Utworzone zostały, poza ostatnim, w 2002, są obecnie:
Gimnazjum dla Młodzieży, ul. Kilińskiego 86a,
Gimnazjum nr 1 im. A. Mickiewicza, ul. Partyzantów 14,
Gimnazjum nr 2, od 1 IX 2004 im. Jana Zamoyskiego XVI ordynata, ul. Lwowska 15,
Gimnazjum nr 3 im. Papieża Jana Pawła II, ul. Orzeszkowej 43,
Gimnazjum nr 4, od 4 X 2005 im. Prymasa Stefana Wyszyńskiego, ul. Zamoyskiego 4,
Gimnazjum nr 5, od 6 IV 2006 im. Sybiraków, ul. B. Prusa 10,
Gimnazjum nr 6 im. Królowej św. Jadwigi, ul. Kalinowa 5a,
Gimnazjum nr 7 z oddz. integracyjnymi, od 10 XII 2003 im. Polskich Noblistów, ul. Peowiaków 30a,
Gimnazjum nr 8 Specjalne, ul. Śląska 45,
I Społ. Gimnazjum im. Unii Europejskiej, Koszary 15,
Katolickie Gimnazjum, im. św. Ojca Pio, ul. Sikorskiego 11.

Jesienią 2015 w gimnazjum samodzielnym (nr 2) oraz w 6 gimnazjach wchodzących w skład zespołów kształciło się prawie 1700 uczniów, w tym roku szkolnym opuścić ma je 615 absolwentów.
Dyrektorami gimnazjów
1 - 7 zostali kolejno: Alicja Dubel, Henryk Borowik, Maria Sobieszczańska, Janusz Skwarek (następnie Jolanta Goryczka), Maria Trześniowska, Wiesława Gąska (następnie Grzegorz Lasek) i Dorota Pintal. W 2012 weszły w skład zespołów ze szkołami podstawowymi.



 * Honorowy komitet nadania imienia gimnazjum nr 2 - ks bp Jan Śrutwa,  Marcin Zamoyski syn ordynata, prezydent m. Zamościa, prof. Jerzy Kowalczyk, dr Adam Witusik z UMCS, dr Kazimierz Chrzanowski dyr. wydz. Edukacji i Sportu UM, Bogdan Kawałko prorektor WSZiA, Andrzej Kędziora dyr. Archiwum Państwowego, Mirosław Baranowski prezes Sądu Rejonowego, Maria Ponińska, Elżbieta Daszewska, Agnieszka Różankowska, Gabriela Bogusławska - córki XIV Ordynata, Alicja Trefler prezes Warszawskiego Koła Zamościan.