W programie Akademii były dzieła dotyczące astronomii, ktorą wykładano okazyjnie (rękopisy wykładów Ursinusa), pewną wiedzą wykazywał się Stanisław Niewieski (osobne hasło), prowadził względnie poprawne obserwacje astronomiczne, korespondował ze słynnym astronomem J. Heweliuszem. W notatkach profesorskich rysunek orbit umiejscawiał Słońce między Wenus i Marsem! Ursinus i Niewieski uchodzą też za prekursorów polskich badań filologiczno-przyrodniczych. W inwentarzu z 1674 przeżywającej głęboki kryzys uczelni odnotowano astrolabium do oznaczania gwiazd. W najgorszym okresie w Akademii, liczącą się dyscyplinę "naukową" stanowiła astrologia.
Miernikiem postępowości Akademii był stosunek do teorii kopernikańskiej. Obok twierdzeń, że jest błędna i niebezpieczna, znajdujemy w pismach profesorów jej pochwałę: Stanisław Duńczewski z wielkim podziwem wyraził się o systemie Kopernika, chociaż nie oświadczył się za nim stanowczo (1749), Klemens Poniatowski systemat z prawami zgodny, a Pismu św. nie sprzeciwia się, bo Pismo nie uczy astronomii (1768), Mateusz Żłoba godzi się z fizyką i wiarą, lecz jako zbyteczny i przeciwny Pismu św. odrzucić go wypada (1774), Ignacy Borowski jako hipoteza z dziwna łatwością niebieskie fenomena tłumaczy, fizyce nie jest sprzeczny i broniony być może (1780), a Ignacy Kobylański trzyma się Kopernika i powstaje przeciwko tym, którzy uważają, że się sprzeciwił wierze (1782).
Poważniej można potraktować to co w 1819 przedstawił Warszawskiemu Tow. Przyjaciół Nauk Andrzej Pióro z Zamościa - wykład systematu Kopernika i o przyczynie obrotu ziemi. Wielokrotnie odwiedzał Zamość dyr. warszawskiego Obserwatorium Astronomicznego brat infułata zamojskiego - Jan Baranowski, który ogłosił po polsku słynne dzieło Kopernika De Rewolutionibus... (1854). W 2009 powstało Zamojskie Stowarzyszenie Miłośników Astronomii (prezes Andrzej Rzemieniak, 10 czł.).

 !!! W poł. l. 90. jeden z więźniów zamojskiego ZK poinformował astronomów z Uniwersytetu w Torunia o doniosłym odkryciu, śmiem twierdzić - pisał - że ziemia wokół własnej osi, a względem słońca kręci się w lewą a nie w prawą stronę, udowadniając to odpowiednio długimi i skomplikowanymi wyliczeniami. Jak konkludował, potwierdzeniem tego mogą być zasady zdrowego rozsądku i podstawowe prawa logiki. Z równym wdziękiem więzień uporał się też z teorią Kopernika - sławny astronom wiedział doskonale o prawidłowym kierunku obrotów ale po prostu chciał oszukać trzymających go w ryzach dostojników kościelnych.