Akademia, jak każda instytucja naukowo-dydaktyczna potrzebowała bogatej biblioteki, zwłaszcza, że była to uczelnia stricte humanistyczna. Pomoce naukowe w tym zakresie, jeśli pominąć atlasy, mogły dotyczyć najwyżej map (w 1674 zakupiono m.in. mapę na wałkach obszytą taśmą i pstrym galonem po brzegach. Z pocz. XVIII w. wzmiankowana jest mapiarnia, m.in. z mapą ziemi), oraz 2 wielkie globusy tj globy matematyczne (używane jeszcze w 1753) czy urządzenia astronomiczne, jak astrolabium do oznaczania gwiazd. Formalny tylko status wydziału medycyny z pewnością ograniczył się do wymienionego przez cały XVIII w. szkieletu ludzkiego tzw sztuki anatomicznej (skeleton renarum humanorum).
Schyłkowy okres okres zamojskiej Akademii przypadł na epokę Oświecenia. Mimo, że nauki ścisłe miały tu charakter uzupełniający, było w niej szereg pomocy związanych z nauką fizyki, które potem przejęło Liceum Królewskie. W skład „muzeum” fizycznego (stół, 8 szaf) wchodziły narzędzia zaprzeczające trochę obiegowym opiniom o staroświeckim, zacofanym charakterze uczelni. Były m.in. dwa czworograny Franklina, 2 półkręgi magdeburskie, maszyna elektryczna z przewodnikiem mosiężnym, rura Newtona do wymiarkowania wagi, Baroskop Hockego do mierzenia wilgotności z termometrem Reumarea, barometr, model pompy przyciskającej i ssącej, aerometr do gęstości płynu, kolumna galwaniczna ze skrzyneczką, studnia mosiężna Herona, waga hydrostatyczna z ważkami i obcęgami, wypróżniacz zwyczajny, 2 kierowniki iskier, latarnia magiczna albo czarnoksiężnika do rzucania na ekran, 4 wagi (hydrostatyczne z ważkami i obcęgmi),  ponadto wiele „szkła” walec, retorty, dynie, lejki, wydęta kula, wydrążony również szklany walec, tablica  z 5 gałkami z kości słoniowej oraz 5 małych dzwonków.
Obok cytowanych narzędzi fizycznych było laboratorium chemiczne (brak szczegółów), gabinet zwierząt ssących i ptaków a także wyposażenie Sali Rysunkowej.