Dawna cerkiew grecko-ruska, potem bazyliańska i do 1915 prawosławna (Cerkiew p.w. św. Mikołaja). W 1917 wyświęcona, 27 VIII 1918 przekazana miastu, a staraniem ks. Jerina 20 X 1918 rekoncyliowana jako kościół szkolny p.w. św. Stanisława Kostki. W 1920 ukończono remont, usuwając cebulaste kopułki latarni nad nawą i prezbiterium (wraz z latarnią). W sklepieniu nawy (obramienia) znalazły się nie istniejące już wizerunki: MB Królowej Polski, św. św. Jana Kantego, Andrzeja Boboli, Klary (?), Jana Ewangelisty, Jacka i Stanisława bp. (mal. Paweł Gajewski), w obu bocznych niszach powstały freski przedstawiające anioły. 4 VIII 1934 przekazany został redemptorystom.
28 IV 1941 zajęty przez prawosławnych (wszystkie urządzenia kościelne leżały wyrzucone na cmentarz), a 28 VIII 1944 PRN zadecydowała zwrócić (usunięto harmonium, balustradę, ambonę), 21 I 1945 znowu rekoncyliowany jako kościół klasztorny pod pierwotnym wezwaniem św. Mikołaja (1982-94 parafialny), zwany popularnie "na górce". Do ołtarzy bocznych powstały dwa duże obrazy H. Drezowskiej.
W 1951 malowano wnętrza, a w 1969-72 restaurowany (sztukaterie restaurował prof. Jacek Puget). W 1971 odkryto rzadko spotykaną w Polsce polichromowaną sztukaterię - delikatne ornamenty roślinne w czerwonym i czarnym kolorze.  Ołtarz z granitu szwedzkiego (Czesław Pajor, 1972), kopia krucyfiksu Wita Stwosza z Kościoła Mariackiego, kopia cudownego obrazu MB Nieustającej Pomocy z licznymi wotami (1904, poświęcony przez Piusa X), złocone tabernakulum, płaskorzeźbiona Droga Krzyżowa, 16-głosowe organy (wyk. Biernawski), w oknach ozdobne szkło pęcherzykowe. We wnęce na zewnątrz Miłosierdzie Boże (Fr. Duszeńko, 1982). Z 1972-73 pochodzą ławki i konfesjonały. Pod kościołem 4 krypty, największa pod kruchtą. W 1998 remontowano wieżę (dzwon z 1953), rekonstruując jej 15 m.  drewnianą konstrukcję, w 2019 malowany zewnątrz.


 * W 1998 do rekonstrukcji i remontu  zużyto 21 m3 wysokiej klasy sosnowego drewna, belek konstrukcyjnych ze 150-letnich zwierzynieckich sosen, 2 t miedzianej blachy, otynkowano wieżę, pozłocono miedzianą kulę. Rozebrane elementy, wg opinii zżarte przez owady i grzyby, skrupulatnie odtwarzano.  Kontrowersje wokół rekonstrukcji zmiotły ze stanowiska Wojew. Konserwatora Zabytków. Zaprotestował m.in. prof. B. Pawlicki.