Akademia posiadała prawo nadawania stopni naukowych. Pierwszy doktorat (z filozofii) nadano już 30 I 1598 Maciejowi Jaworowskiemu, aby mógł objąć jedną z katedr, w gronie zaledwie 5 profesorów. Pierwszym doktorem prawa został Konstanty Iwanicki (15 VII 1637, zezwolenie bpa R. Koniecpolskiego). Najpóźniej zaczęto nadawać doktoraty z teologii (ok. poł. XVII w.). Doktorat poprzedzało najpierw uzyskanie niższych stopni: bakalaureatu prima laureae i secunda laureae (magister sztuk), a ponadto uzyskanie zezwolenia rektora, egzamin przed profesorami, napisanie rozprawy łacińskiej, wygłoszenie dwu mów z pamięci, wreszcie dysputa. Doktorant wnosił też opłatę 2 talarów do podziału między profesorami (za stopień bakałarza 1 zł). Egzaminy odbywały się w soboty lub wigilie świąt (początkowo w Kolegiacie). Doktor otrzymał pergaminowy dyplom z pieczęcią na sznurku (w puszce), pierścień, a na jego barki wkładano togę.
W latach największego upadku doktoraty przyznawano licznie osobom spoza Akademii. Sytuacja ta uległa zmianie dopiero w końcowym okresie istnienia uczelni. W ostatnich 10 latach było 46 promocji, a w trzech ostatnich nadano 8 doktoratów z prawa i 11 z filozofii (wszyscy jednego dnia 8 V 1783), a ponadto promowano także 14 bakałarzy filozofii, 2 notariuszy i 1 geometrę przysięgłego. W ciągu istnienia Akademii nadano co najmniej 247 doktoratów (108 z filozofii, 88 z prawa, 51 z teologii), w zdecydowanej większości osobom duchownym, a rekordzistą był Baltazar Dulewski (3 doktoraty). Dyplomy doktorskie uzyskali tu m.in. dwaj późniejsi arcybiskupi Mikołaj Wyżycki i Ferdynand Kicki a także Stanisław Staszic (osobne hasło). Od 1607 promowano też ok. 130 notariuszy (osobne hasło).
* W porównywalnym okresie (1583-1781) Akademia Wileńska nadała 2048 stopni doktorskich (1700 z filozofii).
* Potrójnymi doktorami na Akademii Zamojskiej byli profesorowie: Melchior Stefanides (filozofia, prawo, medycyna), Stanisław Ormiński (j.w.) i Kazimierz Sapalski (filozofia, medycyna, teologia).