W dziejach miasta najstarsze archiwum istniało oczywiście przy władzach miasta, gromadzących najważniejsze dokumenty związane z Zamościem. Były to przywileje i wypełniane stopniowo księgi miejskie, odnotowujące ze utylitarnych względów wszystkie przejawy życia w mieście, a archiwum była solidna skrzynia miejska. Wywiezione w 1811 księgi miejskie Zamościa, nigdy już do Zamościa nie wróciły. Ponownie wywieziono z Zamościa akta miejskie w 1915 i w tej sprawie zwrócono się w 1922 do przebywającego w Ufie b. burmistrza  M. Szajnowicza gdzie są archiwa miejskie, księgi ludności, plany a także dokumenty pieniężne i co się z nimi stało.
Były jeszcze trzy organizmy, wszystkie powiązane z rodem Zamoyskich, które tworzyły swoje zbiory dokumentów – Ordynacja Zamojska, Akademia Zamojska i Kapituła Zamojska. Archiwum Ordynacji gromadzono w bliżej nie określonym miejscu w pałacu. Trwało do czasu gdy miasto przeszło na własność władz rosyjskich i wywiezione zostało do Klemensowa, Zwierzyńca i Warszawy, obecnie w Warszawie i Lublinie. Archiwum Akademii Zamojskiej, po jej zamknięciu stało się sukcesją archiwum ordynackiego. Trzecie cenne, sięgające początków miasta Archiwum Kapituły wraz z aktami bezpośrednio kolegiaty zamojskiej tworzone było do ostatnich lat, rozdysponowane między Lublin i Zamość.
Mniejsze zasoby dokumentów posiadały cechy rzemieślnicze, społeczność żydowska i ormiańska. Chronione przez wieki przetrwały w niewielkim stopniu do czasów współczesnych. Dla doraźnych potrzeb planistyczno-kartograficznych  powstawał w XIX w. ogromny zbiór dokumentacji związany z wojskowymi dziejami miasta, teraz spoczywający w Petersburgu i Moskwie.
Oprócz powołanego w 1950 Archiwum Państwowego, z urzędu zbiory archiwalne prowadzą: Biuro Notarialne, Urząd Stanu Cywilnego, Delegatura Służby Ochrony Zabytków. Dużym zasobem archiwalnym dysponują archiwa zakładowe urzędu miasta i Szpitala im. Jana Pawła II, a poza siecią państwową kuria biskupia i poszczególne parafie. Interesujący zasób posiada Muzeum Zamojskie i Galeria Zamojska, Orkiestra im. K. Namysłowskiego. Poza Zamościem znalazły się akta TSWL.

 * W 1654 w obliczu zagrożenia wojną przywieziono do Zamościa i złożono w ratuszowych piwnicach chełmskie księgi miejskie. W 1703 zabezpieczono tu księgi ziemskie grabowieckie i chełmskie.
 * Dawniej stare dokumenty magistrackie przechowywano na strychu ratusza. Kiedy w 1936 zamierzano przeprowadzić generalny remont, musowo było usunąć je ze strychu. W tym celu wybudowano prowizoryczną komórkę przy dawnej remizie strażackiej i tam zwalono wywiezione dokumenty. Miały być uporządkowane. Magistrat zaangażował specjalnego pracownika, który brał się do tego opieszale i tak zastała to wojna i Niemcy wszystko prawdopodobnie spalili. Niemcy zajęli ratusz, a magistrat przeniesiono do d. starostwa przy ul. Akademickiej. Po wyzwoleniu Magistrat powrócił do ratusza i przydzielono pomieszczenie na archiwum przy kancelarii  ogólnej. Nastał okres „makulatury” i zarządzono porządkowanie archiwów. W ratuszu powierzono je Związkom Zawodowym. Nikt się na tym nie znał. Akta spakowano do worków i zawieziono do składnicy makulatury. Było to w 1953 lub 1954. Związki Zawodowe się cieszyły bo otrzymały ok. 600 zł. I tak uporządkowano archiwum. Były to dokumenty całego urzędu, także wydziału architektury.