Odkryte w 2022 w dwu pomieszczeniach parteru stały się największą atrakcją odrestaurowanego zabytkowego gmachu Akademii. Pochodzą z 1 poł. XVIII w. Przypisywane są Janowi Siarczyńskiemu, chociaż wg  specjalistów nie są tego samego autora.    
Sala św. Jana Kantego (skrzydło zachodnie, parter, po prawej stronie – pierwotnie przed powstaniem malowideł kaplica, d. czytelnia licealna). W trakcie prac konserwatorskich (2022- 2024) na sklepieniu zidentyfikowano 11 z 15 scen z życia św. Jana Kantego (kolejność wg fot. sklepienia w galerii)
A -  Gloryfikacja św. Jana Kantego na obłoku (cz. zniszczone).
1 - Objawienie JK klęczącemu chłopu z koniem i krową, które miał uwolnić w zamian za uzdrowienie.
2 - nieczytelna.
3 - JK w todze profesorskiej, w trakcie posiłku, w drzwiach ubogi, któremu oddał posiłek, a anioł przyniósł pełny talerz.
4 - JK klęczący przed MB z wieńcem laurowym.
5 - nieczytelna.
 6 - JK w todze, przed nim klęcząca kobieta z rozbitym dzbanem, który cudownie skleił i napełnił mlekiem.
7 - JK na łożu śmierci, w otoczeniu 4 osób, także demon w postaci jaskółki.
8 - widoczna tylko część togi profesorskiej.
9 - JK z krzyżem i pożar ul. św. Anny w Krakowie, który stłumił łzami i modlitwą.
10 - JK w todzie (widoczna górna część), błogosławiący.
11 - JK prowadzi dysputę wysłuchiwaną przez 5 osób (2 w togach).
12 - nieczytelna.
13 - zniszczona (tylko fragment twarzy i architektury (jałmużna?).
14 - MB zwraca JK płaszcz, którym okrył biednego.
15 - zniszczona (klęcząca postać z wąsami i duchowny - scena przebaczenia oprawcom?).
Poszczególne sceny  w dekoracyjnych kartuszach podtrzymywanych przez figury aniołów.
Kaplica z różnymi historiami kościelnymi. malowidła wysokiej klasy - precyzja rysunku, niezwykła znajomość perspektywy, umiejętność iluzjonistycznego malowania.
Sklepienie (trzy przęsła) z iluzjonistycznie malowaną architekturą, tj. okalającą balustradą spoczywającą na dzielących salę filarach, z pełnoplastycznym gzymsem i lekko wysuniętymi pilastrami oraz gazonami z różami.
- przęsło pierwsze - 9 apostołów (w ożywieniu, wznoszą głowy i ręce),
- przęsło środkowe - Wniebowzięcie MB (unoszona na obłoku, aniołki, rozsypane róże).
Ściana północna - zachowana górna część wielkiego iluzjonistycznego ołtarza (gloria, lambrekin, spływy wolutowe), namalowanego w otwartej przestrzeni z ażurową kompozycją architektoniczną.
ściana wschodnia – scena biblijna, m.in. postać uniesionym złotym kielichem i aniołem z krzyżem (fragment Ostatniej Wieczerzy?), w innej  grupa postaci z Chrystusem na pierwszym planie (ekspresyjna twarz, uniesiona ręka, nagi tors), za nim starszy mężczyzna w jasnej szacie, także kobieta, kolumny. 
Korytarz – nad wejściem do kaplicy, fragmenty iluzjonistycznie malowanego portalu oraz Chrystus w koronie cierniowej wskazujący wejście do kaplicy i Matka Boża, baldachim zwieńczony Krzyżem.
W gmachu Akademii są ponadto  polichromie południowym skrzydle 
- odkryte w 1996, z przełomu XVII i XVIII w.,dwa (na przeciwległych ścianach) moralitety ukazujące relację profesor – uczeń: Grzegorz z Sambora i św. Stanisław Kostka, po prawej Jan Długosz i św. Kazimierz Jagiellończyk, u dołu kompozycji łacińska inskrypcja, u góry zarys pejzażu.
- odkryte w 2020, w b. złym stanie (zarys głowy biskupa w mitrze, anioła, sylwetka kobiety).
- odkryte w 2021 w w korytarzu fragment iluzjonistycznego portalu, w pobliskiej sali geometrycznie namalowane drzewo. Z lat międzywojennych pochodzą dekoracje malarskie
- w sieni gł. wejścia od ul. Akademickiej i jednej z sal (autor E. Kopciński).