Ziemne dzieła uległy stopniowej niwelacji. Pozostały tylko widoczne miejscami fragmenty skarp i wałów. Bramy (zamurowane), nadszańce, Rotunda, kojce stały się obiektami wolnostojącymi, o innym już przeznaczeniu. Wykorzystano również większość kazamat bastionowych. Na części terenów pofortecznych założony został Park Miejski (osobne hasło). Do fos południowych zaczęto zwozić śmiecie, zatrzymywały się tam furmanki. Na przedpolu wsch. i płn., w miejscu dawnych dzieł obronnych i stoków powstały Planty (osobne hasło). W 1888 wojsko odstąpiło miastu rozległe tereny wokół twierdzy, ponownie w 1926, 1948 i 1957. W l. 30. XX w. fortyfikacje stały się przedmiotem badań i studiów prowadzonych przez Politechnikę Warszawską i doczekały się wnikliwej monografii (S. Herbst, J. Zachwatowicz Twierdza Zamość, Warszawa 1936). Przed wojną otwarto Bramę Lwowską Starą.
W 1976 rozpoczęto renowację fortyfikacji. W toku prowadzonych badań odkryto m.in. ok. 1,5 km podziemnych korytarzy. Odtworzone zostały duże fragmenty fortyfikacji: zespół bastionu VII (bastion, nadszaniec, brama, kurtyna z poterną, fragment kurtyny z podwalnią tj. Cela Łukasińskiego, pozostałości kojców linkowskiego i malletowskiego z murem Carnota, przedwale i fosa), zespół Bramy Lubelskiej Nowej (brama z kazamatami, fragmenty kurtyny z poterną, pozostałości kojca i muru Carnota, oraz rawelinu, przedwale i fosa, most), zespół Bramy Lubelskiej Starej (brama z kazamatami, fragmenty kurtyny z poterną, kojec, przedwale i fosa) oraz fragment kurtyny z Furtą Wodną. Współcześnie wraz z rewitalizacją budowli obronnych - krajobrazem warownym twierdzy zajęli się prof. Zbigniew Myczkowski i współpracownik Krzysztof Wielgus (Politechnika Krakowska), proj. Sylwia Kołowiecka. 28 IV 1990 w Warszawie zawiązano Towarzystwo Przyjaciół Fortyfikacji z siedzibą w Zamościu (prezes prof. Andrzej Gruszecki).
W 2007-2009 doszło do największego przedsięwzięcia związanego z renowacją i odtworzeniem fortyfikacji w dziejach miasta, współfinansowanego przez Mechanizm Finansowy Europejskiego Obszaru Gospodarczego (Konserwacja, renowacja i adaptacja na cele kultury i turystyki zespołów obiektów fortecznych Starego Miasta w Zamościu). Pracami objęto pięć zespołów obiektów 1. Bastion VII z nadszańcem i Starą Brama lwowską, 2. Nowa Brama Lubelska, 3. Stara Brama Lubelska z kojcem, 4. Brama Szczebrzeska z wartownią, 5. Kazamata bastionu I. Odrestaurowano 16 obiektów (7 tys. m3 pow.), zrekonstruowano 130 m kurtyn, a 223 m zrewitalizowano, zużyto 1,5 mln cegieł i 826 t cementu, wywieziono 2011 m3 gruzu. W nadszańcu powstała ekspozycja dotycząca rozwoju fortyfikacji (m.in. repliki armat, manekiny żołnierzy)
* Prof. A. Gruszecki w 1991 - Może uda nam się w przyszłości rozwinąć tu w Zamościu, w powiązaniu z Instytutem Konserwacji Zabytków PKZ ośrodek badań i szkolenia dla Europy Środkowej w zakresie prac naukowych i konserwatorskich dotyczących historycznych fortyfikacji, jeszcze jedną specjalność dla reaktywowanej Akademii...