Aktualnie w Katedrze Zamojskiej czynnych jest 8 z 10 pierwotnie istniejących kaplic, najwspanialsza z nich, wyodrębniona architektonicznie, to KAPLICA ORDYNACKA, kolejne:
KAPLICA p.w. Matki Bożej Różańcowej (I po stronie płd.)
KAPLICA Infułacka p.w. św. Mikołaja (II po stronie płd.)
KAPLICA Relikwii p.w. św. Marii Magdaleny (trzecia po stronie płd.)
Dawna KAPLICA p.w. Trójcy Świętej - do 1801 była tu kaplica ze staroświeckiej roboty złotym ołtarzem z obrazem Trójcy Św. Ołtarz nosił też krótko wezwanie św. Andrzeja i Mateusza (Macieja). W 1647 zapisał na nią 3 tys. fl. Marek Nietyksa, a w 1716 10 tys. zł Michał Rulikowski na Koronkę Trójcy Św. i kapelana. Odprawiały się w niej wotywy roratne (1671). Po zamurowaniu kaplicy i podzieleniu jej na dwie kondygnacje, w górnej umieszczono bibliotekę kolegiacką, na parterze - kapitularz (sala zebrań kapituły), który wkrótce stał się składem rzeczy kościelnych. W 1984-2000 był tam punkt sprzedaży wydawnictw kościelnych. Wcześniej tutaj epitafium Leśniewskiej i Boremelskiego.
Dawna KAPLICA p.w. św. Krzyża (zakrystia i skarbiec) - w 1637 wraz z 3 innymi konsekrowano również i tę kaplicę (relikwie w ołtarzu: Wojciecha, Klementyna, Witalisa, Justina). Ze względu na usytuowanie, od początku pełniła także funkcje zakrystii (aby utrzymać idealny plan Kolegiaty, B. Morando nie przewidział dla niej osobnego pomieszczenia).  Jakkolwiek w XVII i XVIII w. wymieniana jest jako kaplica św. Krzyża obrócona na zakrystię to nadal pozostawał w niej duży ołtarz snycerski wyzłacany, z kamiennymi graduałami i mensą, natomiast pod ścianami stały szafy na sprzęty i szaty liturgiczne. Wejście z nawy zamykała drewniana krata. 1727 ołtarza w niej lustracja nie wymieniała. W 1790-92 kaplicę zamurowano i podzielono na 2 kondygnacje, urządzając zakrystię i u góry skarbiec. Po zamurowaniu kaplicy przy prezbiterium stanął nowy ołtarz, obecnie z obrazem MB Zamojskiej (Katedralne obrazy).
KAPLICA p.w. Matki Bożej Łaskawej (I po stronie płn.)
KAPLICA p.w. Chrystusa Ukrzyżowanego (II po stronie płn.)
KAPLICA p.w. Zwiastowania Najśw. Maryi Panny (przedostatnia po stronie płn.)
KAPLICA Akademicka p.w. św. Jana Kantego (ostatnia po stronie płn.)

 * Kaplice wg wizytacji z 1715 - 1. Przemienienia Pańskiego, 2. św. Mikołaja, w której był ołtarz św. Michała Arch. i tu także dołączona kaplica św. Trójcy, 3. św. Marii Magdaleny, 4. św. Andrzeja i Mateusza Ap., 5. św. Krzyża, gdzie dziś zakrystia, 6. św. Kazimierza, inaczej Zwiastowania, 7. Różańcowa.
Kaplice wg wizytacji z 1727, 14 ołtarzy - Wielki, 2. Przemienienia Pańskiego i małe MB Loretańskiej i św. Lazimierza, 3. MB Różańcowej, 4. Św. Michała Arch., 5. Św. Mikołaj, 6. Św. Walentego, 7. Św. Marii Magdaleny, 8. Trójcy św., 9. M.Boskiej i Św. Wojciecha, 10. Jana Chrzciciela. 11. Zwiastowania NMP, 12. B. Jana Kantego, 13. Zbawiciela wśród Doktorów, 14. Bardzo prostej budowy lecz z pięknym obrazem Zwiastowania NMP.
Kaplice wg wizytacji z 1750 - 1. Fundatorska, Przemienienia, 2. Różańcowa, 3. Św. Mikołaja, Kursowa, 4. św. Marii Magdaleny, 5. Trójcy Św., 6. Św. Wojciecha, 7. Literacka, Zwiastowania, 8. Akademicka, 9. Św. Jana Nepomucena, 10. Na zakrystię zamieniona.