Zamość leży na utworach kredowych pokrytych warstwą osadów czwartorzędowych. W obrębie wysoczyzny (centralna i wsch. część miasta) osady te nie przekraczają kilku metrów i w kierunku dolin zwiększa się. Warstwę kredy tworzą zwietrzliny margli i wapieni marglistych (od 1 do kilkunastu metrów), głębiej z zanikiem szczelin i spękań przechodzą w litą skałę. Margle kredowe są pochodzenia morskiego. Na wzgórzach przykrywa je less - kilkumetrowa warstwa nawianej żółtej glinki (eksploatowana w cegielniach). Doliny wysłane są madami - iłami pochodzenia lodowcowego i przedlodowcowego, grubości od 20 do 100 m. Gdzieniegdzie w obrębie łąk ukazuje się torf - małowartościowy jednak, gdyż młody i rzadki.
Wg przekazów historycznych na terenie miasta były pokłady kamienia budowlanego. Żyłę kamienną odkryto krótko przed powstaniem Zamościa, co w tym kraiu - pisał Vanozzi - prawie za cud poczytano. Na istnienie kamienia wskazywała nazwa ulicy Skałka Górna (Przedm. Lubelskie XVIII w.). Kamień zdatny do budowy odkryto też przy kopaniu fundamentów pod Kolegiatę.
W XIX w. opokę już ukształtowaną do murowania zdatną znaleziono m.in. w okolicach folwarku Janowice, Podgrobla (pokłady kamienia twardego), ul. Wyszyńskiego (cegielnia rządowa), prawdopodobnie na Plantach (pola Instytutu Ubogich) i w pobliżu ul. Kamiennej, a także koło Żdanowa. W jednym przypadku chodziło o 4 morgi pola niejakiej Piterman.
Zwłaszcza od strony płn. dobywać się miały same z kamieni obfite źródła czystej i zdrowej wody. Wg XIX-wiecznego monografisty, zlew takowy wód jeszcze od Potopu, za którego sprawą spotkać można skamieliny skorupiaków (cirripedia, ammonites, scaphites) i mięczaków (crassatella, cipricardia, gastropoda, mytilus). W okresie V - XI 1968 Przedsiębiorstwo Geofizyczne Przem. Naftowego prowadziło na terenie miasta badania związane z poszukiwaniem ropy i gazu.


 *  Opinia z 1888 - w Zamościu grunt nieprzepuszczalny, stąd wilgoć.
 * W l. 60. "Dzień Górnika" obchodzono w Zamojskich Klinkierniach Drogowych.