Dwie najbardziej znane biblioteki w dziejach miasta powstały przy instytucjach utworzonych w końcu XVI w. Była to Biblioteka Akademii Zamojskiej i egzystująca do dzisiaj Biblioteka Kolegiacka. Wartościowe księgozbiory znajdowały się w posiadaniu kolejnych ordynatów (Księgozbiory prywatne).
Znane były także dość zasobne biblioteki klasztorne: franciszkańska, bazyliańska i reformacka (osobne hasła). Do Uniwersytetu Lwowskiego trafiła niewielka ilość książek z klasztoru klarysek. Brakuje wiadomości o bibliotece bonifratrów. Jednak z uwagi na charakter ich działalności należy wnosić, iż była tam jakaś skromna liczba najniezbędniejszych książek. Była także biblioteka przy kościele ormiańskim (Biblioteka ormiańska).
W czasie gdy Stanisław Kostka Zamoyski lokował swoje zbiory w Warszawie, jego rywal na polu bibliofilskim Józef Maksymilian Ossoliński czynił starania o założenie w Zamościu słynnego "Ossolineum"
W czasach twierdzy jedynym księgozbiorem w mieście była wysoce specjalistyczna Biblioteka Kolegiacka. Pierwsze biblioteki publiczne powstały w 3 ćw. XIX w. Były to zwykle niewielkie wspólnie prowadzone księgarenki i wypożyczalnie. Pierwszą założył ok. 1868 Michał Fiedler, który również wypożyczał wyłącznie polskie książki, głównie beletrystykę (niedługo potem władze uznały jego działalność za nielegalną). W 1874-1905 czynna był duża wypożyczalnia i czytelnia przy księgarni Salomona Goldmana (1876 - 2 tys. tomów dzieł polskich i obcych, opłata miesięczna 60 kop.). W 1876 powstał projekt biblioteki miejskiej (niezrealizowany).
Z końcem XIX w. wymieniana była biblioteka przy synagodze, w XI 1898 otwarto bezpłatną bibliotekę przy prawosławnym bractwie św. Mikołaja (ok. 1900 książek i czasopisma o treści religijnej i historyczno-prawnej), a rok później przy szkole początkowej bibliotekę ludową, niepopularną w mieście (ok. 300 wyłącznie rosyjskich książek). Rosyjskojęzyczne księgozbiory znajdowały się przy klubie oficerskim, w progimnazjum i szkołach początkowych, a czytelnia także przy sklepie z dewocjonaliami (1812/13 - 256 osób). 15 X 1906 powstała biblioteka i czytelnia Polskiej Macierzy Szkolnej, będąca protoplastką dzisiejszej biblioteki miejskiej, a następnie Stow. św. Zyty założyło bibliotekę parafialną. W 1909-39 czynnych było kilka bibliotek żydowskich
W latach międzywojennych największym na Zamojszczyźnie księgozbiorem dysponowało gimnazjum męskie (22 tys.), w żeńskim mniejsze (6 tys.). W szkołach podstawowych największą bibliotekę miała "szóstka" (2820) i "jedynka" (1050). Mniej zasobna była Biblioteka PMS (od 15 X 1924 na Nowej Osadzie - Podtopole 13 , lokal Okręg. Tow. Rol). Małe biblioteki (przec. ok. 300 t.) posiadały organizacje TUR (od 1928, w domu Sajęczuka przy ul. Kilińskiego), ZMW (od 1920), Klasowe Związki Zawodowe (1926), Biały Krzyż (przy obu pułkach), Katolickie Stow. Młodzieży (od 1929), Stow. Urzędników Skarbowych (od 1932), Sodalicja Mariańska (1935 - 370 t., 85 abonentów), ZLOL (1934). W 1932-48 przy ul. Akademickiej czynna była (również w czasie okupacji) - wypożyczalnia przy księgarni Kąpickiego  z 5172 t. (1939).
W 1930 powstała jako trzecia w wojew. Społeczna Centrala Bibliotek Ruchomych. W 1936 powstała biblioteka nauczycielska, formalnie oddział Centralnej Biblioteki Pedagogicznej a w 1951 powiat. biblioteka nauczycielska, znana obecnie jako Biblioteka Pedagogiczna.
W 1930 powstała Powiat. Centrala Bibliotek Ruchomych w Zamościu. W 1921 powstały biblioteki w obu pułkach - oficerskie, a w 1928 żołnierskie, ponadto biblioteczka TWW, która w 1930 oddała książki w depozyt wspomnianym biblioteczkom oficerskim. Była także biblioteczka więzienna (od 1920) i policyjna (od 1926).
Przez krótki czas w Zamościu złożone były zbiory biblioteki pelplińskiej (m.in. 606 inkunabułów). Straty wojenne poniosły biblioteki szkolne, w całości  nr 1 (1050), nr 2 (910), nr 3 (880) albo prawie w całości nr 6 (2700 z 2820).


 * 29 XI 1923 do rejestru wpisana została Akademika Biblioteka Naukowa Zamościu, o której nikt później nie słyszał.