Zamość ma swoje miejsce w europejskiej archeologii poprzez "skarb z Zamościa" (osobne hasło). Znaleziska archeologiczne gromadziło gimnazjum (m.in. urny amforowe, 1922, siekierki krzemienne). Działo się to dzięki pasji Michała Pieszki, który organizował uczniowskie ekipy archeologiczne, dokopując się cmentarzysk w Hubalach i Topornicy. Dopiero po opinii specjalisty o szkodliwości amatorskich wykopalisk, zaprzestał dalszych eksploracji z młodymi entuzjastami archeologii.
Przed wojną zbiór archeologiczny miało muzeum, w którym otwarto w 1952 stałą wystawę archeologiczną. Od l. 60. przy okazji badań architektonicznych sondaże archeologiczne prowadziła Politechnika Krakowska.
Prace badawcze związane z renowacją prowadzone były od 1970 przez archeologów z PKZ Lublin (wykopy w rynkach celem ustalenia poziomów i chronologii), a także z Warszawy oraz Muzeum Archeologiczne (bastion VII). Od 1976 badano także fortyfikacje. Obok zadań programowych prowadzone są nadzory archeologiczne. Ustalono m.in. rodzaj dawnych nawierzchni ulic (w 1975 podczas badań ul. Staszica znaleziono łącznie 30 monet, najstarszy grosz Zygmunta III), fundamenty nieistniejących budowli. Na Rynku Wielkim przy obniżaniu nawierzchni odkryto pozostałości pręgierza i zebrano 100 tys. fragmentów ceramiki, szkła, żelaza, kości. Łącznie w 3 lata na Starym Mieście uzyskano 65 tys. fragmentów wyrobów glinianych (ponad 50% siwaki), 110 tys, szczątków kostnych i ok. 17 tys. fragmentów wyrobów szklanych, metalowych, skórzanych itp. Prace badawcze prowadzono też na Zamczysku (osobne hasło). W 1986 odkryto relikt mostu przy ul. Szczebrzeskiej.
Od VI 1977 w PKZ była Pracownia Archeologiczno-Konserwatorska. W ostatnich latach badano Akademię. Opracowane zostały m.in. staropolskie fajki, kafle i naczynia gliniane z terenu Starówki. Największe zasługi przy badaniach mieli archeolodzy: Irena Kutyłowska z Lublina, Tadeusz Nawrolski (do 1980), Paweł Dębowski (1979-84), oraz Ryszard Pomarański (1982-90) i Artur Witkowski (od 1985) z Zamościa. Łącznie do 1999 prace wykopaliskowe objęły ok. 0,4 ha a nadzory archeologiczne ponad 1,6 ha obszaru staromiejskiego.
Między Przedmieściem Lubelskim i Sitańcem znajdowało się niegdyś 5 nasypów ziemnych, opisanych na pocz. wieku jako "grodziska", kurhany i nasypy, a przez miejscowych nazywane "bateryami". Dzisiaj poza jednym (Łysa Góra) nie istnieją.


 * W 1994 na budowie nowej poczty przy ul. Kościuszki w sześciu starych piwnicach na głębokości 5 m, wydobyto 4 całe garnki, 3 zdobione fajki gliniane, kamienną doniczkę, monety oraz starą kupiecką pieczęć z mosiądzu z poł. XIX w.
* Znaleziska ruchome z l. 70-ych - Wśród naczyń była wyraźna grupa naczyń glinianych z pracowni kieleckich (czerwonawa lub czerwonawobrązowa ornamentacja zygzaków, linii falistych i poziomych), kufle z cynowymi pokrywami, o wielobarwnych polewach, fajki, gł. tzw. złożone, zdobione rozetami, kwiatami, palmetami, motywem jodełki, wicią roślinną, szklane kufle, dzbany, także flasze (m.in. czworoboczna z napisem "Dantzig"), kielichy, szklanice, flakoniki.