Motywując nabycie Zamościa (Twierdza polska), car Aleksander I uważał, że położenie geograficzne i wojskowe Królestwa Polskiego wymaga koniecznie, choć jednej zamkniętej fortecy, służącej wojsku za punkt oparcia i Zamość jedyny na takowe przeznaczenie nadaje się (1818).
Po powstaniu listopadowym struktura organizacyjna w twierdzy przedstawiała się następująco:
 - Komenda Twierdzy Zamojskiej: komendant twierdzy (niżej), na przełomie 1830/31 także podkomendant i pomocnik komendanta; major placu, także adiutanci placu (zwykle dwóch) i sekretarz placu i kapitan bramowy, dozorca budowli (koszar), adiutant budowniczy, audytor, sztabs lekarz;
 - Dyrekcja Artylerii Twierdzy Zamość, dyrektor, też poddyrektor, dozorca artylerii, kompania artylerii garnizonowej, później Komenda Zamojskiej Artylerii Fortecznej (Artyleria twierdzy);
 - Zamojska Forteczna Komenda Inżynierii (1831-64, w 1864-66 Zamojski Forteczny Inżynieryjny Zarząd (Inżynieria twierdzy);
 - Zamojska Forteczna Komenda Żandarmerii (1832-66)
 - Batalion garnizonowy (1832-1866), od 1845 zamojskiemu batalionowi podlegały komendy inwalidów aż z 23 powiatów, m.in. piotrkowskiego, kaliskiego, kieleckiego,  sieradzkiego, brzeskiego, mińskiego!
 - Zamojska Komenda Inwalidzka (1833-64, przeniesiona do warszawskiej cytadeli)
 - Zamojski Szpital Wojenny (do 1867 lazarety)
 - Zamojski Magazyn Prowiantowy
 - kompania aresztancka (do 1865, (więzienie wojskowe)
 - Kompania wojenno-robocza (od 1837 najpierw w składzie pół, następnie 1/3 i 1/4 kompanii)
Przed kasatą zamojska twierdza posiadała obniżoną od 1841 klasę III (Dęblin II). Twierdzę zniósł car postanowieniem z 3 XII 1866 (Kasata twierdzy).
Komendanci twierdzy 1813-66 - 1813-14 Ignacy Giżycki, 1814-1815 płk W. Bogosławski, 1815-20 gen. bryg. Józef Wasilewski, 1820-21 płk Euzebiusz  Siemianowski, 1822-30 gen. bryg. Józef Hurtig, 1830-31 gen. bryg. Julian Sierawski, 1831 gen. bryg. Jan Krysiński, 1831 Paskij Kajsarow, 1831-33 gen. mjr Wasyl Roenne, 1833-35 gen. mjr Gustaw Schulman (nastąpiła zamiana dwu ostatnich między Modlinem i Zamościem), 1835-40 gen. por. Piotr Trusson v. Truzson, 1840-42 gen. mjr Piotr Fedorenko, 1842-43 książe, gen. mjr Wasilij Bebatow, 1844-49 gen. por. Mojsiej Karpienko v. Karpenko, 1849-55 gen. mjr Aleksander Opperman, 1855 gen. por. Aleksiej Zytow, 1855-63 gen. por. Andrzej Hartung, 1863-66 gen. mjr Filip Kannabich.
Majorzy placu - 1815-17 płk Antoni Cedrowski, 1817 ppłk Paweł Muchowski, 1818-21 mjr Sebastian Gołaszewski, 1821-31 ppłk Aleksy Krasnodębski, 1830-31 mjr Jan Suchodolski, później Rosjanie kpt von Frejman i ppłk Uszakow.


 * Widzę Zamość jako twierdzę w jej potędze, wspaniałości i grozie, jaką budzi... Wokół - jeszcze nieopuszczone, niezrujnowane, niezubożałe wały. Pomiędzy wałami - fosy z wodą głęboką i przejrzystą... Dookoła na wałach - armaty, kartacze, trójkątne i czworokątne  baszty z kulami, nie wolno nawet pokazywać ich palcem! Uzbrojony żołnierz na warcie chodzi w tę i z powrotem i gdy ktoś pokaże palcem strzela. Pada strzał i nie ma dyskusji! Tak jest! (Wspomnienia I.L. Pereca)
 * Od wielu lat twierdza nie pełni już swojej roli. Strach zniknął z wałów... Armaty z wielkimi kulami zostały usunięte. Woda w fosie wyschła. Twierdza przestała być twierdzą, mury zrównano z ziemią, trzy czwarte wałów rozkopano. W trójkątnych kupkach leżą kule i granaty - wciąż jeszcze nieco przerażająca pozostałość po twierdzy, ale dzisiaj już można przyjść, pokazać je palcem, nawet dotknąć.
Garnizon zniknął, a w barakach są teraz ułani i Kozacy. Placmajor o sumiastych wąsach pożegnał się już z miastem, wzniósł toast, wziął prezenty i gdzieś przepadł. Po mostkach przed trzema bramami - ani śladu. Fosy zasypane, powstały  równe szerokie wyjścia i wyjazdy na szosę.
(...) O inżynierach, którzy mieszkają w ogrodzie inżynierskim za miastem, w wielkim białym domu, prześwitującym pomiędzy drzewami, zapomniano... Jeszcze nie skończyli, powiadają, obliczeń dotyczących rozbiórki twierdzy.
(Wspomnienia I.L. Pereca)