Biskup chełmski Mikołaj Świrski sprowadził ich najpierw do Krasnegostawu, skąd po 8 latach, w 1657 przenieśli się  do Zamościa, a 27 IV 1660 położono kamień węgielny pod drewniany kościół i klasztor. Powołani do pielęgnowania chorych, prowadzili szpital. Pełni poświęcenia zakonnicy w charakterystycznych szpiczastych kapturach pomagali także pozostałym szpitalom. Utrzymywali się prawie wyłącznie z jałmużny oraz funduszu 1000 zł zapisanych przez podstolego Jana Tuszyńskiego (1690). Dobrzy bracia wzgl. Bracia Miłosierni mieszkali i prowadzili swoją działalność w skromnych zabudowaniach aż do poł. XVIII w.
Należycie obdarował ich dopiero Jan Jakub Zamoyski. W 1756-73 zbudowano murowany klasztor wg proj. Jerzego de Kawe, nieregularny piętrowy, o trapezowatym planie (rozszerzająca się ulica), jak pisano później murowany w kwadrat na piętro. Jako pierwsze powstało skrzydło płd. - szpitalne, najpóźniej część płn.-wsch. łącząca klasztor z kościołem (pocz. XIX w.). Zakonnicy użytkowali 14 pomieszczeń (cele, refektarz, kuchnia). Na obszerny dziedziniec prowadził początkowo wjazd od str. wsch., a od zach. przejezdna brama. Wirydarz urozmaicał malowniczy, piętrowy krużganek. Całość wieńczył znajdujący się w płd.-wsch. narożu kościół p.w. św. Krzyża. Znane są nazwiska przeorów z 1678 - Rafał Ichnatowski, 1709 - Bonawentura Wierzbicki i 1730 - Mateusz Piątkiewicz.
Szybko - spośród kilkunastu placówek - zamojska stała się po Warszawie i Krakowie największą w Polsce. 2-3 kapłanów i ponad 10 braci - laików, tercjarz, prowadziło szpital dla przeszło 30 chorych - jedyny w ówczesnym wojew. bełskim. Sławę klasztoru niósł słynący łaskami obraz Matki Bożej Bonifraterskiej i studzienka z cudowną wodą o podobno leczniczych właściwościach. Wcześniej natomiast (1675), bonifrat Marcin Nahorecki odzyskał zdrowie dzięki MB Chełmskiej (Pitawal zamojski). W Zamościu doktorat z medycyny (czasem podaje się, że z filozofii) uzyskał b. prowincjał zgromadzenia Paschal Stirzelheimer (1765), później lekarz w szpitalu dla obłąkanych.
10 III 1784 skasowano klasztor. 16 chorych, sprzęty szpitalne (nie nadające się do użytku spalono) przejęły Siostry Miłosierdzia. Pozostałe po bonifratrach zabudowania znane są dzisiaj jako Podkarpie.


 * Duchowni ze zgromadzenia Braci Miłosierdzia  obowiązani byli w słynnej niegdyś Akademii Zamojskiej odbywać całkowity kurs medyczny. (z odczytu o stosunkach medycyny do religii wygłoszonym w 1852 na posiedzeniu Tow. Lekarskiego przez dr Ludwika Grabowskiego)