Obydwie bramy prowadzące na cmentarz znajdują się przy ul. Peowiaków. Powstał w 1810-12 na obszarze ponad 1 ha przy d. trakcie skierbieszowskim, na gruncie przytułku dla ubogich. W 1817 złożono tu m.in. szczątki z podziemi kościołów klasztornych. W 1841 powstał projekt oparkanienia cmentarza (wpadające trzody niszczyły i obalały pomniki i groby), w 1845 zaproponowano ostatecznie fosę  i wał, skończyło się na wydaniu w 1847 na ten cel 339 zł.
Już w 1855 z widoków militarnych zniesiono wały i wg komendanta twierdzy zaszła potrzeba by dla samego porządku i wzbronienia dostępu zwierzętom obwieść cmentarz lekkim drewnianym parkanem dającym się na każdy przypadek z łatwością usunąć (tak ogrodzony był już wcześniej cmentarz żydowski). W 1865 brano pod uwagę ogrodzenia murem, łatwego do nabycia w związku z rozbiórką twierdzy. Gdy powstała droga obwodowa otwarto bramę na cmentarz od strony południowej (150 m dojście), później z bramą z lanego żelaza. W l. 20. XX w. cmentarz zajęty ogrodzony był parkanem murowanym 1 m, w lichym stanie i niezajęty płotem drewnianym w dobrym stanie.
Był kilkakrotnie powiększany. W 1855 powiększony został do kwadratu 170x180 mb, w 1862 dodano pas 170x40 mb z gliniastej niwy należącej do szpitala parafialnego. W 1917 przybyła część na planach z l. 30. oznaczona jako cmentarz wojskowy (od obecnej bramy gł. do domu grabarza), jej poświęcenie nastąpiło 26 V 1918. 4 XI 1944 parafia wystąpiła o powiększenie cmentarza. Latem 1948 przybyła płd.-zach. narożna część - przez ok. 20 lat oddzielona ulicą. 4 XI 1942 na cmentarzu wydzielono miejsce pod groby niemieckie.
Posiada 6,5 ha powierzchni o nieregularnym układzie (25 sektorów) z czytelnym kwadratem cmentarza sprzed 1862.
Na jego terenie znajduje się kaplica cmentarna z 1917, dom grabarza (1858), ob. kancelaria oraz kapliczka nagrobna rodziny Badzianów (pocz. XX w.). Obok domu grabarza była dawna brama na cmentarz i zachowały się rokokowe kamienne latarnie z d. cmentarza (wcześniej prawdopodobnie na Bramie Szczebrzeskiej). W czasie I wojny światowej na obszarze włączonym później do cmentarza powstał nieistniejący dzisiaj austriacki cmentarz wojskowy (57x26 m) z okazałym pomnikiem, potem obok znalazła się mogiła 16 obrońców Zamościa w 1920 (także nie istnieje), a po ostatniej wojnie kwatery wojenne. W czasie okupacji pochowano ok. 50 ofiar katowni gestapo. W 1979 cmentarz parafialny uznany został za zamknięty.
Długoletnim grabarzem był Marcin Zub (zm. 1946), później syn Hieronim, także Władysław Łuczka (zm. 1970) i jego syn Czesław. Od 2011 administratorem na zlecenie parafii jest firma "Memento" (szef Paweł Kusz).
Brakuje nagrobków z pierwszych lat istnienia cmentarza. Wiąże się to z ograniczeniami jakie nakładało sąsiedztwo twierdzy. Sprzed jej kasaty (1865) zachowało się 7 nagrobków. Najstarsze z nich pochodzą z 2 ćw. XIX w.: 2 skromne klasycystyczne nagrobki obeliskowe (Ehmów +1828 i 1846 oraz A. Bojewskiego +1837), tablica z kaligraficzną inskrypcją (Strzyżowskich +1834 i 1839) i prosta płyta nagrobna (J. Strokowskiego +1847). W 1978 były jeszcze dwa starsze nagrobki: Wandowskiego (zm. mając l. 29, zawierał datę 1780) i Heleny Jabłonowskiej (zm. 1824).  Sprzed 1900 pochodziło ponad 70 nagrobków (1990). Dominują zdecydowanie te wykonane z piaskowca o formach wertykalnych, zwieńczone przeważnie krzyżem (32 nagrobki z 1863-1911), obeliskiem (13 z lat 1874-1912), ostrosłupem (M. Matwiejczuk +1874), kolumną (m. in. klasycystyczny E. de Schlindenbuch +1868), wysokie wielostopniowe (5 nagrobków z 1901-1904), z "ołtarzykami" (3 - najstarszy M. Orłowskiej +1859) i kapliczkami (5 nagrobków z 1892-1916). Są ponadto nagrobki o formach naturalnych (najstarsze "złamane drzewo" na grobie I. Szaniawskiego +1871).
Wśród nagrobków figuralnych należy wymienić te z rzeźbami Chrystusa (m. in. F. Mazurkiewicza  +1911 i K. Lisowicza +1934 wyk. J. Marchwieński), Matki Boskiej (m.in. J. Kowalskiego +1911, Gałaszkiewiczów wyk. J. Marchwieński), św. Bartłomieja (B. Wysockiego +1939 wyk. J. Marchwieński), anioła (m.in. J. Śmiecha +1917 wyk. J. Kurkowski i S. Kunowej +1954 wyk. J. Siedlecki), postaci kobiecych (J. Szajby +1907 wyk. J. Kurkowski, M. Godziszewskiej +1913 i M. Czerskiej +1935 wyk. J. Juszczyk) i dziecięcych (B. i H. Szajewskich i nn z XIX/XX w.).
Są też nagrobki tablicowe, stellowe i płytowe (m.in. Zawrotniaka, J. Białłego z 2 ćw. XX w., G. Kurdwanowskiego +1855 i G. Woynarowskiego +1920). Zachowały się 2 wyniosłe żeliwne nagrobki kolumnowe (Ronikierów i Kłossowskich z 2 poł. XIX w.) i 7 ażurowych krzyży (najstarszy 1900) oraz dekoracyjne ogrodzenie i panoplia (armaty i kule) na grobie  M. Stankiewicza +1912 wyk. H. Zieleziński z Warszawy (ta sama firma wykonała secesyjną kratę przy warszawskim pomniku Chopina). Należy też wspomnieć autoryzowany pomnik na grobie M. Pieszki (wyk. B. Markowski 1981). Obecnie ponad 160 zabytkowych nagrobków (na liście konserwatorskiej 204). Na cmentarzu znajduje się Pomnik Pomordowanych Dzieci Zamojszczyzny (1993, Z. Jarmuł) i Krzyż Wołyński poświęcony  Polakom - ofiarom rzezi na Wołyniu (10 VI 2018). W 2015 Konserwator Zabytków sporządził wykaz 204 zabytkowych nagrobków. Na cmentarzu spoczywa ok. 22 tys. osób.
Na cmentarzu rośnie ok. 100 drzew, w przeszłości trzykrotnie więcej, zob. Cmentarz parafialny - flora i fauna.
W 1984 ukazał się Cmentarz w Zamościu Andrzeja Kędziory. W 2007 powstał Społeczny Komitet Odnowy Cmentarza Parafialnego w Zamościu (osobne hasło).


 * Dozór Kościelny na wniosek komendanta twierdzy zaproponował w 1858 parkan wysokości 1 sążnia w słupy dębowe 10 i 11 cali grube, łączone deskami z bali sosnowych, nad nimi płatewki olejną farbą pociągnięte.
 * Z inwentarza parafialnego (1990) - cmentarz grzebalny za miastem położony mający przestrzeń morgów 5 murem wysokim półtora łokci opasany, wejście na cmentarz opatrzone bramą z żelaza lanego. Kostnicy ani domu przedpogrzebowego nie ma.
 * Chociaż krótko żył, dobrze się zasłużył, bo cnotliwy był, w pracy się nużył  z epitafium (1884)
 * W nowej części cmentarza, przy ul. Przemysłowej chowano samobójców. Szczątki ich skrywały niewielkie wzniesienia ziemi, bez pomników i bez krzyży. (M. Matuszewska)
 * 20 VII 1917 rozpatrzono pozytywnie podanie dozoru kościelnego wyrażając zgodę na powiększenie cmentarza, od południa do szosy obwodowej, od wsch. i zach. do dróg wiodących na przedmieście Majdan i do cegielni Józefa Czernickiego (w tych granicach znajdował się już cmentarz wojskowy)
 * Opis z 1920 - Położony za miastem w odległości 1 km na przestrzeni ok. 5 morgów murem dziś w znacznej części zrujnowanym opasany. W 1917 obrano 2 morgi ziemi i zrobiono obok starego cmentarza, cmentarz nowy, otoczono go sztachetami drewnianymi z trzech stron, z czwartej strony łączy się z murem ogrodzenia starego cmentarza. Wejście na cmentarz stary opatrzone bramą żelazną, na nowy brama drewniana, Przy bramie starego cmentarza stoi mały domek stróżny, w którym mieszka grabarz, kostnicy, ani domu przedpogrzebowego nie ma. Na starym cmentarzu kosztem obywatela Zamościa Józefa Czernickiego wystawiona została kaplica pod którą urządzono groby dla zmarłych członków rodziny Czernickich.
 * Na zbeszczeszczonym starym zamojskim cmentarzu wśród połamanych krzyży stoją konie i wozy zciąganych z daleka niemieckich osadników ("Rzeczpospolita" z 30 VIII 1943)
 * Z cmentarnych legend. Pomnik Kłossowskich stale był podmywany przez wodę. Często  ten grób otwierano i osuszano nadmiar wilgoci. W wieczornych pogawędkach tłumaczono to zjawisko, że jedna Pani z tej rodziny była bardzo skąpa i nieczuła na ludzką wiedzę. Nidy żebrakowi nie udzieliła jałmużny ani żadnego wsparcia, odmawiała nawet kubka wody. I teraz po śmierci, grób jej zalewa woda, której żałowała spragnionym, ubogim podróżnikom. (M. Matuszewska).