Przygotowując się do wojny mieszkańcy Zamościa pod kierunkiem komendanta OPL (komenda w Powiat. Ośrodku Zdrowia przy ul. Piłsudskiego) wiceburmistrza M. Nowackiego wykopali łącznie ok. 4 tys. mb rowów przeciwlotniczych (2 m głęb., 1 m szer.), przeszkolono ok. 500 osób, wyznaczono piwnice na schrony. W szarozielone ochronne smugi pomalowano elektrownię. Wcześniej (VI) złożono tu depozyty banków katowickich (gmach franciszkański), cenniejsze zbiory Tarnowskich z Suchej, Habsburgów z Żywca (ratusz) i Pelplina (Kolegiata), zob. Skarby. 12 VIII odwołano z manewrów 9 p.p. 29 VIII przygotowania do rozmieszczenia urzędów centralnych kontrolował wojewoda lubelski. Ok. 10-ciu zamościan znalazło się wśród blisko 2 tys. ochotników do "żywych torped".
1 IX alarm lotniczy spowodował niemiecki samolot rozpoznawczy, dwa dni potem 9 samolotów bombardowało stację, ostrzelano z KM rynek (bez ofiar). 8-go bomby spadły za pałacem (wg niektórych informacji zginęło ok. 200 ludzi). a 9-go, kilka minut po dwunastej, zbombardowano Nowe Miasto, okolice koszar i stacji, Pl. Wolności, klub obywatelski, domy Schonauera i Wiącka, plac przy elektrowni, okolice gimnazjum żydowskiego i klasztoru franciszkanek (14 bomb spadło w okolicy naszego domu. Naprzeciwko nas bomba zniosła całkiem mały domek, zabijając 5 osób i raniąc kilka), ogród Kowerskich (ul. Żdanowska). (przeszło 100 zabitych, kilkuset rannych). Bomba uszkodziła dom Konarzewskich przy ul. Partyzantów. U Kowerskich wcześniej zatrzymał się na kilka godzin prezydent Mościcki. Pociąg z urzędnikami kancelarii prezydenta z rodzinami (800 osób) przybył 6 IX, wcześniej batalion zamkowy. W kolejnym nalocie 12-go zginęło również ok. 100 osób i ekipy OPL nie radziły sobie z grzebaniem zwłok.
8 IX powołano Obywatelską Straż Bezpieczeństwa (obowiązek służby od 17 do 60 lat, komendant T. Czernicki). Kobiety wolontariuszki roznosiły taśmy do oklejania szyb i papier do zaciemniania okien. Szczególnie czynne było Przysposobienie Wojskowe Kobiet (komendantka J. Kabas) z uczennicami gimnazjum wspomagające PCK, a także Organizacja Kooperatystek (najczynniejsza Kazanecka i Maćkowska) pomagające rannym, zakwaterowanie uchodźców, gotowanie strawy. 4 IX gen. Kasprzycki wysłał do Zamościa płk Mariana Steifera, by zorganizował tymczasowe Biuro Przemysłu Wojennego, ale możliwości nie ku temu nie było.
Zmobilizowano fatalnie wyposażone oddziały zapasowe 3 DP - ponad 1 tys. żołnierzy, 800 kb, 1 ckm, 21 skm, 150 wozów, 1 samochód (wymarsz 12-go, opisał Stefan Kisielewski w Sprzysiężeniu, 1957) i artylerii konnej w 3 p.a.l. - ponad 2 tys. (wymarsz 11-go) oraz baonu 94 p.p. i dyonu 51 p.a.l. (dla 39 DP). W koszarach pozostał nienaruszalny zapas 800 mauzerów. 12 IX potężnym nalotem Niemcy odpowiedzieli na przybycie świtem do Zamościa dowództwa Armii "Kraków" gen. Szyllinga (zbombardowano pociąg z amunicją, koszary, zginęło ok. 150 osób). Sztab kwaterujący w w budynkach 3 DP nie poniósł strat i po dobie opuścił miasto. Zapanowała panika. Zamość leżał na głównym szlaku uchodźczym, przez miasto przejechało 30 tys. pojazdów. W wyniku działań wojennych w Zamościu spalonych zostało 67 domów.
13 IX rano sztab Armii "Kraków" wyjechał do Barchaczowa, przez Skierbieszów ewakuowali się autobusem urzędnicy starostwa, kwadrans później o 17.00 od Tomaszowa wkroczyły do Zamościa niemieckie jednostki 2 dywizji pancernej (gen. Materna) i 4 dyw. lekkiej wiedeńskiej z XXII Korpusu Panc. gen. Ewalda von Kleista. Tylko zostawiono tu załogę, a wieczorem komendant placu mjr Nitsch zarządził aresztowanie zakładników (trzymani w gmachu Akademii). Niemcy weszli też od Szczebrzeszyna. Zamość obsadził 91 p.p. Żołnierze rabują sklepy. Zdążył ewakuować się rzut kwatermistrzowski, ale przepadły zgromadzone zapasy, w tym ok. 100 tys. porcji chleba. 18 IX Niemcy wywieźli ukryte w kolegiacie skarby z Pelplina i w ratuszu Habsburgów z Suchej. Żołnierze rabowali sklepy i magazyny, również miejskie męty korzystając z okazji włamywały się do sklepów i opuszczonych mieszkań.
Z 19 na 20 IX Zamość próbował odbić ppłk Stanisław Gumowski na czele oddziałów 2 rez. p.p. (Wrzesień 1939 - próba odbicia Zamościa). Zginęło ok. 50 Polaków i drugie tyle Niemców.
24 IX Niemcy opuścili Zamość (Ludwik Jerzy Kern widział jak Niemcy ładowali ze szpitala do karetek swoich rannych i wycofywali się na Zachód), a w ich miejsce wkroczyła Armia Czerwona (Okupacja sowiecka). Wg tajnego protokółu Ribbentrop - Mołotow z 23 VIII 1939 Zamość miał się znaleźć w strefie rosyjskiej. 8 X wieczorem weszła do Zamościa niemiecka 45 dywizja piechoty z XVII korpusu pod dowództwem gen. por. Materny (Okupacja niemiecka).
W 1939 los rzucił do Zamościa wiele znanych później osób. Jako żołnierz znalazł się tu wspomniany już Stefan Kisielewski i Aleksander Gieysztor, a ok. 10 dni mieszkał 9 letni Franciszek Starowieyski, również 9 lat miał Jerzy Flisak wybitny ilustrator, gdy uciekał z ojcem z Kresów do Warszawy. Okazyjnym Fordem, jak wzmiankuje w Alfabecie wspomnień Antoni Słonimski - pełnym pędem minęliśmy płonący Zamość - udramatyzowując - przez płonące jeszcze rumowiska i zgliszcza. Z pocz. września do ośrodka zapasowego artylerii konnej w Zamościu (nadszaniec 3 p.a.l.) przybył i stąd na front skierowany podchorąży Jan Nowak-Jeziorański. 24 IX po rozformowaniu oddziału znalazł się tu wspomniany L. J. Kern. Wybitna dziennikarka paryskiej "Kultury" Ewa Berberyusz na pocz. wojny, mając 10 lat, mieszkała z matką w Zamościu u lekarki Żydówki (ob. hotel).
* Zarządzenie burmistrza z 5 VI 1939 w związku z podniesieniem sprawności i bezpieczeństwa urzędów administracji - m.in. akta w szafach pod kluczem. Drzwi wejściowe ratusza o 22-giej zamykane na klucz przez zam. w ratuszu woźnego Czopa (z akt Archiwum).
* Komendantem Głównym Obywatelskiej Straży Bezpieczeństwa został Jan Szczepaniec (komenda w Inspektoracie Szkolnym), komendy dzielnic: 1. Ratusz, 2. Ubezp. Społ., 3. Gimn. Żyd., 4 i 5. Szkoła nr 2, 6. Tartak Czerskiego, 7. Szkoła nr 3, 8. Szkoła rolnicza, 9. Szkoła na Majdanie.
* Osobiście brałem udział w wojnie jako d-ca plutonu, a przejściowo kompanii w 9 p.p. w Zamościu w rzucie drugim. Na ogół udziałem naszym było przesławne wianie po ogniem z Zamościa przez Uściług do Kowla a potem powrót do Chełma i Hrubieszowa (felieton Stefana Kisielewskiego, "Tyg. Powszechny" 1984 nr 51).
* Rannych oficerów w szpitalu w ubezpieczalni w uznaniu za dzielność odwiedzić mieli z kwiatami generałowie niemieccy, potem zabrali samolotem do Wrocławia. (ze wspomnień ks. F. Zawiszy).
* Przypominam sobie, jak we wrześniu 1939 roku dwanaście dornierów bombardowało Zamość, a ja obserwowałem je z ukrycia. Niemcy też chyba dla spotęgowania trwogi wyli złowieszczo silnikami (H. Kwiatkowski Bomby poszły, 1982, s. 146)
* 8 września poszłyśmy z najstarszą córką po chleb i mleko na Stare Miasto. Wracając w okolicy Stacji Opieki nad Matką i Dzieckiem , czyli tzw. Kropli Mleka, usłyszałyśmy nadlatujące samoloty. Szybko doszłyśmy do domu (Dom Czynszowy), ale córka stwierdziła, że musi iść do szpitala, wcześniej bowiem pracowała tam jako pomoc medyczna. Zdążyłam tylko wejść do klatki schodowej, gdy spadły pierwsze bomby, właśnie na teren szpitala, W bliskości szpitala zginęło wówczas mnóstwo ludzi. Przed następnymi nalotami okrywałyśmy się w sadzie po przeciwnej stronie ul. Sadowej. (wspomnienie K. Ponikowskiej, za "Tyg. Zamojskim" z sierpnia 2015)
* W l. 80. Tadeusz Machlarz (osobne hasło) kandydując do medalu Moranda złożył informację o zestrzeleniu przez siebie. samolotu niemieckiego w 1939 r. nad Zamościem.
* Fragment powieści Stefana Kisielewskiego Sprzysiężenie (1946) - Nagle ocknął się, wstał i wyjrzał oknem. Na niebie czerwieniły się potężne łuny – jakieś widoczne już wyraźnie miasto paliło się. – Co to jest? – zapytał kolejarza, choć domyślał się prawdy. – Zamość – odparł tamten flegmatycznie. (…)
Gdy zajechali na stację, okazało się, że nie jest tak źle. Niedawno wprawdzie był nalot, paliło się kilka domów w dość odległym od dworca mieście, lecz dworzec był na razie nie uszkodzony i – co najważniejsze dla Zygmunta – ujrzał wreszcie na peronie wielu młodych ludzi z tobołkami i plecakami; młodzieńcy ci najwidoczniej również przyjechali tu do wojska. (…)
Jakim cudem w absolutnej ciemności znaleźli nareszcie jakiś zamaskowany lokal „gastronomiczny” – to pozostał dlań zagadką. W lokalu tym panował niesłychany ścisk, pełno cywilów i wojskowych, którzy pili i jedli jak szaleni; Zygmunt zaczął się obawiać czy jeszcze coś zostało, lecz szczęściem, po godzinnym przeszło oczekiwaniu udało się z Kowalskim dostać dwa, ostatnie podobno, kotlety wieprzowe i dwie olbrzymie bomby piwa. (…) Wrócili do koszar późną nocą w niewiarygodnych ciemnościach. (…)
W koszarach panowało wyraźne bezkrólewie, chaos, zamęt i ogólna bezradność, ukryte pod pokrywką służbowych rygorystycznych manier. O wymarszu w „pole” nic się jakoś nie słyszało, co parę godzin za to następował alarm lotniczy przed którym chronili się do zupełnie niewystarczających, płytkich rowów, wykopanych koło koszarowego muru. Bomby nie padały wprawdzie, lecz strachu było dużo.
