Wg tradycji zgromadzona przez Stanisława Staszica i gdy opuszczał Zamość podarowana Akademii, a po likwidacji tejże przejęta przez byłych jego uczniów Aleksandra i Stanisława Zamoyskich. Staszic w rzeczywistości swoje zbiory przekazał Tow. Przyjaciół Nauk w Warszawie (nie istnieją).
W roku likwidacji Akademia posiadała ok. 100 okazów, które mogły być zgromadzone przez Stanisława Duńczewskiego, względnie przekazane przez jednego z ordynatów. Przejęty przez Liceum Królewskie zbiór dzięki staraniom Stanisława Zamoyskiego, głównie przez zakupy, najprawdopodobniej w Niemczech, wzrósł w 1807 do 902 szt. Po zajęciu gmachu przez wojsko część kolekcji ocalił ordynat zabierając do Klemensowa, pomnażał ją Andrzej Zamoyski, a ok. 1840 utworzył gabinet "mineralogiczny". Staszic cześć kolekcji oznaczył.
W czasie okupacji okazy usunięto z pałacu, wyrzucone przez Niemców do rowów, 570 okazów uratował w 1945 Michał Pieszko. W 1962 mianował się kustoszem tych zbiorów, wzbogacając je o własne zbierane ongiś cenne minerały. Do 1966 eksponowane były w gabinecie geograficzno-geologicznym I LO (opracowane, pod opieką UMCS), mimo protestów zabrane do Muzeum Ziemi w Warszawie.

 * W zbiorach znajdował się przywieziony przez Staszica z Morza Śródziemnego koral Gorgonia.