W czasie wojen poł. XVII w. Akademia nie przerywa działalności. Spadła jednak liczba nowo przyjmowanych studentów (nawet do 20 rocznie). Uczelnia nabierała zdecydowanie nieszlacheckiego charakteru i to zarówno w gronie słuchaczy (młodzież szlachecka ok. 5%), jak i profesorów. Do Akademii przybywała młodzież mieszczańska z uwagi na kariery kościelne, bądź notariaty, ale coraz częściej wstępowano tu jedynie dla odbycia nauk początkowych. Od 1674 istniał zresztą tylko wydział wstępny z 5-6 klasami (uczono głównie gramatyki łac., historii Grecji i Rzymu, geografii, matematyki). Nauczanie przechyliło się ku tradycyjnym studiom teologicznym.
Na przełomie XVII/XVIII w. nastąpił całkowity rozkład życia akademickiego. Zanikła dyscyplina, a gnuśną bezczynność przerywały tylko z rzadka demonstrowane pozory działalności naukowej. Wiele czasu natomiast zajmują zabiegi o korzyści materialne i honorowe splendory (np. w 1700 na uroczystości jubileuszowe do Rzymu wyjechało aż 3 profesorów), związane z tym intrygi. Z upodobaniem celebrowano liczne, akademickie (Jan Kanty) i kościelne uroczystości (iluminowano wtedy bramy, malowano na płótnie perspektywy, w procesjach studenci nieśli pochodnie smolane, a profesorowie świece, śpiewano hymny, grała kapela, były nawet salwy armatnie). Zbyt hojnie szafowano też doktoratami. Istniała więc niejako po to by nadużywać praw akademickich (przywilej z 1669 zakazywał otwierania szkół wyższych w promieniu 12 mil, a profesorom przyznawał tytuły szlacheckie).
Utrwalają się rządy kanoników (prawie nie pojawiają się już nauczyciele świeccy). W 1709 było tu w ogóle tylko 5 profesorów, a później są lata gdy nie pojawia się żaden nowy uczeń. Na opłakany stan akademii miała też wpływ dewaluacja uposażeń i fundacji, a także nie przynoszące rezultatu próby rewindykacji należnych sum ordynackich. Podkreśla się jednak, że uposażenia mieli lepsze od profesorów krakowskich, mimo tego, to krakowskie profesury były odskocznią do karier kościelnych i świeckich. Dochodzi do zatargów Kapituły z ordynacją.
O upadku uczelni, bałaganie, lenistwie profesorów informowały kolejne wizytacje biskupie (1678-1704). Próby reform spotykały się ze sprzeciwem akademików i Kapituły. Nie wiele sobie robiono z poczynań biskupich, gdyż po długoletnim sporze kompetencyjnym w wyniku zawartej w 1694 ugody jaworowskiej imieniem króla Akademia oddana została w całkowitą zależność od Kapituły. Ewentualne propozycje zmian napotykały na arogancję akademików. Jawnie wyrażali swoją radość, gdy np. sprowadzony tu z Włoch profesor zmarł w miesiąc po przyjeździe. Z bezczynności obudziła ich konkurencja lwowskich jezuitów. Reformy tej anachronicznej już instytucji próbował bezskutecznie również Tomasz Józef Zamoyski (1708). Rozległy, ale zupełnie nierealny z braku funduszy plan reformy opracował na życzenie Tomasza Antoniego Zamoyskiego bp Andrzej Załuski (1745). Tego roku z 18 katedr istniało 12 - uczono tylko na 6 i to nieregularnie (teologia, fizyka, logika i matematyka, retoryka, poezja i składnia, analogia i ortografia). Dzieje Akademii Zamojskiej 1594-1648, 1746-1784

 * Wg jednego z rosyjskich wydawnictw z 1666 - Akademia osiągnęła najwyższy stopień rozkwitu, będąc równą Akademii Krakowskiej.
 * Ze wspomnień Franciszka Karpińskiego - Ledwie zaczęto procesje – akademik zamojski, w ławach siedzący, umyślnie przysłany na to z Zamościa, ogromnym głosem zawołał: „Protestuje się nieważność tego aktu”. Jezuici strwożeni i zagniewani, z kościoła wytrącić go kazali, a ja berłem moim w głowę go uderzywszy, dobrze go przygłuszyłem, drugi mój kolega już go był za łeb chwycił i było by co gorszego nastąpiło, gdyby nie Jezuici przybiegłszy ratowali protestującego się, który spokojnie, tylko za drzwi kościelne wyprowadzony został. Przyczyną protestacyi było  zgwałcone dawne prawo akademii Zamojskiej, którem warowano, ażeby o 20 mil od Zamościa żadna Akademia nie było.   
 * Z powodu zarazy od 24 X 1711 do 27 I 1712 trwała przerwa w nauce.
 * W XVIII w. przybywało świętych, których czczono w Akademii, do św. św. Hieronima, Tomasza z Akwinu, Katarzyny, Grzegorza, Łukasza Ewangelisty, doszli Klemens i Teresa (1741), Bonawentura (1744), Chryzostom (1746), Jan Nepomucen (1747). Świętowanie wiązało się z dniem wolnym dla studentów.
 * Na przełomie XVII i XVIII w. Akademia czerpała dochody także m.in. z wynajmowania ok. dziesięciu mieszkań, z winnicy "koplowskiej", z karczmy w Bukowinie, od 1662 corocznie 80 zł wpłacane przez Owanisowicza, a potem wdowy po nim (zapisane na jego domu) i  i przez pewien czas od szkoły żydowskiej (od Żydów z Szkoły Zamoyskiey). W 1674 mowa o jednym z bardziej okazałych domów akademickich, domu Dawidowym zajmowanym przez Żyda Mendla, prawdopodobnie później w tym miejscu klasztor reformatów.
 * J. K. Kochanowski pisze o tym okresie - Szkółka zamojska zdawała się istnieć, po to tylko, aby nadużywać w sposób bezczelny, czy naiwny a niesmaczny, praw przywilejów i prerogatyw Akademii.