Czynna w 1594-1784, trzecia w kraju szkoła wyższa (po Krakowie i Wilnie). Założona została na wzór uniwersytetu (wydziały, nadawanie stopni), ale zgodnie z dokumentem erekcyjnym nosiła miano niższej znaczeniem akademii. W rzeczywistości była jednak instytucją po między szkołą wyższą i średnią.
W intencji Jana Zamoyskiego - jej fundatora - miała być szkołą obywatelską, przygotowującą młodzież szlachecką do służby publicznej, wzorowaną na słynnej szkole Jana Sturma w Strasburgu, stąd przykładając dużą uwagę do prawa  publicznego i cywilnego oraz znajomości polskich instytucji i urzędów. Miał to być również nowy ośrodek życia naukowego na wschodnich terenach Rzeczypospolitej, będący zarazem głównym łącznikiem polskiej myśli naukowej z Zachodem, podejmującym pracę w szeregu zaniedbanych w kraju dziedzinach naukowych (powstała w okresie gdy rozwój nauki w Polsce zaczął słabnąć).
Doradcą fundatora, współorganizatorem Akademii był poeta i humanista Szymon Szymonowic, który m.in. angażował pierwszych profesorów.Pomagali mu m.in. J. Herburt i J. Caselius.
DOKUMENTY. Powstanie Akademii ogłosił publicznie J. Zamoyski 5 IV 1594. Bullę erekcyjną Akademii wydał 29 X 1594 papież Klemens VIII, zastrzegając, że gdyby Akademia odstąpiła od wiary katolickiej, uposażenie przejąć miał biskup. Kolejne potwierdzające bulle ogłaszali potem - Paweł V (6 VI 1617), Innocenty X (26 IX 1648), Innocenty XI (20 II 1688) i Benedykt XIV (1745, 1754, 1757). W XII 1594 ukazała się odezwa Zamoyskiego z okazji otwarcia uczelni, ze słynnymi słowami TAKIE SĄ RZECZYPOSPOLITE, JAKIE ICH MŁODZIEŻY CHOWANIE. Akademia rozpoczęła działalność 15 V 1594. Przywilej fundacyjny Akademii ogłosił J. Zamoyski dopiero 5 VII 1600. Następnego roku dokument ten potwierdził przywilejem królewskim Zygmunt III (23 IX 1601), a później kolejni panujący: Władysław IV (24 X 1634), Jan Kazimierz (22 V 1666), Michał Korybut (26 XI 1669), Jan III (20 II 1676), August II (1717), August III (25 XI 1746), Stanisław August (1764). W 1610 powstał statut Akademii.
FUNDUSZE. Na utrzymanie uczelni przeznaczył kanclerz przynoszącą 1000 zł dochodu rocznie wieś Bukowinę (gm. Biszcza) i obiecał kolejną oraz zapis Szymona Ługowskiego prepozyta miechowskiego przynoszący rocznie 1500 zł dochodu. Z obietnic ordynata wywiązał się dopiero jego syn (1623), ale dochód (1088 zł) przeznaczył do podziału z i tak lepiej uposażoną Kapitułą. Były to środki niedostateczne. Dopiero kolejne zapisy testamentowe profesorów, a przede wszystkim znaczące fundacje dokonane przez Szymona Birkowskiego (18 tys. zł), Sz. Szymonowica (12 tys. zł) i Kacpra Solskiego (17 tys. zł), podniosło fundusze Akademii do wyższego poziomu. Na majątek uczelni oprócz dóbr ziemskich, nieruchomości miejskich, różnych sum zapisywanych na hipotekach, składały się zalegające kapitały ze skarbca ordynackiego, ok. poł. XVIII w. sięgające 30 tys. zł (bez zapisów na bursy i 3 fundowane katedry) przynoszące ponad 7 tys. dochodu rocznie. Wraz kolegiatą posiadała poważny potencjał majątkowy, w pewnym momencie 184.350 złp.
ROLA KAPITUŁY. Wraz z Akademią ufundował Kanclerz Kapitułę Zamojską, łącząc je ściśle więzami organizacyjno-prawnymi. Celem takiego zespolenia miało być m.in. podniesienie skromnych uposażeń profesorskich. Na honorowane pensjami godności kanonicze mieli być powoływani najbardziej zasłużeni profesorowie (warunkiem były oczywiście święcenia kapłańskie). Z ramienia Kapituły nadzór nad Akademią pełnił scholastyk, który w istocie przewyższał znaczeniem nawet rektora. Kapituła wkrótce zyskała decydujący głos na uczelni (1610), która stopniowo nabierała charakteru kościelnego, a z czasem grono akademickie i kapitulne zaczęły tworzyć w dużej mierze te same osoby. Ponad obiema instytucjami stał biskup chełmski, z urzędu kanclerz Akademii - najwyższy jej zwierzchnik (z grona profesorskiego wybierano wicekanclerza). Bulla z 1617 postawiła ponad nim opiekunów (patronów) Akademii - ordynatów, w praktyce uniezależniając Kapitułę od biskupa. Spowodowało to potem liczne spory i zatargi kompetencyjne (ugoda jaworowska z 1694). Doszło nawet do rzucenia klątwy na Kapitułę (1641), z drugiej strony do otwartego bojkotowania przez nią wizytacji i prób reform.
WŁADZE. Na czele zarządu Akademii stał rektor - Rektorzy Akademii Zamojskiej. Do zarządu wchodzili jeszcze, jako drugi co do ważności dziekan Akademii (m.in. egzaminował kandydatów na profesorów, a także kontrolował profesorów i studentów), kwestor  (administracja dochodami) i 4 a później 3 radnych - dwaj profesorowie wyższych katedr, 1 z niższej i 1 student. Wybory do władz odbywały się corocznie 9 lub 10 V. Brali w nich udział: ordynat lub jego pełnomocnik z prawem 2 głosów oraz ustępujący rektor, 3 prałaci kolegiaccy, wszyscy profesorowie i 5 studentów. Akademia zatrudniała 2 bedeli (woźnych), którzy m.in. zwoływali posiedzenia, pilnowali studentów, wymierzali kary cielesne oraz odźwiernego (stróża zw. też szwajcarem).
SIEDZIBA. Pierwotnie mieściła w przebudowanej stajni hetmańskiej i prawdopodobnie wobec dużej liczby studiujących korzystano również z innych, nie znanych nam obiektów. Ponad pół wieku później otrzymała siedzibę w nowym, przestronnym gmachu. Gmach Akademii Zamojskiej
INSYGNIA. Składały się na nie akademickie godło, którego wyobrażenie zawierały akademickie pieczęcie. Większa była okrągła, mniejsza owalna, z napisami w otoku: Sigillum Universitatis Generalis Studii Zamoscensis. Obie pieczęcie były ze srebra. Większej używano tylko do najważniejszych dokumentów (np. dyplomy doktorskie). W czasie posiedzeń pieczęcie jako oznaka władzy leżały przed rektorem, podobnie jak przywilej i statut Akademii.
W czasie uroczystości obok rektora zawsze znajdowały się trzymane przez bedeli berła. Ceremonialną szatą rektorów  były Togi akademickie. Do insygniów rektorskich należał także złoty sygnet z wyrżniętym w krwawniku herbem akademii, oraz złoty podwójny łańcuch z medalem przedstawiającym św. Augustyna - pierwszego patrona Akademii. Od 1702 był nim św. Jan Kanty. Togi, jak i berła, a także dokumenty przechowywane były początkowo w służącej jako archiwum skrzyni.
WYDZIAŁY i KATEDRY. Według bulli papieskiej miał to być wzorowany na włoskich, uniwersytet o 3 wydziałach: filozofii zwanej wydziałem wstępnym (artes), prawa i medycyny, a od 1648 teologii. Pierwszy miał przygotowywać do właściwych studiów. Faktyczny podział na wydziały nastąpił dopiero po reformie z 1746. Nawet wówczas jednak wydział medyczny istniał jedynie z nazwy.
Pierwotnie Akademia posiadała 10 katedr: stopnia niższego (wstępnego) - 1. gramatyki (analogii) i ortografii, 2. poezji i składni (prozodii i syntaksy), 3. początków filozofii i retoryki, oraz stopnia wyższego (normalnego) - 1. retoryki, 2. matematyki, 3. logiki i metafizyki, 4. fizyki (filozofii naturalnej) i medycyny, 5. filozofii moralnej (etyki) i polityki, 6. prawa powszechnego (cywilnego), 7. prawa polskiego. Tylko trzy ostatnie miały charakter akademicki. W 1600 bp Jerzy Zamoyski ufundował dodatkowe katedry teologii i prawa kanonicznego (cofnięte 1617), następnie Szymon Birkowski - historię (1626), Sz. Szymonowic - teologię (1629), Katarzyna Zamoyska - teologię moralną i scholastykę (1640, 1641), Kacper Solski - prawo kanoniczne (1647), Andrzej Kłopocki - ortografii (1648), Jakub Solski - medycyny (1653), Kazimierz Osęcki - postępowania kanonicznego (pocz. XVIII w.). Miała wówczas Akademia tyle katedr, co bogata uczelnia wileńska.
W 1746 dokonano nowego podziału katedr, a także utworzenia kilku nowych: wydział teologii - 1 i 2. katedry teologii scholastycznej, 3. teologii polemicznej, 4. teologii moralnej; wydział prawa - 1. prawa kanonicznego, 2. prawa cywilnego, 3. prawa polskiego, 4. postępowania kanonicznego; wydział filozoficzny - 1. matematyki, 2. fizyki, 3. logiki i metafizyki, 4. wymowy i dialektyki; wydział medycyny - katedra medycyny. Ponadto wydzielono jeszcze szkołę niższą z klasami: 1. retoryki, 2. poezji i składni, 3. gramatyki (analogii), 4. gramatyki (infimy), 5. ortografii, 6. języka francuskiego, 7. języka niemieckiego. W ostatnich latach istnienia Akademii w praktyce obowiązywał podział na 4 klasy niższe (retoryki, poezji, gramatyki, ortografii) oraz 4 wydziały akademickie a także lektoraty obu wspomnianych języków. Na czele katedr stali profesorowie.
ORGANIZACJA NAUKI. Program nauczania w Akademii realizowano w dwu poziomach: niższym 5-letnim i wyższym 6-letnim. Przyjmowany do Akademii najczęściej 7-letni chłopiec rozpoczynał naukę od czytania i pisania w języku polskim. Jeszcze pierwszego roku przyswajał sobie też początki łaciny i greki, wyłącznie już obowiązujących podczas wyższego kursu. Po ukończeniu klas niższych wszyscy słuchali wykładów z matematyki, logiki, metafizyki i retoryki, po czym student wybierał prawo, teologię lub filozofię. Nie wykluczone też, że formalnie przynależąc do któregoś z wydziałów słuchał według własnego wyboru również profesorów innych katedr. Poszczególne katedry miały swoje sale. Zajęcia trwały 4-6 godzin dziennie przez 6 dni tygodnia, powtarzano materiał w sobotę (ostatnia w miesiącu - egzaminy). Wakacje letnie trwały 6 tygodni (do 24 VIII), po reformie z 1746 dłużej - od 29 VI do 8 IX (na wydziale filozofii krótsze o 16 dni). W szkole niższej były tylko miesięczne wakacje. Wakacje zimowe trwały od 20 XII do 6 I (w szkołach niższych krócej). Było również wiele świąt, przed którymi zajęcia zawieszano już w wigilie.
PROFESOROWIE zob: Profesorowie Akademii Zamojskiej.
UCZNIOWIE I STUDENCI zob: Studenci Akademii Zamojskiej.
DOKTORATY zob: Doktoraty w Akademii Zamojskiej.
INSTYTUCJE AKADEMICKIE. Od początku istniała przy Akademii biblioteka zob. Biblioteka Akademii Zamojskiej i drukarnia zob. Drukarnia Akademii Zamojskiej oraz  bursa zob. Bursa akademicka. Zamojska uczelnia posiadała czynną w 1637-1774 kolonię akademicką w Ołyce pod Łuckiem (uniwersytet krakowski miał 43 kolonie), powstałą na bazie kolegium fundowanego przez Albrechta Radziwiłła. W 1760-67 istniał przy Akademii konwikt szlachecki, upadły z braku środków i niewielkiego zainteresowania nim młodzieży. W programie nauk pojawiły się m.in. optyka i statyka, geografia i chronografia, meteorologia, jak też historia świecka i Polski. W 1621 Tomasz Zamoyski założył nadzorowaną przez Akademię "wyższą szkołę elementarną". Pod opieką Akademii znajdować się miały również małe szkółki po miasteczkach ordynackich. Akademia "posiadała" swoją kaplicę w Kolegiacie. W 1776 powstało zrzeszające studentów bractwo Sodalicji Mariańskiej.
ZNACZENIE AKADEMII. Jej progi przekroczyło w ciągu 190 lat jej istnienia ok. 12 tys. scholarów. Wyszły z niej setki notariuszy, bakałarzy, magistrów i doktorów. Mimo wszystkich przywilejów nie potrafiła ich użyć. Znaczenie uczelni jako naukowej placówki uniwersyteckiej było krótkotrwałe. Istniała jednak w okresie, gdy nauka i oświata w Rzeczypospolitej znajdowała się w głębokim upadku i nie słuszne wydają się opinie całkowicie potępiające jej działalność.
Nie bez znaczenia była Akademia dla miasta.  Jak argumentowali w 1772 obrońcy uczelni, każdy student wydawał rocznie ok. 200 zł (zyski ze stancji, stołowania), znacznie większą "intratę" zostawiali profesorowie, a także rodzice, krewni, którzy oprócz konsumpcji, nie obchodzą się bez kupna w kramach, sklepach sukna materii etc.
Była Akademia Zamojska taką, jak inne placówki uniwersyteckie tamtej epoki, czemu dał wyraz obrazowym porównaniem Stanisław Załuski. Występując z pomysłem założenia Poniatowskiej Wszechnicy, pisał o innych uczelniach - szkielecie krakowskim, trupie wileńskim, embrionie zamojskim i poronionym płodzie lwowskim. Nie powstała współczesna monografia szkoły (fundamentalne opracowania J. K. Kochanowskiego i J. A. Wadowskiego pochodzą z przełomu XIX/XX w.).
W 1988  powstała Fundacja Akademii Zamojskiej (osobne hasło), której docelowym zadaniem miało być reaktywowanie Akademii.
Osobne hasła: Dzieje Akademii Zamojskiej 1594-1648, 1648-1746, 1746-1784

 !!! Przed Zamościem otwarto uniwersytety w Edynburgu (1578), Grazu (1586) i Dublinie (1592), a później w Cagliari (1596).
 * Znajduje się w tym mieście Akademia publiczna, w której nauczają wszelkich nauk, i dwa stopnie doktorskie, oprócz teologii, tudzież seminarium na 50 ubogiej młodzieży nazywanych Alumni.Utrzymywani, żywieni i odziani są kosztem kanclerza, w czem wszystkim okazuje umysł prawdziwie szlachetny i wspaniały. (Bonifacy Vanozzi)
 * W 1678 legat papieski Franciszek Martellus - oprowadzany po gmachu przez rektora miał wyrazić się, iż nie widział w Polsce nic równie wspaniałego jak Akademia Zamojska. (za dr. B. Sawą).
 * W Akademii profesorowie zasiadali do obiadu przy 2 stołach, przykrytych obrusami, wieczerzę przy lichtarzach, a ubogi student czytał żywoty świętych. W kuchni zatrudniony był szafarz, gospodyni, parobek, kucharz, chłopiec kuchenny i kuchta. Wspólnie z kuchnią z ceglanym kominem znajdowała się piekarnia.