Wg załącznika z 2016 na terenie Zamościa występują:
SSAKI
owadożerne - największy jeż wschodni (w pobliżu siedzib ludzkich, dolin rzecznych, ogrodów działkowych), kret, najmniejsze: ryjówka aksamitna, zębiełek białawy  (łąki, ugory, ogródki, zadrzewienia) oraz rzęsorek rzeczek (brzegi cieków i zbiorników wodnych, olsy zalewane wodą), 
nietoperz Chiroptera,
zając szarak (trwałe użytki zielone w dolinach Czarnego Potoku i Łabuńki),
gryzonie (13 gatunków) - wiewiórka pospolita (park, las komunalny), bóbr europejski (terytoria na rowie melioracyjnym przy zalewie miejskim i ul. Źródlanej), karczownik ziemnowodny oraz piżmak (tereny podmokłe i wodne w okolicach zalewu i dolin rzecznych), nornica ruda, nornik północny i nornik zwyczajny, 5 gatunków myszowatych - największy chomik europejski (tereny stepowe, pola uprawne i nieużytki, o lekkich glebach, najchętniej z uprawami roślin zbożowych), najmniejszy badylarka (doliny rzeczne), mysz polna, mysz zaroślowa oraz mysz domowa i szczur wędrowny.
drapieżne – największy borsuk, oraz wydra (Łabuńka), ponadto zaobserwowana norka amerykańska, tchórz zwyczajny, kuna domowa i łasica. W ostatnich latach coraz częściej występuje lis,
parzystokopytne - sarna i dzik.
PTAKI
w dolinach rzecznych, w rejonie zalewu miejskiego i lasu komunalnego odnotowano następujące gatunki: skowronek, derkacz, pokląskwa, łozówka, rokitniczka, świergotek łąkowy, cierniówka, słowik szary, potrzos, gąsiorek, świerszczak, zielonka, przepiórka, strumieniówka, bażant, dzwoniec, makolągwa, kapturka, zaganiacz, kulczyk, bogatka, kos, czajka, krzyżówka, kukułka, sroka, szczygieł, kwiczoł, kszyk, szpak, zięba, krogulec, grzywacz, śpiewak, dymówka, pustułka, trzmielojad, błotniak stawowy, czapla siwa, czapla biała, perkoz dwuczuby, łyska, żuraw, trzciniak, trzciniaczek, mewa białogłowa, śmieszka, bączek, błotniak stawowy, sierpówka, bażant, dzwoniec, myszołów, dzięcioł duży, krętogłów, sójka, czyż, modraszka, sikora uboga, czarnogłówka, kowalik, pełzacz leśny, pełzacz ogrodowy, mysikrólik, pliszka siwa,
ponadto, w terenach zurbanizowanych (m.in. park miejski, zieleń przydrożna i przydomowa, Planty, zadrzewienia w Koszarach), odbywają lęgi lub czasowo bytują: jerzyk, bocian biały, sierpówka, turkawka, kukułka, krogulec, pustułka, jemiołuszka, pełzacz ogrodowy, kawka, sójka, trznadel, makolągwa, szczygieł, derkacz, czyż, dzwoniec, grubodziób, zięba, gil, kulczyk, oknówka, dymówka, pliszka siwa, muchołówka żałobna, muchołówka szara, wilga, modraszka, bogatka, sikora uboga, wróbel, mazurek, kowalik, szpak, zaganiacz, pierwiosnek, kapturka, gajówka, cierniówka, piegża, rudzik, słowik szary, białorzytka, kopciuszek, pleszka, kos, śpiewak, kwiczoł, paszkot, dzięcioł duży, dzięcioł białoszyi, krętogłów, uszatka, pójdźka, gołąb miejski, sroka, gawron, bażant, kuropatwa, grzywacz, krzyżówka.
tereny miejskie były również odwiedzane przez rzadkiego sokoła wędrownego , który wykorzystywał jako miejsce odpoczynku kominy ciepłowni i dawnych zakładów mięsnych.
GADY
zaskroniec zwyczajny, padalec zwyczajny i jaszczurka żyworodna, jaszczurka zwinka ponadto żółw ozdobny – gatunek obcy i inwazyjny, zagrażający populacji krajowemu gatunkowi, jaką jest żółw błotny.
PŁAZY
żaba trawna, żaba wodna, żaba zielona, żaba jeziorowa, grzebiuszka ziemna, ropucha szara, ropucha zielona i rzekotka drzewna. W okresie wiosennym widziany w dolinie Łabuńki kumak nizinny.
RYBY
ukleja, jazgarz, płoć, leszcz, lin, szczupak, pstrąg, okoń, sandacz, jaz, kiełb, kleń, karp, karaś, karaś srebrzysty, jelec, miętus, ciernik, słonecznica, sumik karłowaty, sum. wykryty też w Topornicy śliz pospolity - narybek w zastoiskach  doprowadzalnika wody do zalewu.
OWADY
motyle podlegające ochronie gatunkowej, w tym ochrony czynnej:  czerwończyk nieparek – dolinie Czarnego Potoku  i Topornicy, czerwończyk fioletek – w dolinach rzecznych, modraszek telejus – w dolinie Czarnego Potoku i Łabuńki. oraz pospolite gatunki, takie jak: paź królowej, wietek sp., zorzynek rzeżuchowiec, bielinek kapustnik, b. rzepik, b. bytomkowiec, b. rukiewnik, szlaczkoń siarecznik, powszelatek brunatek, karłątek ryska, k. klinek, czerwończyk żarek, cz. dukacik, cz. uroczek, modraszek wieszczek, m. argiades, m. ikar, dostojka malinowiec, d. adype, d. latonia, d. ino, d. selene, rusałka admirał, r. osetnik, r. pawik, r. pokrzywnik, r. ceik, r. kratnik, r. drzewoszek, przeplatka atalia, strzępotek soplaczek, s. perełkowiec, s. ruczajnik, przestrojnik jurtina, p. trawnik,
ważki m.in. nimfa stawowa, świtezianka błyszcząca, łątka dzieweczka, pióronóg zwyczajny, żagnica sina, ważka płaskobrzucha, szablak zwyczajny, szablak krwisty, szablak żółty, a także szablak przepasany (w dolinie Czarnego Potoku).
Ponadto ekosystemy zaroślowe, zadrzewione i zakrzewione są zasiedlone przez ślimaki winniczki.