Ambicje fundatora, uwarunkowania polityczne i militarne, sprawiły, że Zamość był w przeszłości nie tylko ośrodkiem gospodarczym, stolicą ordynacji, rezydencją, lecz także twierdzą o krajowym znaczeniu. Powstał na szlaku tatarskim. Traktowany był jako wysunięty punkt obrony w systemie europejskich umocnień antytureckich.
Predysponował go do tego nowoczesny system fortyfikacji. W 1596 Vanozzi pisał - Jest w Zamościu twierdza obszerna, ozdobna, rozważnie stawiana i lubo w równinie mocno obwarowana. Zamość nie miał charakteru twierdzy zaporowej, można go było wyminąć, ale już zlekceważyć na swoich tyłach - nie. Dowody swojej wartości dawała twierdza wielokrotnie na przestrzeni 1648-1831 (Oblężenia). Pa Kamieńcu była to najbardziej ufortyfikowana twierdza na południu Polski. Po utracie w 1672 Kamieńca i bezpośrednim zagrożeniu Lwowa, Zamość stał się najważniejszą twierdzą w tej części kraju.
Gdy powstawał Zamość umocnienia obronne posiadało każde miasto, lecz nie wszystkie zasługiwały na miano twierdz. Twierdzą był ufortyfikowany rejon przygotowany do obrony okrężnej, a więc posiadający nie tylko umocnienia forteczne (Fortyfikacje), ale i trzy pozostałe czynniki: uzbrojenie (Garnizon) oraz odpowiednie przepisy. Ok. 1590 cekhauz wzbogacił się o przywiezionych z Olsztyna 57 hakownic tj. strzelb wałowych kal. 30 mm dł. 2,5 m.
Na wypadek oblężenia  obowiązywała od 1657 zwięzła 12 punktowa instrukcja - tzw. Przestrogi na oblężenie, wg których należało zgromadzić mięsa solonego i zboża na pół roku, zmniejszając liczbę koni, przygotować moczone skóry do gaszenia pożarów, wyznaczyć mieszczan żywiących żołnierzy itp., nadto od trzech żyjących dusz żądano gotowego z muszkietem pachołka. Indywidualnie, gospodarz kamienicy wg Jana Sobiepana z 1658 miał mieć żywność na pułroka, także prochy, ołowy, kule i strzelbę
W 1810, mimo czasu pokoju po 18-tej pilnowano bram i nikt nie mógł wyjść nawet w najlepszą pogodę. Zazwyczaj jednak otwarta była do 21-szej (nocą otwierano tylko do celów asenizacyjnych Bramę Lubelską). Twierdza zamojska posiadała swój sztandar (w zbiorach muzeum, wcześniej na Wawelu) i srebrne klucze z 1813 (Muzeum WP).
Jej byt stanął pod znakiem zapytania na pocz. XIX w., gdy rząd wiedeński przekonany o nieużyteczności twierdzy niestosownej do systematu militarnego Austrii postanowił oddać ordynatowi nieruchomości zajęte przez wojsko, lecz komisyjne przekazanie (1808), nie doszło do skutku (wojna). Również Napoleon był (początkowo) przeciwny zachowaniu Zamościa jako twierdzy.
Ok. 1808 zakończyła się  epoka twierdzy "otwartej", pod władzą cywilną, służącej zasadniczo ochronie mieszkańców miasta. Z epoką napoleońską nadszedł czas, twierdzy "zamkniętej", w której podmiotem stało się wojsko, podporządkowujące sobie władze cywilne miasta. Po zajęciu miasta w 1809  wojsko zamykało bramy o 18-tej i nikt nie mógł wyjść z miasta, nawet w najpiękniejszą pogodę. Infrastruktura forteczna na przeciąg 44 lat została elementem strategii wojennej służącej państwu rosyjskiemu.
Pierwszym ordynackim komendantem twierdzy był rtm Mikołaj Uhrowiecki ostatnim płk Jan Zieliński (Komendanci twierdzy do 1772).
Pierwszym austriackim dowódcą został tego samego roku gen. Andreas Hadik. Nie są znani austriaccy komendanci twierdzy w 1772-1809, prawdopodobnie w randze generałów. Komendantem w 1809 był płk Ferdynand Pulszky, następnie przez 2 m-ce płk Antoni Górski i 1809-13 gen. bryg. Maurycy Hauke.
W 1811 ordynat odstąpił twierdzę Zamość na własność Księstwa Warszawskiego. W obliczu zbliżającej się wojny, podjęto przygotowania obronne, w tym inżynieryjne (płk K. Kołaczkowski, kpt. F. Mękiszewski, kpt. L. Jodko), określając zdolność obronną twierdzy od 25 do 130 dni. Twierdza z wybuchem wojny w 1812 stanowiła jedyną osłonę Księstwa Warszawskiego. Dalej Twierdza rosyjska

 * Leon Dembowski (1804) - Miasto otoczone wałami, stanowiło niby fortecę, ale przyznać należy, że ta w zaniedbaniu zupełnem zostawała. Nie orzeczono jeszcze podówczas do kogo istotnie i forteca i utrzymanie jej należeć mają. Ordynaci utrzymywali, że jest ich wyłączną własnością i rząd austriacki widać nie przywiązywał do niej wielkiej wartości. Upadały więc mury i osypywały się wały.
 * Mało kto dotychczas zważał na ważność Zamościa jako punktu obronnego. Rozumiano powszechnie, iż chęć  zabezpieczenia własnej siedziby dała myśl wielkiemu założycielowi, opasania  grodu murem, i ufortyfikowania go na sposób włoski. Tymczasem wybór punktu na twierdzę nie mógł być przedmiotem fantazji lub upodobania w myśli tak wielkiego wojownika jakim był Jan Zamoyski. Zamość uważany pod względem dawnych granic i stosunków, jest ważnym jako punkt pośredni między Bugiem i Sanem, jako ułatwiający śmiałe wystąpienie i napad na posuwające się siły przeciw Krakowowi i Warszawie. ("Nowiny" 1856 nr 29)
 * Inwentarz rynsztunku wojennego m. Zamościa z 1679 - lontowych muszkietów porządnych 15, muszkiet kołowy porządny 1, serpentyn na kształt mieczów w pochwach 2, miecz do karania złych, a zbudowania dobrych 1, prochu zwyczajnego fasek pełnych 5, w szóstej fasce połowa prochu beczka antałowa 1, kłódka wielka z kluczami 1, łańcuchów żelaznych 3, wał z korbami żelaznymi okowany 1 bęben pieszy 1, lina konopna 1, chorągiew wielka stara bez główki 1, chorągiewek podczas targu wystawianych 2. 

 * Nie tylko twierdza, w jednej z lustracji przedmieść (1632) wymieniony jest dom warowny Żukowskich.
 *
W 1811 ordynat odstąpił twierdzę Zamość na własność Księstwa Warszawskiego i zamierzał zostawić pamiątkę tej ofiary na jednej bram. Zwrócił się w tej sprawie o stosowny czterowiersz.
* W 1910 delegacja niezwyciężonej twierdzy Zamość uczestniczyła w odsłonięciu Pomnika Grunwaldzkiego w Krakowie.
 * W 1996 na wystawie w Arsenale pokazano kwit wystawiony przez Jana Sobiepana 2 VIII 1663 potwierdz
ający pobranie ze Skarbu Koronnego na utrzymanie twierdzy 4430 zł.
 * Na słynnej wystawie w Zamku Królewskim eksponowano Proporzec Twierdzy Zamość i chorągiew piechoty zamojskiej z XVIII w. (180x212 cm) ze zbiorów Wawelu.
 * Najsłynniejsze twierdze bastionowe XVII w. - Candia, Werona, La Rochelle, Antwerpia, Magdeburg, natomiast w Pol
sce - Gdańsk, Lwów i Zamość.
 * W 2016 powstało hasło reklamowe Zamość - twierdza otwarta, tego rodzaju określenie oznaczało miasto, które najeźdźca miał prawo zająć bez walki, zatem kontekst tej otwartości był zupełnie inny, wynikły z braku wiedzy historycznej.