Powołana 6 I 1995 jedna z trzech BOT w Polsce (obok Gdańska i Mińska Maz.), otrzymała symbol J.W. 3391. Miano "Zamojskiej BOT" otrzymała 1 IX 1996. Obiekty po TSWL przejęła 1 XI 1995. Podlegała Krakowskiemu następnie Śląskiemu Okręgowi Wojskowemu. W skład Brygady wchodziły pododdziały: piechoty zmotoryzowanej, rozpoznawczy, łączności, logistyczny. 14 VIII 1997 ZBOT otrzymała sztandar (uczestniczył minister ON i ks. bp Leszek Sławoj Głódź), ob. ten dzień świętem batalionowym. W 2000/2001 jesienią i wiosną przysięgę złożyło 200 żołnierzy (jeszcze na pocz. l. 90. przysięgę w Zamościu składało jednocześnie ponad tysiąc żołnierzy), w VI 2003 - 80, XII 2005 - 217. W 2006 co 3 m-ce do Zamościa przyjeżdżało 450 świeżych żołnierzy ucząc się podstaw wojskowego rzemiosła. Dowódcy: 1995-98 płk Bernard Zwierz, 1998-2005 płk Zbigniew Winiarski, 2005-2007 ppłk Jerzy Trynkiewicz, 2007 ppłk Piotr Sadziak, 2007 ppłk Stanisław Lenart.
W 1998 szef sztabu ZBOT ppłk Marian Miszczyszyn dowodził polskim batalionem w siłach ONZ na wzgórzach Golan w Syrii (350 żołnierzy). W 2000 na poligonie drawskim ZBOT był bezkonkurencyjny w rywalizacji ze specjalistycznymi pododdziałami rozpoznawczymi elitarnych jednostek. W 2005 szer. Szymon Filipczuk z BOT został mistrzem WP w strzelaniu z kbkAK, a drużyna ŚOW, w której na trzech - dwu z BOT wicemistrzostwo WP.
1 I 2008 brygadę przeformowano w 3 Batalion OT (osobne hasło)

 * Zamościanin mjr Marek Saba (1957) w 1995-96 był przez 14 miesięcy głównym logistykiem i oficerem operacyjnym jednostki szybkiego reagowania Tymczasowych Sił Pokojowych UNIFIL w Libanie.