Ur. w Warszówce, w w Warszawie ukończył gimnazjum, a w 1898 seminarium w 1898-1905 był wikarym kolegiackim. Pracował nad urabianiem duszy polskiej wśród ludu i zawsze był pełen entuzjazmu do tej pracy (K. Lipczyński). Był zasłużonym konspiratorem niepodległościowym, wg dokumentów śledczych fanatyk do szpiku kości. W jego mieszkaniu znajdował się punkt przerzutowy bibuły ze Lwowa do Warszawy, na cały zabór i do Prus. Na nim spoczywał ciężar pełnionych z żarliwością obowiązków w kilkunastotysięcznej parafii (sędziwy wiek proboszcza). Jego wielkie zasługi doceniono podczas słynnej wizytacji biskupiej (1905). Chętnie oprowadzał przyjezdnych po Kolegiacie. W 1904 został prezesem powstałego II ZTP-O. Za pomoc unitom (m.in. święcił im pokarmy, uczył katechizmu, spowiadał, komunikował), przeniesiony do Stoczka. Zaangażowany w działalność patriotyczną, działał w POW, w 1918 aresztowany. Później  przez 30 lat proboszczem w Malowanej Górze i Jabłonnej.

 * W czasie wizytacji w 1905 robotnicy i rzemieślnicy zamojscy postanowili wyjść uzbrojeni, by w razie zamachu na biskupa rzucić się na Moskali, ale ks. Fijałkowski odwiódł ich od tego straceńczego zamiaru.
 * Ze wspomnień Jana Szczepańskiego - Pewnego dnia ks. Fijałkowski daje znać, że bibuła oczekuje zabrania. Biorę tedy dwie puste walizy i jadę. Od najbliższej stacji kolejowej do Zamościa 9 mil jazdy dyliżansem pocztowym, cała noc. Około południa jestem w Zamościu. Zacny księżyk serdecznie gości, a potem ładuje mi parę tysięcy „Polaka”, całą masę odezw, broszur, książeczek, słowem całą najstraszliwszą antypaństwową bibliotekę, życzy szczęśliwej podróży i wyprawia znów na noc dyliżansem pocztowym.