosztownych relikwiarzy. Najcenniejsze przechowywane są w muzeum. Obecnie zwraca uwagę okuta blachą, zwieńczona figurką putta, barokowa trumienka z relikwią św. Konkordii. oraz rokokowy, szkatułowy relikwiarz św. Tekli (ok. 1760). Z 1 poł. XVIII w. pochodzą 3 złocone relikwiarze puszkowe.
Współcześnie w kaplicy złożonych było 28 relikwiarzy, w większości prostych drewnianych, przeważnie niezidentyfikowanych, po konserwacji ołtarza tylko 14 bezstylowych, w odnowionych pokrytych tkaniną relikwiarzach. W muzeum zachował się szkatułkowy multirelikwiarz Michała Korybuta Wiśniowieckiego (średn. 5,5 cm, grub. 2 cm) z poł. XVII w. ze sproszkowanymi szczątkami świętych i karteczkami z ich imionami. Też Relikwie w kościołach


 * W testamencie z 1601 Jan Zamoyski nakazał aby dla relikwii św. Tomasza i Matki Bożej powstał wspólny relikwiarz w kształcie krzyża szczerozłotego na którego jednej stronie żeby były relikwie św. Tomasza, a z drugiej de peplo (z sukni) Beatae Mariae Virginis, które mi od ojca św. posłane są (...) Z kryształu prawdziwego przezroczystego dać urobić w tym krzyżu szybki na obie stronie, za którymi mogą być te relikwie.
 * W 1637 w kaplicy Różańcowej znajdowały się relikwie następujących świętych - Klemat, Meralli, Helipolis i Justina
 * Wg dr Sawy "Pan Wenton" (właściciel dwóch kamienic) wykonał srebrną skrzynkę na relikwie Jana Kantego, za którą zapłaciła Akademia 699,12 flor. 11 lat później wprawiona został szyba do tegoż relikwiarza, a w 1721 wymagała naprawy postać srebrnego anioła. Dla pełnego bezpieczeństwa skrzynka otrzymała (1730) zamek i kluczyk.".