Otwarte 1 IX 1867 w d. Akademii, jako 4-klasowe grekounickie progimnazjum klasyczne (niskie gimnazjum ruskie) męskie (90 uczniów), dla wychowania młodzieży ruskiej w duchu jej narodowej religii. przyjechał kurator warszawski gubernator lubelski. Następnego roku w czerwcu 6 uczniów otrzymało atestaty. Od 1873/4 była klasa wstępna, w 1897 - 180 uczniów. Liczba uczniów dochodziła do 240 (1900), najwięcej było wśród nich synów szlachty, urzędników i wojskowych 36%, mieszczan 32%, mieszkańców wsi 22%; wg wyznań: rzymskokatolicy 57%, prawosł. 30% i Żydzi 11%. Przyjmowano w wieku od 10 do 14 lat. Wśród 10 przedmiotów uczono aż 5 języków (ros., łacina, greka, niemiecki, francuski). W 1905 biblioteka liczyła ok. 6 tys. tomów. Był w internat (w gmachu Akademii). Od 1910/11 gimnazjum (5 klas - 295 uczniów).
Mimo ostrej rusyfikacji, uczniowie 30 I 1902, jako pierwsi w zaborze zaprotestowali przeciw nauce religii po rosyjsku zaprzestając uczęszczać na religię - jak wspomina uczeń IV kl.  Tomasz Czernicki byłem jednym z prowodyrów walki o wykład religii w j. polskim, własnoręcznie zniszczyłem podręczniki uczni III i IV klasy, w imieniu młodzieży wystąpiłem przed księdzem Marcelim Delikatem, aby zaprzestał religii w języku rosyjskim (do protestu dołączyły inne miasta, a Liga Narodów wskazywała na podobieństwo do głośnych wypadków we Wrześni z 1901). Długi bojkot zakończył się pierwszym w dziejach zaboru ustępstwem rządu rosyjskiego. Szkoła była ośrodkiem agitacji patriotycznej, uczestniczyła w strajku szkolnym w 1905 (27 I w internacie zniszczono portret carski, sprawców złapano i wydalono ze szkoły) i wielkiej manifestacji antyrosyjskiej. Od 1912 działało kółko samokształceniowe "Promieniści". W 1915 szkołę ewakuowano do Kijowa. Kierowało nią aż 14 inspektorów, z sympatią wspominano tylko Iwana Pietrowa (1896-1905), który za przyzwoitość musiał opuścić szkołę. Inną osobowością szkolną był wybitny matematyk i mistyk religijny Aleksander Epifanow.
Do szkoły uczęszczał m.in. prezydent RP Ignacy Mościcki (stał na stancji w domu, gdzie jest "Jutrzenka" - ob. hotel "Renesans"), który musiał stąd uchodzić za pracę w ruchu niepodległościowym, oraz premier RP w XII 1919 - VI 1920 Leopold Skulski , ponadto Kazimierz Jacynik (zm. po 1938) - generał, w wojsku rosyjskim w wyprawie na Kretę, Ludwik Liciński (1874-1908) - poeta i prozaik "młodopolski", etnograf, Bolesław Koskowski (1870-1946) - senator i publicysta, Andrzej Chrzanowski (1884-1950) - znany polski entomolog, Jan Załuska - pułkownik WP, ks. Stanisław Mysakowski społecznik i męczennik, Karol i Stanisław Namysłowscy, Stefan Pomarański, Józef Dąbrowski (osobne hasła).


 * W 1888-1912 z gimnazjum zamojskiego wywodziło się 15 księży seminarium lubelskiego (z lubelskiego 26, warszawskiego 17 i siedleckiego 14)